0 から始めるエピゲノム解析（ChIP-seq）ver2：MACS2のオプション（--shift）について

[Y-Yamaguchi000]

DRY解析教本の下記ページに関する質問です。

https://github.com/yuifu/ngsdat2_epigenome_chipseq/blob/master/atacseq.md#macs2%E3%81%AB%E3%82%88%E3%82%8B%E3%83%94%E3%83%BC%E3%82%AF%E6%A4%9C%E5%87%BA

MACS2のヘルプによると、オプション--shiftはペアエンドBAMには使用できないとあります。 https://github.com/macs3-project/MACS/blob/master/docs/callpeak.md#--shift

私がどこか勘違いしているのかもしれないのですが、この点に関してご教授いただけますと幸いです。