PaddleHelix

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Question about the Branch Parallelism in Evoformer

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Hi I mention that you introduce branch parallelism in your arxiv paper. I wonder that is the model structure implemented by BP is identical to the one in Alphafold2 paper....

zyeric

 

zytskymaker

请问一下GeomGCL的代码中，数据处理相关的代码块在哪里呢，我运行到此处下不去了

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  运行过程中没有生成这个pkl文件，导致没法继续了，没有找到哪里读取了数据集处理，下载的数据集是csv文件，放在data文件夹，问题在哪呢

wkwangkewkwk

helixfold-single issue

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Install the package and requirements based on the instructions https://github.com/PaddlePaddle/PaddleHelix/tree/dev/apps/protein_folding/helixfold-single (BTW, is the required module cudnn: 8.10.1 version having an issue, it seems cudnn only has 8.3.x?) when run the...

jlspzw

请问GEM中微调的shell文件此处运行错误怎么修改

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在运行finetune_class.sh文件时，第5和6行显示source:not found，请问该怎么处理能顺利运行下去  

wkwangkewkwk

update the first version of Helixfold cpu onto helixfold_cpu branch

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intelyoungway

您好，非常感谢您查阅此问题。 我的问题是在运行脚本python train_cls.py --epochs 200 --lr 5e-4 --dataset cls_davis时打印： (moltrans) D:\PaddleHelix-dev\apps\drug_target_interaction\moltrans_dti>python train_cls.py --batchsize 64 --epochs 200 --lr 5e-4 --dataset cls_davis Traceback (most recent call last): File "train_cls.py", line 18, in...

ShaunZhang7

环境配置和库安装都已解决，但在运行脚本“train_cls.py”时报错，在网上查了一下，可能是版本更新导致的API问题，但是'__getitem__'方法被替代了吗？如果被替代怎么查现在的名字？   非常期待得到您的回信，不胜感激！ 打印内容： (moltrans) D:\PaddleHelix-dev\apps\drug_target_interaction\moltrans_dti>python train_cls.py --batchsize 64 --epochs 200 --lr 5e-4 --dataset cls_davis Traceback (most recent call last): File "train_cls.py", line 18, in from helper import utils...

ShaunZhang7

paddlehelix安装问题

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您好，我根据网站(https://gitee.com/paddle-helix/PaddleHelix/blob/dev/installation_guide_cn.md)的指导步骤去安装项目，遇到了一些问题，前面都已经解决，但是最后面安装paddlehelix时出现了问题： 1.用指令pip install paddlehelix安装，它安装的来源是：Looking in indexes: https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple Collecting paddlehelix ...... Using cached https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/packages/a4/0b/d1c703256cf293be77b7db44dbef62251fe02a97d0bef981f7120b0b0c0f/sklearn-0.0.post11.tar.gz (3.6 kB)时出现错误提示，主要是说sklearn现在不用了，是用scikit-learn，但是那个网站的东西应该是固定的，我不知道怎么去改它的requirements.txt，所以想了解有没有别的下载源。 2.在github上下载后通过python运行setup.py安装，这里的问题一个是提示： Please avoid running ``setup.py`` directly. Instead, use pypa/build, pypa/installer or other standards-based tools. 另一个问题是最后有报error：...

ShaunZhang7

加载GEM pretrain model提示模型shape和权重shape不一致

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你好，我在加载geognn模型预训练权重（位置在PaddleHelix/apps/pretrained_coumpound/ChemRL/GEM/pretrain_models/class.pdparams）的时候显示有两个layes的权重大小匹配不上，分别是 init_atom_embedding.embed_list.3 和 init_atom_embedding.embed_list.6。如下图所示  另外还有一个问题，如果想手动修改geognn模型中的每层的节点数量应该如何操作呢？

wjybill