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No module named 'Cython', although cython is installed and up-to-date

Open HartmannSa opened this issue 4 years ago • 3 comments

Hi, when I follow the specified installation steps, the command conda env create -n cosypose --file environment.yaml always ejects the following error message

Pip subprocess error: ERROR: Command errored out with exit status 1: command: /home/rosmatch/anaconda3/envs/cosypose/bin/python -c 'import sys, setuptools, tokenize; sys.argv[0] = '"'"'/tmp/pip-install-h16j98cf/glumpy/setup.py'"'"'; __file__='"'"'/tmp/pip-install-h16j98cf/glumpy/setup.py'"'"';f=getattr(tokenize, '"'"'open'"'"', open)(__file__);code=f.read().replace('"'"'\r\n'"'"', '"'"'\n'"'"');f.close();exec(compile(code, __file__, '"'"'exec'"'"'))' egg_info --egg-base /tmp/pip-install-h16j98cf/glumpy/pip-egg-info cwd: /tmp/pip-install-h16j98cf/glumpy/ Complete output (5 lines): Traceback (most recent call last): File "<string>", line 1, in <module> File "/tmp/pip-install-h16j98cf/glumpy/setup.py", line 9, in <module> from Cython.Distutils import build_ext ModuleNotFoundError: No module named 'Cython' ---------------------------------------- ERROR: Command errored out with exit status 1: python setup.py egg_info Check the logs for full command output. failed CondaEnvException: Pip failed

However, Cython is installed and up-to-date, as shown by the output on the following commands: pip install cython Requirement already satisfied: cython in /home/rosmatch/anaconda3/lib/python3.8/site-packages (0.29.21) pip install --upgrade cython Requirement already up-to-date: cython in /home/rosmatch/anaconda3/lib/python3.8/site-packages (0.29.21)

I have already tested the installation on three different computers and always get the same error. The system used is Ubuntu 18.04.5 LTS.

I am looking forward to any help I can get.

Here is the complete output:

