PaddleHelix

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运行helixfold_single_inference.py 报错

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AttributeError: module 'paddle.fluid.core_avx.eager.ops' has no attribute 'fused_gate_attention

xiong3134

模型权重

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请问哪里可以下载模型权重呀 没有看到scripts/download_all_data.sh这个文件 谢谢！

EBGU

helixfold模型运行时如何控制显存

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我按照helixfold的README_inference.md文件运行run_helixfold.py模型时遇到了显存溢出的问题，我使用的是一张12GB的3080Ti。我尝试降低batch的大小，但是看代码中batch似乎是要预测的蛋白质fasta文件的特征文件。所以有什么好的方法能够降低模型占用的显存容量吗，或者有其它能够帮助该模型在12G的显存上运行的建议吗？十分感谢您的帮助！！！！

TNTSAYou

请问protein_protein_interaction中“Multimodal Pre-Training Model for Sequence-based Prediction of Protein-Protein Interaction“这篇论文的代码会在什么时候发布？

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请问protein_protein_interaction中“Multimodal Pre-Training Model for Sequence-based Prediction of Protein-Protein Interaction“这篇论文的代码会在什么时候发布？

tiezhuge

在学习SIGN-Paddle例子的时候，里面讲到需要先处理一下数据集：convert the PDB-format files into MOL2-format files for feature extraction 提供了处理好的数据集，但是放在[dropbox](https://www.dropbox.com/sh/2uih3c6fq37qfli/AAD-LHXSWMLAuGWzcQLk5WI3a) 里面，不方便使用。 请问： 1 是否可以提供该处理好的数据集放在AIStudio公开数据集中呢？ 2 数据集处理，[UCSF Chimera tool](https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/)的使用能否讲详细一点呢？ 是否用openbabel也可以转格式？

skywalk163

请问你们能把alphafold2的BFD等3T序列数据下载到百度aistudio的公共数据集上，让大家都能使用百度aistudio做蛋白结构和复合物预测吗？

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我觉得你们的PaddleHelix做的很好，百度aistudio上也有很多公开项目，但是没有现在特别火的alphafold的蛋白预测项目，请问你们能把alphafold2的BFD等3T序列数据下载到百度aistudio的公共数据集上，让大家都能使用百度aistudio做蛋白结构和复合物预测吗？

zihaoxingstudy1

Is there a script file for model inference in GEM?

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I am looking through the code of "apps/pretrained_compound/ChemRL/GEM", I see there is pre-train and finetune files for training model, but i have not found code for running inference. Is there...

gaoshan2006

Run error in GEM

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An error raised when I am runing GEM I am using single GPU which is GeForce RTX 2080 Ti with 11G memory my code is the same as that in...

kaisermoon

Hi, Very interested in the paper "[Multimodal Pre-Training Model for Sequence-based Prediction of Protein-Protein Interaction]", wonder when the code is available, thanks

jmlongriver

麻烦问下这两个例子中化合物和蛋白的向量表示怎么获取？

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https://github.com/PaddlePaddle/PaddleHelix/blob/dev/tutorials/compound_property_prediction_tutorial_cn.ipynb https://github.com/PaddlePaddle/PaddleHelix/blob/dev/tutorials/protein_pretrain_and_property_prediction_tutorial_cn.ipynb 看代码案例好像最后都只是得出了化合物和蛋白的性质推断，中间的化合物和蛋白的表示怎么获取缺没有说明，能麻烦问下中间要怎么才能获取吗  最后的结果维度看着不是蛋白的向量表示 

lonngxiang