Chuiqin Fan

错误的发生是Seurat对象的meta.data里面的一些列存在NA值，这个NA值会导致VISION的analysis函数报错 只需要简单修改就可以运行VISON，不需要修改Seurat对象的版本 ``` > # 查找包含NA值的列 > meta.data_na_cols % dplyr::select(where(~ any(is.na(.)))) > # 查找不包含NA值的列 > meta.data_non_na_cols % dplyr::select(where(~ !any(is.na(.)))) > # 将原来的meta.data存起来 > meta.data_orgin [email protected] HCC_endothelium

为了规避类似的错误发生，我在irGSEA.score代码中有关于VISION的部分打了补丁，并将irGSEA更新到3.3.1版本。更新新版本后，使用irGSEA进行VISION打分将不会出现类似问题。

查看你的`irGSEA.score`函数运行信息后发现，你的AUCell打分失败了，可能是AUCell版本不对或者AUCell包没有装好。 因此，在运行`irGSEA.integrate`函数时，应该将AUCell去掉。例如： ``` result.dge

>  > >  去掉 AUCell 还是会报错 从`irGSEA.integrate`函数的的运行信息来看，UCell、singscore和ssgsea的差异基因集计算并没有成功，因此，综合评估那一步就出错了。正确的运行信息应该如下： ``` > result.dge