ALLHiC optimize可以跳过GA吗

[xuzhougeng]

我在使用ALLHiC组装简单的二倍体时发现，optimize这一步可能会将原来正确的朝向搞错

这是使用optimize默认参数绘制的热图

根据信号强弱变化，左下角的方向可能是反了

于是我试着optimize 用 --skipGA跳过GA步骤结果绘制的热图

结果可能更加符合预期

我想问的是

1. GA步骤是如何根据clm文件确定contig的朝向呢？ 2 GA步骤是否是必须的？