Erqiang Hu

Submit HDO.db package

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Update the following URL to point to the GitHub repository of the package you wish to submit to _Bioconductor_ - Repository: https://github.com/YuLab-SMU/HDO.db Confirm the following by editing each check box...

update doid-doid data and doid-gene data

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老师，我先把DOSE数据更新的一些东西做个PR，对gson的修改我将在另外的PR中进行。此次PR共涉及三个包：分别是DOSE、[DOyulab.db](https://github.com/huerqiang/DOyulab.db) 和 GOSemSim。 ## 每个包更新的内容： ### DOyulab.db包：用于取代DO.db。 包含如下数据： ```r > ls("package:DOyulab.db") [1] "DO" "DO_dbconn" "DO_dbfile" "DO_dbInfo" "DO_dbschema" "DOALIAS" "DOANCESTOR" "DOCHILDREN" "DOMAPCOUNTS" "DOOFFSPRING" "DOPARENTS" "DOSYNONYM" "DOTERM" ``` 我使用DO.db自带的Human.obo进行处理后生成DOyulab.db，将它与DO.db进行对比，DO id的数目以及DO id的祖先节点信息都完全相同，富集分析和语义相似性分析也完全相同，证明DOyulab.db的处理方式是正确的，除了更新数据外没有产生副作用。 与DO.db的区别：...

Add parameters `hilight_category`, `alpha_hilight`, and `alpha_nohilight` for `cnetplot()` and `emapplot`

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老师，这次提交是给`cnetplot()` 和 `emapplot()` 添加高亮显示功能。新增的三个参数功能如下： hilight_category：需要高亮显示的category 节点。在cnetplot中，高亮显示的是所选中的节点以及相连的基因和它们的边。 在emapplot中，高亮显示的是所选中的节点以及相连的边。 alpha_hilight：用来调整高亮显示的alpha alpha_nohilight：用来调整非高亮显示的alpha 跑出的示例如下： [test_hilight.pdf](https://github.com/YuLab-SMU/enrichplot/files/9484121/test_hilight.pdf)

Cluster name of emapplot_cluster() in enrichplot package

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We now use wordcloud as the cluster name of emapplot_cluster(). ```r library(DOSE) data(geneList) de