Song Ou-Yang

关于GSEA中emapplot的建议

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在GSEA分析中，可以按NES的大小，将富集结果分为激活和抑制，该功能已经在`ridgeplot`实现，并且通过`split=".sign"`实现了分面效果 ``` dotplot(gsea,split=".sign")+facet_grid(~.sign) ```` 但是在可以显示网络关系的`emapplot`中并不能很好的体现出哪些是激活结果，哪些是抑制结果 因此我的建议是是否可以实现按ES的结果采用不同的颜色效果，比如激活(ES>0或NES>1)为红色，抑制(ES

关于gseaplot2中pvalue_table的显示问题

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在gseaplot2函数中当设置pvalue_table = T时，默认显示的是`pvalue`和`p.adjust`，但一般情况下需要的是NES和p值，能否适当予以调整，改成显示为`NES`和`p.adjust`（个人觉得没必要显示两个p值）。 我在查看gseaplot2函数时发现定义是： ``` if (pvalue_table) { pd

关于+geom_dotplot后的问题

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今天在使用ggbreak截断时，发现新增dotplot函数的时候，下层的点特别大，而上层点的大小显示正常 ``` p+geom_dotplot(stackdir = "center", binaxis = "y", dotsize = 0.8,,position = position_dodge(0.9))+scale_y_break(c(1.5, 10) ,scales = c(1,10)) ```

表格过宽溢出屏幕外怎么办

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益辉大神好，我最近用hugo-prose主题时，如果knitr出来的表格过宽的话，会出现表格溢出的情况，影响美观，请问这个是在哪里设置，谢谢

用gseaplot2绘图时希望可增加一条running enrichment score为0的横向基线

Thanks to Uncle Y's team for solving my previous[ issue](https://github.com/YuLab-SMU/gson/issues/7#event-7697215884) that ~~Can not use autofacet function for GSEA result~~. Now, a **new problem** is that GSEA supports activation and suppression...

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Thanks to Uncle Y's team for solving my previous[ issue](https://github.com/YuLab-SMU/gson/issues/7#event-7697215884) that ~~Can not use autofacet function for GSEA result~~. Now, a **new problem** is that GSEA supports activation and suppression...

netlify不显示新增文章

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yihui大神好，最近换了ivy主题，在rstudio中新增post后server都可以看到，但是用netlify部署却不显示新增的post，只显示我之前的post是怎么回事？ https://github.com/swcyo/blog2023

ids=idmap('GPL21572',type='soft',destdir=tempdir()) This platform is not in our list, please use our shinyAPP to custom annotate your probe sequences, or ask us to process and then update the R package! shinyApp是哪个呀。。。