Chuiqin Fan
Chuiqin Fan
确实让人感觉意外，你可以加我微信号fcq065837，我们仔细排查一下错误，后续错误原因也会公布在这里。
错误的发生是因为Seurat从5.02开始，增加了一个`fc.slot`参数。如果你要计算scale.data的差异，不管是FindAllMarkers还是FindMarkers函数，没有指定`fc.slot`，计算的时候都会出错。恰好irGSEA的打分矩阵都存放在scale.data里面。 我在新版本的irGSEA（3.2.4）里面已经修复了这个错误，只要重新安装即可解决这个问题。 
The sample data is an old version of Seurat object. When updating from an old version of Seurat object to a new version of Seurat object, there will be relevant...
Can you give me your running code and your data (you can use the subset function to generate a small sample data from seurat_integrated, the sample data should include the...
The error occurs because Seurat has added a `fc.slot` parameter starting from 5.02. If you want to calculate the difference of `scale.data`, whether it is `FindAllMarkers` or `FindMarkers` function, if...
方便上传scRNAsub对象检查一下吗？
方便的话，加我微信fcq065837，我来测试一下你的数据
一个可能的猜测是，sc是一个Assay5对象，但里面的lays只有counts，没有data，因此可以尝试把irGSEA.score中的参数从'data'改成'counts'。PS：新版本的irGSEA才支持Seurat V5。
你的pbmc的meta.data信息里面，可能没有seurat_annotations这一列 试试`head([email protected])`
还可以排除一下Seurat的版本。错误的发生是因为Seurat从5.02开始，增加了一个fc.slot参数。如果你要计算scale.data的差异，不管是FindAllMarkers还是FindMarkers函数，没有指定fc.slot，计算的时候都会出错。恰好irGSEA的打分矩阵都存放在scale.data里面。我在新版本的irGSEA（version 3.2.4）里面已经修复了这个错误，只要重新安装irGSEA即可解决这个问题。 