Chenguang Chen
Results
2
issues of
Chenguang Chen
郑博士您好 ！@starskyzheng 我在用TGS检测SV的时候，我使用了ont、CLR、ccs三种数据，其他几个变异检测软件都能顺利检测。当运行到pbsv的时候只生成了03_vcf/sample1/pbsv.svsig.gz这个文件，然后接下来4天依然在运行但没有任何新文件的产生。当我将pbsv流程从subworkflows/callSV3.py种屏蔽掉后重新运行TGS，可以顺利产生最终的vcf文件。我想问一下是否由于ont数据不适合pbsv的流程从而卡住了，还是需要对原始的fq.gz文件处理后才能进行TGS检测。 期待您的回复！
单倍型基因组检测
1
@starskyzheng 作者您好，感谢您提供的构建泛基因组的有效软件，我有一个问题，我是构建的单倍型基因组，我在填写1.sample.reads.tsv文件时，能否写成下面的： sample platform fq AssmbFasta s1_hap1 hifi s1.fq.gz s1_hap1.fa s1_hap2 hifi s1.fq.gz s1_hap2.fa 期待您的回复