jijitoutou
jijitoutou
> `gseaplot2`支持使用ggplot2添加图层，但`gseaplot2`是三个图合并到一起的，你直接添加会加到最后一个图上。你如果想添加到第一个图（最上面的图），可以用： > > ```r > p p[[1]] p > ``` > > 你说的“好像不可以”，不知道你有没有试着改变annotate的位置，，，，， 请问博主，cnetplot()函数可以基于pvalue输出富集分析的结果吗？谢谢！
> 你说的“基于pvalue输出富集分析的结果”具体指的是什么，是根据pvalua筛选富集结果，还是用pvalue给cnetplot的基因节点着色？ 想实现根据pvalua筛选富集结果，默认是根据p.adjust输出的。请博主提供下参数设置的代码，谢谢。
> @jijitoutou 可以用[filter](https://yulab-smu.top/biomedical-knowledge-mining-book/clusterProfiler-dplyr.html)来筛选。 即便筛选保留了p value小于0.05的结果，出图的时候还是会默认依据p.adj这一列结果输出
> @jijitoutou 你应该首先确保你的富集结果保留了pvalue < 0.05的，而不是p.adj < 0.05。出图并不会筛选你的p.adj。 是的 我查看了表 就是这样的情况。但是出不来图。 之前有一次出图，我想按照qvalue出图，qvalue有10个结果，p.adj有9个结果，最后我数了，通路只有9个
请问博主，我想使用cneplot函数基于pvalue或qvalue，而不是按照默认的p.adjust数据来绘制图片，该如何设置参数呢？查看了包的帮助文档，以及cnetplot函数的原代码，都没能找到修改代码的思路。谢谢。
> This is the solution: > plot1% ggsurvplot(fit1,data=.) > plot1% ggsurvplot(fit2,data=.) > > ggarrange(plotlist=list(plot1$plot,plot2$plot), > labels = c("A", "B",), > ncol = 1, nrow = 2) Could you explain the...
I'm a self-taught medical enthusiast and began studying medicine independently after the COVID-19 pandemic in 2020. I am also a user of MIMIC-IV from China. Here's my opinions. Sepsis Diagnosis...
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The same error occurs when using other models, such as "cph" (cox).