JackieMe

知乎myzhihu.py在Linux下打开验证码的问题

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`os.startfile('checkcode.gif')` 仅在Windows下可用，Linux下应该是类似于： ```python import subprocess, sys opener ="open" if sys.platform == "darwin" else "xdg-open" subprocess.call([opener, 'checkcode.gif']) ```

time interval used in kdigo-uo.sql

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To calculate urine ouput over 3 periods, that is: ``` -- three sums: -- 1) over a 6 hour period -- 2) over a 12 hour period -- 3) over...

Regarding the availability of mortality in MIMIC-IV 1.0 data

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According to the document at https://mimic.mit.edu/docs/iv/modules/core/patients/ for MIMIC-IV data v1.0 which is the version of data available now, I quote `Out-of-hospital mortality is currently unavailable as of MIMIC-IV v1.0`. This...

下面很多链接最后多了一个“)”

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你下面好几个链接后面不知道为啥多了一个")"导致无法打开

解决 Debian 中 RStudio 和 Mendeley 下 Fcitx 输入法不能使用的问题

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~~~ 2018-12-08 更新 ~~~ 最新的 RStudio 版本为 1.2.1114，Qt 版本为 Qt-5.11.1。RStudio 自带的 `libQt5*` 文件保存在 `/usr/lib/rstudio/lib` 下，按照之前的方法移除这些文件的办法又失效了。不得已只能又一次自己编译了。 简单记录如下： - 下载 `qt-opensource-linux-x64-5.11.1.run`，安装 - Terminal 临时 `export` 下 `PATH` 和 `LD_LIBRARY_PATH` - 编译 fcitx-qt5...

跟着 mimic-code 探索 MIMIC 数据之 notebooks CRRT （二）

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 书接上回。 上回说到，我们首先自己搜索 `d_items` 表格找到对应的 `item_id`，然后运用专业知识对这些 `item_id` 进行筛选和归类，最后得到真正能够定义 CRRT 时间的那些 `item_id`。 下面，我们就要通过最后得到的这些 `item_id` 来制定规则，看看到底 CRRT 的时间是如何对应到这些数据上的。 (上一篇放到 GitHub 上之后发现由于代码基本上都是 SQL，只是通过懒人函数 `query()` 套壳到 R 了，所以粘贴时按照 R 来高亮。导致高亮这么重要的功能基本上算是废了。所以这一篇决定还是直接贴 SQL 代码好了，要用的时候要么放到 psql...

# 缺失值的简单处理—— MICE 和 Amelia 篇  参考资料： - [Tutorial on 5 Powerful R Packages used for imputing missing values](https://www.analyticsvidhya.com/blog/2016/03/tutorial-powerful-packages-imputing-missing-values/) - Amelia 包文档说明 [Amelia II: A Package for Missing Data](https://r.iq.harvard.edu/docs/amelia/amelia.pdf)...

``` 本来是 6 月份的东西，一直没有好好整理拖到年底了，唉.... ``` 毕业答辩过了，最大的坎儿迈过去了。准备开始处理手头拿到的 RNA-Seq 数据。当作是我的第一次实战。 实验设计是干预组和对照组各 4 只大鼠，很简单的 2 * 4 的设计。 首先想到的是看看 [生信菜鸟团](http://www.bio-info-trainee.com/) 有没有实战的 WorkFlow 用来参考，结果刚好就有[一篇 HISAT2 + HT-Seq 的实战帖](http://www.bio-info-trainee.com/2218.html) ，所以就直接照着来一遍先。 最开始以为整个过程应该会比较顺利，因为生信菜鸟团的帖子已经很详细了，而且我手边还有一份 Nature Protocols 的详细的流程参考：[Transcript-level expression...

MIMIC III 数据 + postgreSQL

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 # MIMIC III 数据 + postgreSQL 申请的 [MIMIC III 数据库](https://mimic.physionet.org/about/mimic/) 今天终于通过了，下载发现一堆 `csv.gz` 大小也是惊人。所以自己一一个用表格怕是不可能了，只能去用他们推荐的数据库管理了。 ## 安装和配置 首先第一步就是用官方提供的 [mimin-code](https://github.com/MIT-LCP/mimic-code/tree/master/buildmimic) 来构建数据库了。官方推荐`postgreSQL`，那就用这个好了。 Debian 的话安装`postgresql`倒是没什么，直接`sudo apt install postgresql`就 KO 了。看了一下版本 ```bash ➜ ~ psql...

昨天偶然在网上看到看到关于不同版本 R 的速度对比的文章 [R, R with Atlas, R with OpenBLAS and Revolution R Open: which is fastest?](http://www.brodrigues.co/blog/2014-11-11-benchmarks-r-blas-atlas-rro/)，被结果惊到了，最快的 Revolution R Open 碾压 Vanilla R，而且相比 OPENBLAS 和 ATLAS R 都有优势，简直是孤独求败。然后我搜了一下，发现 Revolution R...