optinist
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calcium imaging pipeline tool
**追加機能についての概要** **suite2p_file_convert** - do_registration: suite2p_file_convert and suite2p_registration are separate nodes. So we don't need this parameter. - keep_movie_raw: I think Optinist always keeps this. Does this option have a meaning?...
ROI Editの処理中、現状（2023/2版）処理状況が判別できないため、プログレス表示やローディングアイコン表示を行いたい。
- Visualizeの場合、得られるデータがワークフロー実行前/後のどちらのものか判定がつかなくなる - Reproduceの場合、実行中のワークフローがフロントエンドでは破棄されてしまう - なお、バックエンドでは継続して動作し続ける 上記のような整合性の問題や予期せぬバグの要因となりうるため、ワークフロー実行中の一部動作を制御する - Visualizeタブの非活性化 - Reproduceボタンの非活性化（またはRecordタブの非活性化）
Updates the requirements on [fastapi](https://github.com/tiangolo/fastapi) to permit the latest version. Release notes Sourced from fastapi's releases. 0.105.0 Features ✨ Add support for multiple Annotated annotations, e.g. Annotated[str, Field(), Query()]. PR...
![dependabot[bot] avatar](https://avatars.githubusercontent.com/in/29110?v=4 "dependabot[bot] avatar"){kind=avatar}
Bumps [alembic](https://github.com/sqlalchemy/alembic) from 1.9.2 to 1.13.1. Release notes Sourced from alembic's releases. 1.13.1 Released: December 20, 2023 bug [bug] [autogenerate] Fixed Rewriter so that more than two instances could be...
Bumps [pynwb](https://github.com/NeurodataWithoutBorders/pynwb) from 2.2.0 to 2.5.0. Release notes Sourced from pynwb's releases. 2.5.0 No release notes provided. 2.4.0 PyNWB 2.4.0 (July 23, 2023) Enhancements and minor changes Add support for...
Bumps [sphinx](https://github.com/sphinx-doc/sphinx) from 7.1.2 to 7.2.6. Release notes Sourced from sphinx's releases. Sphinx 7.2.6 Changelog: https://www.sphinx-doc.org/en/master/changes.html Sphinx 7.2.5 Changelog: https://www.sphinx-doc.org/en/master/changes.html Sphinx 7.2.4 Changelog: https://www.sphinx-doc.org/en/master/changes.html Sphinx 7.2.3 Changelog: https://www.sphinx-doc.org/en/master/changes.html Sphinx 7.2.2...
Bumps [pymysql](https://github.com/PyMySQL/PyMySQL) from 1.0.2 to 1.1.0. Release notes Sourced from pymysql's releases. v1.1.0 What's Changed Remove redundant wheel dep from pyproject.toml by @mgorny in PyMySQL/PyMySQL#1099 ci: Fix black options by...
- suite2pのmotion correction(registration)の結果から画像データを抽出したい - 現状suite2p_registrationの結果は以下のような理由でNWBには保存していない模様 - suite2pのopsパラメータに落とし込んでいる - データとして大きくなりがち - opsからmotion correctionに相当する画像を抽出して、ImageDataとしてのoutputおよびnwbへの保存を行う - ImageDataとしてoutputすることで、suite2p_registration→caiman_cnmfなどの組み合わせも可能になる可能性がある - 関連 - #536