When I running irGSEA.integrate encounter a problem

[Always-Stude]

Why did encounter an issue？What can I do？

[chuiqin]

你的pbmc的meta.data信息里面，可能没有seurat_annotations这一列 试试head([email protected])

[chuiqin]

还可以排除一下Seurat的版本。错误的发生是因为Seurat从5.02开始，增加了一个fc.slot参数。如果你要计算scale.data的差异，不管是FindAllMarkers还是FindMarkers函数，没有指定fc.slot，计算的时候都会出错。恰好irGSEA的打分矩阵都存放在scale.data里面。我在新版本的irGSEA（version 3.2.4）里面已经修复了这个错误，只要重新安装irGSEA即可解决这个问题。