Shujia Huang

> 树嘉大大您好： > 我是中山大学的在读博士liyt，关注您的公众号一段时间，作为生信小白，最近见您发表了ilus工具，立刻想研究学习，已按照您的yaml模板和fastq.list模板改写了本地模板（因上传的原因将文件后缀改为.txt），见附件，并在windows10的WSL下的conda环境下试运行，输出“** WGS done, 0 seconds elapsed **”，但没有运行程序，我不知道原因为何，想向您请假。第一次在github提iusse，还请多多指教，谢谢。 >  > [Input.txt](https://github.com/ShujiaHuang/ilus/files/6912697/Input.txt) > [ilus_HGDP_210801.txt](https://github.com/ShujiaHuang/ilus/files/6912691/ilus_HGDP_210801.txt) > > Email: [[email protected]](mailto:[email protected]) ilus 不会主动运行你的任务的，只生成整个流程的执行脚本，你在 00.shell 目录下可以看到对应步骤的shell bash脚本，从 step1到step6，你按顺序投递这些任务就可以了，这个我在原来的公众号文章也有详细描述。

PU 是测序数据的一个唯一标识，可以起到区分不同测序lane的作用，它一般可以用 FollowCell 的编号信息+lane 信息+样本barcode或者样本ID。最好是有，一般在测序下机数据的命名里面可以看出来，如果实在没有，那也可以自己为每一个lane的测序数据编一个唯一的编码。

哦? 感谢指出，我回头去检查！也十分欢迎大家推给我建议的解法，拜谢！

It could use to annotate your variants and the annotated information may suit for the filtration

Thanks for the issues, I will fix this ASAP

Fixed, thanks!

Thanks for your comment and it has been fixed in #3

It's pretty easy. you can set marker size to be 1 by the parameter `s`, such as: ```python ax = manhattanplot(data=df, sign_marker_p=1e-6, # highline the significant SNP with ``sign_marker_color`` color....

> Hi: > I copy the code in the README.md, but the sign marker color(red points) doesn't seem to meet the set value(1e-6) and it's different from yours. > My...

Hi @ldorozco , AsmVar does "joint genotyping" using Gaussian mixture model, different from the exact algorithm by GATK. AsmVar calls structural variant in break-point resolution since it calls variants from...