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[ERROR] Failed to complete command task: 'generateCandidateSV_0000' with taskExitCode -9

Open Mirror-fish opened this issue 3 years ago • 3 comments

Hi, I'm running manta-1.6.0 for days and an error came out, I have no idea of how to solve it. Can anyone help me?

[2021-10-18T05:27:26.963507Z] [cngb-compute-e03-8.cngb.sz.hpc] [90379_1] [TaskRunner:generateCandidateSV_0000] Task initiated on local node
[2021-10-18T05:52:00.859232Z] [cngb-compute-e03-8.cngb.sz.hpc] [90379_1] [TaskManager] [ERROR] Failed to complete command task: 'generateCandidateSV_0000' launched from master workflow, error code: 1, command: '/hwfssz5/ST_MCHRI/BIGDATA/USER/zengjingyu/software/manta-1.6.0.centos6_x86_64/libexec/GenerateSVCandidates --threads 112 --align-stats /hwfssz5/ST_MCHRI/BIGDATA/USER/zengjingyu/20210922_SV/manta/outcome3/workspace/alignmentStats.xml --graph-file /hwfssz5/ST_MCHRI/BIGDATA/USER/zengjingyu/20210922_SV/manta/outcome3/workspace/svLocusGraph.bin --bin-index 0 --bin-count 1 --max-edge-count 10 --min-candidate-sv-size 8 --min-candidate-spanning-count 3 --min-scored-sv-size 50 --ref /hwfssz5/ST_MCHRI/BIGDATA/DATAHUB/Reference/hg38_index/Homo_sapiens_assembly38.fasta --candidate-output-file /hwfssz5/ST_MCHRI/BIGDATA/USER/zengjingyu/20210922_SV/manta/outcome3/workspace/svHyGen/candidateSV.0000.vcf --diploid-output-file /hwfssz5/ST_MCHRI/BIGDATA/USER/zengjingyu/20210922_SV/manta/outcome3/workspace/svHyGen/diploidSV.0000.vcf --min-qual-score 10 --min-pass-qual-score 20 --min-pass-gt-score 15 --enable-remote-read-retrieval --chrom-depth /hwfssz5/ST_MCHRI/BIGDATA/USER/zengjingyu/20210922_SV/manta/outcome3/workspace/chromDepth.txt --edge-runtime-log /hwfssz5/ST_MCHRI/BIGDATA/USER/zengjingyu/20210922_SV/manta/outcome3/workspace/svHyGen/edgeRuntimeLog.0000.txt --edge-stats-log /hwfssz5/ST_MCHRI/BIGDATA/USER/zengjingyu/20210922_SV/manta/outcome3/results/stats/svCandidateGenerationStats.xml --edge-stats-report /hwfssz5/ST_MCHRI/BIGDATA/USER/zengjingyu/20210922_SV/manta/outcome3/results/stats/svCandidateGenerationStats.tsv --align-file /zfssz3/ST_MCHRI/BIGDATA/P18Z10200N0124/zfssz6/IVF_Data/bam1/B-2018-C-002-1/B-2018-C-002-1.sorted.markdup.BQSR.bam --align-file /zfssz3/ST_MCHRI/BIGDATA/P18Z10200N0124/zfssz6/IVF_Data/bam1/B-2018-C-004-1/B-2018-C-004-1.sorted.markdup.BQSR.bam --align-file 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/zfssz3/ST_MCHRI/BIGDATA/P18Z10200N0124/zfssz6/IVF_Data/bam2/ZX-2014-A638C/ZX-2014-A638C.sorted.markdup.BQSR.bam --align-file /zfssz3/ST_MCHRI/BIGDATA/P18Z10200N0124/zfssz6/IVF_Data/bam2/ZX-2014-A639C/ZX-2014-A639C.sorted.markdup.BQSR.bam --align-file /zfssz3/ST_MCHRI/BIGDATA/P18Z10200N0124/zfssz6/IVF_Data/bam2/ZX-2014-A649C/ZX-2014-A649C.sorted.markdup.BQSR.bam --align-file /zfssz3/ST_MCHRI/BIGDATA/P18Z10200N0124/zfssz6/IVF_Data/bam2/ZX-2014-A652C/ZX-2014-A652C.sorted.markdup.BQSR.bam --align-file /zfssz3/ST_MCHRI/BIGDATA/P18Z10200N0124/zfssz6/IVF_Data/bam2/ZX-2014-A658C/ZX-2014-A658C.sorted.markdup.BQSR.bam --align-file /zfssz3/ST_MCHRI/BIGDATA/P18Z10200N0124/zfssz6/IVF_Data/bam2/ZX-2014-A678C/ZX-2014-A678C.sorted.markdup.BQSR.bam --align-file /zfssz3/ST_MCHRI/BIGDATA/P18Z10200N0124/zfssz6/IVF_Data/bam2/ZX-2014-A691C/ZX-2014-A691C.sorted.markdup.BQSR.bam --align-file /zfssz3/ST_MCHRI/BIGDATA/P18Z10200N0124/zfssz6/IVF_Data/bam2/ZX-2014-A713C/ZX-2014-A713C.sorted.markdup.BQSR.bam --align-file /zfssz3/ST_MCHRI/BIGDATA/P18Z10200N0124/zfssz6/IVF_Data/bam2/ZX-2014-A740C/ZX-2014-A740C.sorted.markdup.BQSR.bam --align-file /zfssz3/ST_MCHRI/BIGDATA/P18Z10200N0124/zfssz6/IVF_Data/bam2/ZX-2014-A770C/ZX-2014-A770C.sorted.markdup.BQSR.bam --align-file /zfssz3/ST_MCHRI/BIGDATA/P18Z10200N0124/zfssz6/IVF_Data/bam2/ZX-2014-A772C/ZX-2014-A772C.sorted.markdup.BQSR.bam'
[2021-10-18T05:52:02.378678Z] [cngb-compute-e03-8.cngb.sz.hpc] [90379_1] [TaskManager] [ERROR] [generateCandidateSV_0000] Error Message:
[2021-10-18T05:52:02.979480Z] [cngb-compute-e03-8.cngb.sz.hpc] [90379_1] [TaskManager] [ERROR] [generateCandidateSV_0000] Anomalous task wrapper stderr output. Wrapper signal file: '/hwfssz5/ST_MCHRI/BIGDATA/USER/zengjingyu/20210922_SV/manta/outcome3/workspace/pyflow.data/logs/tmp/taskWrapperLogs/036/072/pyflowTaskWrapper.signal.txt'
[2021-10-18T05:52:03.220409Z] [cngb-compute-e03-8.cngb.sz.hpc] [90379_1] [TaskManager] [ERROR] [generateCandidateSV_0000] Logging 5 line(s) of task wrapper log output below:
[2021-10-18T05:52:03.689096Z] [cngb-compute-e03-8.cngb.sz.hpc] [90379_1] [TaskManager] [ERROR] [generateCandidateSV_0000] [taskWrapper-stderr] [2021-10-18T05:27:27.094466Z] [cngb-compute-e03-8.cngb.sz.hpc] [90379_1] [pyflowTaskWrapper:generateCandidateSV_0000] [wrapperSignal] wrapperStart
[2021-10-18T05:52:04.208044Z] [cngb-compute-e03-8.cngb.sz.hpc] [90379_1] [TaskManager] [ERROR] [generateCandidateSV_0000] [taskWrapper-stderr] [2021-10-18T05:27:27.435652Z] [cngb-compute-e03-8.cngb.sz.hpc] [90379_1] [pyflowTaskWrapper:generateCandidateSV_0000] [wrapperSignal] taskStart
[2021-10-18T05:52:05.022798Z] [cngb-compute-e03-8.cngb.sz.hpc] [90379_1] [TaskManager] [ERROR] [generateCandidateSV_0000] [taskWrapper-stderr] [2021-10-18T05:51:58.469622Z] [cngb-compute-e03-8.cngb.sz.hpc] [90379_1] [pyflowTaskWrapper:generateCandidateSV_0000] [wrapperSignal] taskExitCode -9
[2021-10-18T05:52:05.631915Z] [cngb-compute-e03-8.cngb.sz.hpc] [90379_1] [TaskManager] [ERROR] [generateCandidateSV_0000] [taskWrapper-stderr] [2021-10-18T05:51:59.308911Z] [cngb-compute-e03-8.cngb.sz.hpc] [90379_1] [pyflowTaskWrapper:generateCandidateSV_0000] [wrapperSignal] taskStderrTail 1
[2021-10-18T05:52:06.127577Z] [cngb-compute-e03-8.cngb.sz.hpc] [90379_1] [TaskManager] [ERROR] [generateCandidateSV_0000] [taskWrapper-stderr] Last 0 stderr lines from task (of 0 total lines):
[2021-10-18T05:52:06.362245Z] [cngb-compute-e03-8.cngb.sz.hpc] [90379_1] [TaskManager] [ERROR] Shutting down task submission. Waiting for remaining tasks to complete.

