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Guo3
Maybe I had found the answer, Offrate is default with 32, But actually 16 was used in Paper's test.
明白了，找全模式下，要对所有Occ做定位，少量高频模式的定位占大部分时间。目前多数short read mapper是找最优. 还有个问题，FMtree应该是对同一个patter的多个Occ进行批量处理的吧？ 而不是对多个patter的Occ进行批量处理 (因为patter不同，SA排位区间也不同，FMtree在这种情况下起不到优化作用. 是这样的吗？
好的，这下清楚多了. 感谢程博士.