Collecting package metadata (repodata.json): done Solving environment: done Downloading and Extracting Packages boost-1.72.0 | 339 KB | ########################################################## | 100% octomap-1.9.5 | 457 KB | ########################################################## | 100% hpp-fcl-1.3.0 | 842 KB | ########################################################## | 100% gmp-6.2.1 | 806 KB | ########################################################## | 100% libtiff-4.1.0 | 618 KB | ########################################################## | 100% pycparser-2.20 | 94 KB | ########################################################## | 100% git-lfs-2.11.0 | 4.1 MB | ########################################################## | 100% eigenpy-2.5.0 | 1.1 MB | ########################################################## | 100% mkl-2020.4 | 215.6 MB | ########################################################## | 100% traitlets-5.0.5 | 81 KB | ########################################################## | 100% libiconv-1.16 | 1.4 MB | ########################################################## | 100% libedit-3.1.20191231 | 121 KB | ########################################################## | 100% libcurl-7.71.1 | 312 KB | ########################################################## | 100% libpng-1.6.37 | 306 KB | ########################################################## | 100% cmake-3.14.0 | 12.2 MB | ########################################################## | 100% pickleshare-0.7.5 | 9 KB | ########################################################## | 100% x264-1!152.20180806 | 1.4 MB | ########################################################## | 100% backcall-0.2.0 | 13 KB | ########################################################## | 100% gnutls-3.6.13 | 2.0 MB | ########################################################## | 100% rhash-1.3.6 | 140 KB | ########################################################## | 100% xz-5.2.5 | 343 KB | ########################################################## | 100% readline-8.0 | 281 KB | ########################################################## | 100% libwebp-base-1.1.0 | 864 KB | ########################################################## | 100% zstd-1.4.5 | 712 KB | ########################################################## | 100% libstdcxx-ng-9.3.0 | 4.0 MB | ########################################################## | 100% ffmpeg-4.2.3 | 80.2 MB | ########################################################## | 100% sqlite-3.33.0 | 1.4 MB | ########################################################## | 100% _openmp_mutex-4.5 | 5 KB | ########################################################## | 100% libgcc-ng-9.3.0 | 7.8 MB | ########################################################## | 100% libblas-3.8.0 | 11 KB | ########################################################## | 100% ipython_genutils-0.2 | 21 KB | ########################################################## | 100% gcc_linux-64-7.3.0 | 22 KB | ########################################################## | 100% tk-8.6.10 | 3.2 MB | ########################################################## | 100% pexpect-4.8.0 | 47 KB | ########################################################## | 100% boost-cpp-1.72.0 | 16.3 MB | ########################################################## | 100% six-1.15.0 | 14 KB | ########################################################## | 100% libssh2-1.9.0 | 225 KB | ########################################################## | 100% gxx_linux-64-7.3.0 | 21 KB | ########################################################## | 100% libev-4.33 | 104 KB | ########################################################## | 100% gettext-0.19.8.1 | 3.6 MB | ########################################################## | 100% libcblas-3.8.0 | 11 KB | ########################################################## | 100% openssl-1.1.1h | 2.1 MB | ########################################################## | 100% python_abi-3.7 | 4 KB | ########################################################## | 100% blas-2.17 | 11 KB | ########################################################## | 100% llvm-openmp-11.0.0 | 2.8 MB | ########################################################## | 100% freetype-2.10.4 | 912 KB | ########################################################## | 100% cudatoolkit-10.1.243 | 347.4 MB | ########################################################## | 100% libgfortran4-7.5.0 | 1.3 MB | ########################################################## | 100% console_bridge-1.0.1 | 17 KB | ########################################################## | 100% numpy-1.17.4 | 4 KB | ########################################################## | 100% numpy-base-1.17.4 | 4.1 MB | ########################################################## | 100% wheel-0.35.1 | 29 KB | ########################################################## | 100% icu-68.1 | 13.0 MB | ########################################################## | 100% expat-2.2.9 | 191 KB | ########################################################## | 100% tinyxml-2.6.2 | 60 KB | ########################################################## | 100% cffi-1.14.4 | 224 KB | ########################################################## | 100% nettle-3.6 | 6.5 MB | ########################################################## | 100% certifi-2020.11.8 | 150 KB | ########################################################## | 100% perl-5.26.2 | 15.4 MB | ########################################################## | 100% pytorch-1.3.1 | 428.0 MB | ########################################################## | 100% gcc_impl_linux-64-7. | 41.9 MB | ########################################################## | 100% binutils_impl_linux- | 9.2 MB | ########################################################## | 100% setuptools-49.6.0 | 944 KB | ########################################################## | 100% bzip2-1.0.8 | 398 KB | ########################################################## | 100% liblapack-3.8.0 | 11 KB | ########################################################## | 100% backports.functools_ | 8 KB | ########################################################## | 100% decorator-4.4.2 | 11 KB | ########################################################## | 100% libgfortran-ng-7.5.0 | 22 KB | ########################################################## | 100% eigen-3.3.8 | 971 KB | ########################################################## | 100% pinocchio-2.3.1 | 3.3 MB | ########################################################## | 100% git-2.28.0 | 15.9 MB | ########################################################## | 100% wcwidth-0.2.5 | 33 KB | ########################################################## | 100% libffi-3.2.1 | 47 KB | ########################################################## | 100% gxx_impl_linux-64-7. | 15.0 MB | ########################################################## | 100% c-ares-1.17.1 | 111 KB | ########################################################## | 100% ninja-1.10.1 | 1.9 MB | ########################################################## | 100% libuv-1.40.0 | 920 KB | ########################################################## | 100% liblapacke-3.8.0 | 11 KB | ########################################################## | 100% olefile-0.46 | 32 KB | ########################################################## | 100% openh264-2.1.1 | 1.5 MB | ########################################################## | 100% pip-19.3.1 | 1.9 MB | ########################################################## | 100% rclone-1.52.3 | 22.1 MB | ########################################################## | 100% pygments-2.7.2 | 707 KB | ########################################################## | 100% jpeg-9d | 264 KB | ########################################################## | 100% urdfdom-2.3.3 | 126 KB | ########################################################## | 100% assimp-4.1.0 | 32.2 MB | ########################################################## | 100% zlib-1.2.11 | 106 KB | ########################################################## | 100% ca-certificates-2020 | 145 KB | ########################################################## | 100% curl-7.71.1 | 139 KB | ########################################################## | 100% ld_impl_linux-64-2.3 | 616 KB | ########################################################## | 100% pillow-6.0.0 | 616 KB | ########################################################## | 100% krb5-1.17.2 | 1.4 MB | ########################################################## | 100% ptyprocess-0.6.0 | 15 KB | ########################################################## | 100% ncurses-6.2 | 985 KB | ########################################################## | 100% ipython-7.19.0 | 1.1 MB | ########################################################## | 100% backports-1.0 | 4 KB | ########################################################## | 100% lame-3.100 | 498 KB | ########################################################## | 100% libopenblas-0.3.10 | 7.8 MB | ########################################################## | 100% libnghttp2-1.41.0 | 774 KB | ########################################################## | 100% _libgcc_mutex-0.1 | 3 KB | ########################################################## | 100% torchvision-0.4.2 | 14.9 MB | ########################################################## | 100% parso-0.7.1 | 70 KB | ########################################################## | 100% jedi-0.17.2 | 948 KB | ########################################################## | 100% lz4-c-1.9.2 | 203 KB | ########################################################## | 100% urdfdom_headers-1.0. | 16 KB | ########################################################## | 100% python-3.7.6 | 53.0 MB | ########################################################## | 100% binutils_linux-64-2. | 21 KB | ########################################################## | 100% pcre-8.44 | 261 KB | ########################################################## | 100% prompt-toolkit-3.0.8 | 237 KB | ########################################################## | 100% Preparing transaction: done Verifying transaction: done Executing transaction: done Installing pip dependencies: / Ran pip subprocess with arguments: ['/home/rosmatch/anaconda3/envs/cosypose/bin/python', '-m', 'pip', 'install', '-U', '-r', '/home/rosmatch/cosypose/condaenv.7xe_glgc.requirements.txt'] Pip subprocess output: Processing ./deps/bullet3 Processing ./deps/job-runner Collecting imageio==2.6.1 Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/1a/de/f7f985018f462ceeffada7f6e609919fbcc934acd9301929cba14bc2c24a/imageio-2.6.1-py3-none-any.whl (3.3MB) Collecting simplejson==3.17.0 Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/98/87/a7b98aa9256c8843f92878966dc3d8d914c14aad97e2c5ce4798d5743e07/simplejson-3.17.0.tar.gz (83kB) Collecting opencv-python==4.1.2.30 Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/d8/38/60de02a4c9013b14478a3f681a62e003c7489d207160a4d7df8705a682e7/opencv_python-4.1.2.30-cp37-cp37m-manylinux1_x86_64.whl (28.3MB) Collecting opencv-contrib-python==4.4.0.42 Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/63/e0/9540422aa60a8ac6baabf2e3685e32008122e11aee48b955bcc2f7157217/opencv_contrib_python-4.4.0.42-cp37-cp37m-manylinux2014_x86_64.whl (55.6MB) Collecting torchnet==0.0.4 Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/b7/b2/d7f70a85d3f6b0365517782632f150e3bbc2fb8e998cd69e27deba599aae/torchnet-0.0.4.tar.gz Collecting tqdm==4.41.1 Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/72/c9/7fc20feac72e79032a7c8138fd0d395dc6d8812b5b9edf53c3afd0b31017/tqdm-4.41.1-py2.py3-none-any.whl (56kB) Collecting lxml==4.4.2 Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/95/60/552fc6e027bc1158ba4691cccfdf6eb77f206f2f21d3c1c5f23b89f68a0e/lxml-4.4.2-cp37-cp37m-manylinux1_x86_64.whl (5.7MB) Collecting transforms3d==0.3.1 Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/b5/f7/e85809168a548a854d7c1331560c27b4f5381698d29c12e57759192b2bc1/transforms3d-0.3.1.tar.gz (62kB) Collecting distributed==2.9.1 Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/fe/ad/9c13bac92f0f05973bb6bd179d68e825fc0bb2efbfd1fd2573d57702b410/distributed-2.9.1-py3-none-any.whl (573kB) Collecting joblib==0.14.1 Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/28/5c/cf6a2b65a321c4a209efcdf64c2689efae2cb62661f8f6f4bb28547cf1bf/joblib-0.14.1-py2.py3-none-any.whl (294kB) Collecting pandas==0.25.3 Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/63/e0/a1b39cdcb2c391f087a1538bc8a6d62a82d0439693192aef541d7b123769/pandas-0.25.3-cp37-cp37m-manylinux1_x86_64.whl (10.4MB) Collecting xarray==0.14.1 Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/a8/52/4a561281f536d0902d6279f47fd48894c2c7b7fb078816f18367e9ef46be/xarray-0.14.1-py3-none-any.whl (634kB) Collecting pyarrow==0.15.1 Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/5a/ee/fd2d696eff911f76ed14feeb51e6db6783dd04abd9b8e14be4cbf48d6088/pyarrow-0.15.1-cp37-cp37m-manylinux2010_x86_64.whl (59.2MB) Collecting matplotlib==3.1.2 Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/61/42/3e92d7aa64295483fbca20a86c89b34d0cb43cffaadaffe028793902d790/matplotlib-3.1.2-cp37-cp37m-manylinux1_x86_64.whl (13.1MB) Collecting bokeh==1.4.0 Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/de/70/fdd4b186d8570a737372487cc5547aac885a1270626e3ebf03db1808e4ed/bokeh-1.4.0.tar.gz (32.4MB) Collecting plyfile==0.7.1 Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/4c/15/434d1d96f9a41fea56cb3290718123d651c56c4b7e53f0249acaf1bf34b6/plyfile-0.7.1.tar.gz Collecting trimesh==3.5.16 Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/55/8a/423dc7953c15366b6db16014822bb36e260b05daff6237497b0c2c18bd95/trimesh-3.5.16.tar.gz (397kB) Collecting pycollada==0.6 Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/37/7d/70545d16fed218ce781f74def0cffcfdc3fe46d5c64dfe726b082befb83c/pycollada-0.6.tar.gz (103kB) Collecting shapely==1.7.0 Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/82/43/3d04326a1e7c1d7dd8791004443b6b0ef425afda7bb2ce669c6d293e4ba0/Shapely-1.7.0-cp37-cp37m-manylinux1_x86_64.whl (1.8MB) Collecting wget==3.2 Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/47/6a/62e288da7bcda82b935ff0c6cfe542970f04e29c756b0e147251b2fb251f/wget-3.2.zip Collecting pypng==0.0.20 Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/bc/fb/f719f1ac965e2101aa6ea6f54ef8b40f8fbb033f6ad07c017663467f5147/pypng-0.0.20.tar.gz (649kB) Collecting PyOpenGL==3.1.0 Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/9c/1d/4544708aaa89f26c97cc09450bb333a23724a320923e74d73e028b3560f9/PyOpenGL-3.1.0.tar.gz (1.2MB) Collecting Cython==0.29.21 Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/6b/36/d6c18632a339dafa54fd128b0dd2c36c6dc4bc86b8e0d366ccd9f22b480a/Cython-0.29.21-cp37-cp37m-manylinux1_x86_64.whl (2.0MB) Collecting glumpy==1.1.0 Downloading https://files.pythonhosted.org/packages/1e/d9/cbc85887ec54406ffe991d42de11445e5dacd052748cf376be6403b40d61/glumpy-1.1.0.tar.gz (503kB) Pip subprocess error: ERROR: Command errored out with exit status 1: command: /home/rosmatch/anaconda3/envs/cosypose/bin/python -c 'import sys, setuptools, tokenize; sys.argv[0] = '"'"'/tmp/pip-install-h16j98cf/glumpy/setup.py'"'"'; __file__='"'"'/tmp/pip-install-h16j98cf/glumpy/setup.py'"'"';f=getattr(tokenize, '"'"'open'"'"', open)(__file__);code=f.read().replace('"'"'\r\n'"'"', '"'"'\n'"'"');f.close();exec(compile(code, __file__, '"'"'exec'"'"'))' egg_info --egg-base /tmp/pip-install-h16j98cf/glumpy/pip-egg-info cwd: /tmp/pip-install-h16j98cf/glumpy/ Complete output (5 lines): Traceback (most recent call last): File "<string>", line 1, in <module> File "/tmp/pip-install-h16j98cf/glumpy/setup.py", line 9, in <module> from Cython.Distutils import build_ext ModuleNotFoundError: No module named 'Cython' ---------------------------------------- ERROR: Command errored out with exit status 1: python setup.py egg_info Check the logs for full command output. failed CondaEnvException: Pip failed

