Guangchuang Yu

introduce the `height` parameter in `collapse()`

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This is a feature request posted on . I have posted the requirement of this parameter, see . In the same thread, there is a prototype by incorporating `scaleClade()` with...

对接通用的go注释

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1. 标准化`read.gaf`和`read.blast2go`的输出为data.frame 我们现在有[read.gaf](https://github.com/YuLab-SMU/GOSemSim/blob/devel/R/parseGAF.R)和[read.blast2go](https://github.com/YuLab-SMU/GOSemSim/blob/devel/R/readBlast2go.R)，两个函数的输出不太一致，改成都输出`data.frame`，两column名字和顺序固定下来，分别是Gene, GO，事实上这两种数据都应该有GO分支的信息，有的话，加第三个Column，Ontology，标准化为MF, CC和BP，像blast2go的输出有GO Domain就是这个信息。 当前`read.gaf()`有额外的输出，这一块分离出来。 2. 支持data.frame为输入 那么标准化上面两函数之后，如果我们能支持data frame来分析的话，那这两函数的输出就能直接用了，以及可以让用户自己提供data.frame，能直接用。 这个只要衔接[godata](https://github.com/YuLab-SMU/GOSemSim/blob/devel/R/godata.R)这个函数，让OrgDb支持输入一个data.frame就行了。里面调用的函数，调整一下。如此一来，GOSemSim就打通了，因为上面的东西，全部都基于`godata()`的输出。

1. 现在支持非常多的物种，因为不是内置支持，而是先外部处理OrgDb，准备好GO注释。 + OrgDb可以通过AnnotationHub获得，如果没有的话，也可以自己通过AnnotationForge构建，另外[AnnotationHub检索回来的OrgDb也可以打包为R包](https://support.bioconductor.org/p/92004/)，以供后续使用。 + 支持GAF文件 （衔接蛋白质组注释，. + Blast2GO输出 + 支持用户输入data.frame, . 即便是用户自己注释的新基因组，也能够分析，少去了搞OrgDb的门槛。 2. 基于信息含量的几种方法是我用C++重写的，后来又有[@alyst优化](https://github.com/GuangchuangYu/GOSemSim/pull/1)，现在的速度更快。 3. 实现了新方法TCSS 4. 支撑其它包的语义相似性度量，包括disease ontology, human phenotype ontology, mouse phenotype ontology, Medical Subject Headings等。 +...

RT

``` library(ggtree) x = rtree(30) p = ggplot(x) + geom_tree() ggreverse::convert_to_code(p) # [1] "ggplot(data = ggplot_data_name)+geom_segment(mapping = aes(node = node, parent = parent, x = x, y = y), position...

see the source code below: ``` require(ggtree) x = rtree(30) p = ggplot(x) + geom_tree() code = ggreverse::convert_to_code(p) # Error in reverse_theme(p$theme) : inherits(theme, "theme") is not TRUE ```

compile error

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I compile the getErrorProfile.c and it throwed the following error: ``` gcc -I../ThirdParty/kent/inc -I../inc -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE_SOURCE -D_GNU_SOURCE -DMACHTYPE_x86_64 -lm getErrorProfile.o ../ThirdParty/kent/lib/common.o ../ThirdParty/kent/lib/dlist.o ../ThirdParty/kent/lib/bPlusTree.o ../ThirdParty/kent/lib/dystring.o ../ThirdParty/kent/lib/linefile.o ../ThirdParty/kent/lib/nib.o ../ThirdParty/kent/lib/sqlNum.o ../ThirdParty/kent/lib/base64.o ../ThirdParty/kent/lib/dnaLoad.o ../ThirdParty/kent/lib/errabort.o...

需求：.

The `stringr` package has a huge dependency and as `ggHoriPlot` only use `str_detect` and not strongly depends on `stringr`, I would recommend using `yulab.utils::str_detect()` which even runs faster. ``` >...