manta
manta copied to clipboard
Why is START and END the same in the diploidSV.vcf.gz?
manta version: /manta/1.5.0
Why is START and END the same?
chr1 3260742 MantaINS:2:652:652:0:3:0 A <INS> 999 PASS END=3260742;SVTYPE=INS;CIPOS=0,5;CIEND=0,5;HOMLEN=5;HOMSEQ=TGATG;LEFT_SVINSSE Q=TGATGGTGATGATAATGATAGTGATGGTGATGATGATGGTGGTGGTGATGGTGATGGTGATGGTGGTGGTGATGATGGTGATGGTGATGATGGTGGTGGTGATGATGGTGGTGGTGATGATGGTGATGGTGATGATGGTGATGGTGGTGATGATG GTGGTGG;RIGHT_SVINSSEQ=GGTGGTGATGATGGTGATGGTGGTGATGATGATGGTGATGATGGTGATGGTGATGATGGTGATAATGATAGTGGTGATGATGGTGATGATGATAGTGATGATGATGGTGATGATGGTGATGGCGGCGATGATGG TGATGATGATGGTGATGGTTGTGATGATGTTGGTGATGGTGGTGATGATGATGGCATGATGGCAGTGATTCAAG GT:FT:GQ:PL:PR:SR 1/1:PASS:105:999,108,0:0,14:0,24
What is the length of the insertion? I am planning to use the diploidSV.vcf.gz and only consider records with a PASS for my analysis. Should I filter on something else or should I be good to go.
Help would be highly appreciated.