nakane-scc

320_run-awk-prioritize.shの Scripts/awk010_ToMMo35KJPNv2.awk \ ${forig} > ${f1} Scripts/awk020_TrancateVariants.awk \ ${f1} > ${f2} Scripts/awk030_NonsynonymousVariants.awk \ ${f1} > ${f3} Scripts/awk040_Homozygous.awk \ ${f2} > ${f4} Scripts/awk050_Heterozygous.awk \ ${f2} > ${f5} Scripts/awk040_Homozygous.awk \ ${f3} >...

ご回答、ありがとうございます。 アドバイスに従い、320を実行したところ、下記のような結果になりました。 20026 DRR006760.hg38_multianno.txt 19957 DRR006760.hg38_p01_rare.txt 152 DRR006760.hg38_p02_trancate.txt 2962 DRR006760.hg38_p02_nonsynonymous.tx 60 DRR006760.hg38_p03_trancate-hom.txt 93 DRR006760.hg38_p03_trancate-het.txt 1374 DRR006760.hg38_p03_nonsyn-hom.txt 1589 DRR006760.hg38_p03_nonsym-het.txt 最初の結果とは異なり、DRR006760.hg38_multianno.txt以外の値が全て0ということはなくなりましたが、本に記載されている結果とはオーダーが異なっており、正しく解析されているのかという不安があります。こういうこともあり得るのでしょうか。

回答ありがとうございます。 アドバイスいただきました通り、Homo_sapiens_assembly38.dbsnp138.vcf.gzをDLし、090を実行した後、#19の質問に対する回答にあったように、gatk-4.1.2.0をDLしなおして100を実行いたしました。 ところが、#19の方と同じエラーが出て、処理が進みません。 ご多用とは存じますが、アドバイスをいただければ幸いです。 Exception in thread "main" java.lang.IncompatibleClassChangeError: Inconsistent constant pool data in classfile for class org/broadinstitute/hellbender/transformers/ReadTransformer. Method 'org.broadinstitute.hellbender.utils.read.GATKRead lambda$identity$d67512bf$1(org.broadinstitute.hellbender.utils.read.GATKRead)' at index 65 is CONSTANT_MethodRef and should be CONSTANT_InterfaceMethodRef...

gatk-4.1.2.0をgatk-4.2.0.0にしたら、動き始めました。これで様子を見てみたいと思います。