そなー
mod_vhost_alias際、デフォルト(.permission_fileがないとき)は、ドキュメントルートのディレクトリのuid/gidで固定してしまう、っていうのはどうでしょうか。 ちゃんと取れるのかはわからないですが。。
PSFixedUserGroupFile にて指定できるのはファイルだけではなくディレクトリも可能なようするのはどうでしょうか？ 運用中のホスティングサービスに導入するという目線で考えた場合、できるだけ現状のシステムに変更なく導入したいと考えてしまうのですが、ディレクトリの指定も可能であればそういったコストが軽減できるパターンもあるのではないかと思います。
いち利用者としての報告に対応して下さり、ありがとうございます。 少し難しくて理解できていない部分があるかもしれませんが、頂いた返信内容を元に僕の環境でも設定してみましたが、エラーは出なくなりました。 僕の方でも他に不具合は発生していないように思います。
言葉足らずですいません。 MySQLにアクセスするようなPHPスクリプトを実行した時にエラーが出力されます。 厳密にはブラウザでアクセスした後、1分ほど後にApacheエラーログへ出力されます。 運用中、ご連絡させて頂いたエラーでエラーログが埋まるくらい出力されていましたが、WEBサービス自体に不具合は出ていませんでした。 サーバの起動や停止時には特にエラーは発生していません。