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misshie
NGS Data Analysis Textbook Version 2 (Disease Genome Analysis)
表題の件につきまして、7GBのファイルがダウンロードできていれば良いということでしたが、ダウンロードはうまくいったものの、７GBに満たない小さい容量のファイルがダウンロードされました。何が起きているのか分からず、どのような解決策が有りますでしょうか？
初めまして、最近DRY解析教本2版で勉強を進めています。P,66につきまして、./010_download-ucsc.shを実行後にタイムアウトとなり、これ以上先に進めません。同様の質問がありますが、回答が私には理解できないため再度質問させてください。私の環境がM2Mac BookAirでOSがVentura13.0となります。よろしくお願い致します。
以前にも何人か質問されて，解決されているということなのですが，sort-bed.rb がカレントディレクトリにあるのに，No such file or directoryと表示されて実行できません。 対処法がありましたらご教示いただけないでしょうか
DRY解析教本の下記ページに関する質問です。 https://github.com/yuifu/ngsdat2_epigenome_chipseq/blob/master/atacseq.md#macs2%E3%81%AB%E3%82%88%E3%82%8B%E3%83%94%E3%83%BC%E3%82%AF%E6%A4%9C%E5%87%BA MACS2のヘルプによると、オプション--shiftはペアエンドBAMには使用できないとあります。 https://github.com/macs3-project/MACS/blob/master/docs/callpeak.md#--shift 私がどこか勘違いしているのかもしれないのですが、この点に関してご教授いただけますと幸いです。
お世話になっております。 改訂第２版を拝読させていただいております。 NGS解析、コーディングに関して、初学者です。 困っていること：一つ上の./020_concatinate.shを実行した後、上記のコードを実行したところ、染色体名が書籍の通りに表示されませんでした。 原因がありそうなこと：東北大学のメガバンク(https://www.megabank.tohoku.ac.jp/news/17177 ,記事の下部にリンクがあります) の書籍に書いてあったリンクが切れていたので、デコイ配列をj Morp（https://jmorp.megabank.tohoku.ac.jp/202206/downloads/legacy/ ) のdecoyJRGv2.fastaを使用していること 試してみたこと：デコイ配列のファイルの位置の移動など、このサイトのissueの閲覧 どうぞよろしくお願いします
p66 unzip ~/Downloads/ngsdat2-master.zip を行なったところ、unzip: cannot find or open と出てしまいました。 ダウンロードは済んでいるのですが、原因がわかりません。 宜しくお願い致します。
まず、このシェルスクリプトの中身は最新バージョンに書き換えました、 3行目 fdump=sratoolkit.2.10.7-mac64/bin/fastq-dump その上で実行したのですが、 This sra toolkit installation has not been configured. Before continuing, please run: vdb-config --interactive For more information, see https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/sra-cloud/ と返ってきます。 vdb-configでなにか変更しなくてはいけないのでしょうか？
突然のご連絡失礼します P66 ./010_download-ucsc.sh 内のコマンドに置きまして、コマンドが u1="ftp://hgdownload.soe.ucsc.edu" となっていたのですが、正しくは u1="https://hgdownload.soe.ucsc.edu" だと思われます。私の場合、初期の状態ではhg３８参照ゲノムがダウンロードされなく、上記のようにコマンドを変えることでダウンロードできるようになりました。 私のコンピュータ（MacBook Pro m1チップ搭載モデル）のみでの誤作動ならよいのですが、他の方にも支障あると思い連絡させていただきました。 ご確認のほど何卒よろしくお願いします。
失礼します、学生です。DRY解析教本改訂２版で勉強させていただいています。 早速本題に入らせていただきます、P.64の上から4つ目のコマンド「040_run-sra-fastq-dump.sh」なのですが、 $ 040_run-sra-fastq-dump.sh -bash: 040_run-sra-fastq-dump.sh: command not found とでてしまい、「 ./ 」をつけて $ ./040_run-sra-fastq-dump.sh ./040_run-sra-fastq-dump.sh: line 8: sratoolkit.2.9.6-1-mac64/bin/fastq-dump: No such file or directory としてもこのようになったため、sratoolkitを最新の2.10.5-mac64とした(041_run-sra-fastq-dump.sh)のですが $ ./041_run-sra-fastq-dump.sh -bash: ./041_run-sra-fastq-dump.sh: Permission denied...
お世話になっております。 改訂第２版を拝読させていただいております。 NGS解析、コーディングに関して、初学者です。 p67 BWAの準備について、bwa-0.7.17をpushd後makeコマンドを送ると、エラーが発生してしまいます（画像参照）。 makeコマンドを初めて使うもので、何がどう問題なのか理解できず困っております。 お忙しい中恐縮ですが、ご教授いただけますと幸いです。何卒よろしくお願いいたします。 使用PCのスペックは、MacBook Pro (M1, 2020) Big Sur 11.4です。