HartmannSa avatar Nov 25 '20 08:11 HartmannSa

I found a work-around:

in the environment.yaml I deleted line 48 - glumpy==1.1.0

With this change the command conda env create -n cosypose --file environment.yaml works. (Environment needs to be removed before with conda remove --name cosypose --all)

I tried to install glumpy afterwards with conda install -n cosypose glumpy==1.1.0 however I got the Error: PackagesNotFoundError: The following packages are not available from current channels:

  • glumpy==1.1.0

Current channels:

  • https://repo.anaconda.com/pkgs/main/linux-64
  • https://repo.anaconda.com/pkgs/main/noarch
  • https://repo.anaconda.com/pkgs/r/linux-64
  • https://repo.anaconda.com/pkgs/r/noarch
  • https://conda.anaconda.org/conda-forge/linux-64
  • https://conda.anaconda.org/conda-forge/noarch
  • https://conda.anaconda.org/pytorch/linux-64
  • https://conda.anaconda.org/pytorch/noarch

Activating the cosypose environment and then using pip install glumpy==1.1.0 works, but I am not sure if this is the same..

HartmannSa avatar Nov 25 '20 14:11 HartmannSa

I resolved this by putting Cython in the dependencies section in the environment.yaml file

JohannesAman avatar Feb 25 '21 13:02 JohannesAman

I solved this problem by upgrading the glumpy library up to glumpy==1.2.0 in the environment.yml file.

mypey avatar Jul 25 '22 09:07 mypey