By the way, I ran this command

python /hwfssz5/ST_MCHRI/BIGDATA/USER/zengjingyu/software/manta-1.6.0.centos6_x86_64/bin/configManta.py \
--bam **94 samples**
--referenceFasta /hwfssz5/ST_MCHRI/BIGDATA/DATAHUB/Reference/hg38_index/Homo_sapiens_assembly38.fasta \
--runDir /hwfssz5/ST_MCHRI/BIGDATA/USER/zengjingyu/20210922_SV/manta/outcome3

with 40GB and 4 cpu, it ran for 10 days and out with this error. Is that normal?

Mirror-fish avatar Oct 18 '21 07:10 Mirror-fish

I meet the same problem, hope for answers!!!

zhiyongli1995 avatar Oct 20 '21 10:10 zhiyongli1995

I had the same issue with taskExitCode -11 on running for one tumor BAM. I tried to raise the memory usage to 330GB and use only 1 cpu but got the same error. Look forward to answers or any clues for the problem. Thanks a lot!

jun-wan avatar May 23 '22 07:05 jun-wan

Did you use pre-compiled binaries or you compiled the code yourself? I compiled myself with gcc v7 and it sometimes throws an error with taskExitCode -11. I compiled it again with gcc v4.8 and it solved the issue (with python2.7, but I don't think python version makes any difference)

logust79 avatar Jun 09 '22 23:06 logust79