关于gseaplot2中pvalue_table的显示问题

[swcyo]

在gseaplot2函数中当设置pvalue_table = T时，默认显示的是pvalue和p.adjust，但一般情况下需要的是NES和p值，能否适当予以调整，改成显示为NES和p.adjust（个人觉得没必要显示两个p值）。 我在查看gseaplot2函数时发现定义是：

if (pvalue_table) {
        pd <- x[geneSetID, c("Description", "pvalue", "p.adjust")]
        # pd <- pd[order(pd[,1], decreasing=FALSE),]
        rownames(pd) <- pd$Description

        pd <- pd[,-1]
        pd <- round(pd, 4)

        tp <- tableGrob2(pd, p.res)

        p.res <- p.res + theme(legend.position = "none") +
            annotation_custom(tp,
                              xmin = quantile(p.res$data$x, .5),
                              xmax = quantile(p.res$data$x, .95),
                              ymin = quantile(p.res$data$runningScore, .75),
                              ymax = quantile(p.res$data$runningScore, .9))
    }

当我试图把pvalue改为NES后再跑代码时，却提示没有tableGrob2函数，这个不知如何解决，万望回复，谢谢

[Eugene221035]

请问您这个问题解决了吗？ 我也想改改这个。

[swcyo]

没有

| 欧阳松 石河子大学医学院第一附属医院 - 主治医师 18799743299 @.*** 新疆石河子市北二路109号 |

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请问您这个问题解决了吗？ 我也想改改这个。

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[swcyo]

请问您这个问题解决了吗？ 我也想改改这个。

tableGrob2函数在这里 https://github.com/YuLab-SMU/enrichplot/blob/master/R/ggtable.R 运行一下就解决了

[xlw1207]

在gseaplot2函数中当设置pvalue_table = T时，默认显示的是pvalue和p.adjust，但一般情况下需要的是NES和p值，能否适当予以调整，改成显示为NES和p.adjust（个人觉得没必要显示两个p值）。 我在查看gseaplot2函数时发现定义是：

if (pvalue_table) {
        pd <- x[geneSetID, c("Description", "pvalue", "p.adjust")]
        # pd <- pd[order(pd[,1], decreasing=FALSE),]
        rownames(pd) <- pd$Description

        pd <- pd[,-1]
        pd <- round(pd, 4)

        tp <- tableGrob2(pd, p.res)

        p.res <- p.res + theme(legend.position = "none") +
            annotation_custom(tp,
                              xmin = quantile(p.res$data$x, .5),
                              xmax = quantile(p.res$data$x, .95),
                              ymin = quantile(p.res$data$runningScore, .75),
                              ymax = quantile(p.res$data$runningScore, .9))
    }

当我试图把pvalue改为NES后再跑代码时，却提示没有tableGrob2函数，这个不知如何解决，万望回复，谢谢 请问你最后找到solution了吗？我也想解决。

[swcyo]

在gseaplot2函数中当设置pvalue_table = T时，默认显示的是pvalue和p.adjust，但一般情况下需要的是NES和p值，能否适当予以调整，改成显示为NES和p.adjust（个人觉得没必要显示两个p值）。 我在查看gseaplot2函数时发现定义是：

if (pvalue_table) {
        pd <- x[geneSetID, c("Description", "pvalue", "p.adjust")]
        # pd <- pd[order(pd[,1], decreasing=FALSE),]
        rownames(pd) <- pd$Description

        pd <- pd[,-1]
        pd <- round(pd, 4)

        tp <- tableGrob2(pd, p.res)

        p.res <- p.res + theme(legend.position = "none") +
            annotation_custom(tp,
                              xmin = quantile(p.res$data$x, .5),
                              xmax = quantile(p.res$data$x, .95),
                              ymin = quantile(p.res$data$runningScore, .75),
                              ymax = quantile(p.res$data$runningScore, .9))
    }

当我试图把pvalue改为NES后再跑代码时，却提示没有tableGrob2函数，这个不知如何解决，万望回复，谢谢 请问你最后找到solution了吗？我也想解决。

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