Pennyroyal-Tea

 步骤顺序是没错的，然而还是无法进行查询，貌似是因为指针所对应的地址是无效地址，不知道哪里代码出现了问题

小数据集是dna.200MB（http://pizzachili.dcc.uchile.cl/texts/dna/dna.200MB.gz）。我首先对该数据集进行处理，./preprocess --index dna.200MB后生成dna.200MB.not_N，然后运行./FMtree。第一步建立index，input file name：dna.200MB.not_N，采样距离D=2，index可以成功建立，生成dna.200MB.not_N.index.occ、dna.200MB.not_B.bwt等6个文件。第二步make pattern，输入文件为dna.200MB.not_N，从中随机生成10条长度为5的子串，结果生成patterns.txt，这一步也成功了。第三步search，需要input the prefix of index name，我的输入是dna.200MB.not_N，结果报错为Failed to open .index.occ！我以为是前缀的原因，我重复以上步骤，并把名字尽量修改简单，例如dna200、ref200，仍然是同样的错误。大数据集是human.fasta（http://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/technical/reference/human_g1k_v37.fasta.gz）。同样的操作步骤，进行search时候输入human.fasta，显示2902918 segmentation fault ./FMtree，可能是因为代码哪里出现了内存泄漏。无论是FMtree、Original_s、Original_v，都出现了以上问题 我的课题也是基于FM-Index，另外我注意到可能是您在科大的师弟发表了FMAlign，那个也是基于FMtree，所以能够成功复现FMtree蛮重要的，希望能够得到您的帮助。