graphtyper
graphtyper copied to clipboard
Published
20 hours ago •
DecodeGenetics
DecodeGenetics
How to best filter duplicate calls in the output VCF to get one call per variant?
Apologies if I missed this information. I noticed that the same variant can have multiple entries in the output VCF. The ALT field seems to suggest it's because they represent different signals (AGGREGATED, BREAKPOINT1, BREAKPOINT2) but also potentially difference sizes and sometimes different predicted genotypes.
In these cases, what is the best strategy to remove those duplicates?
For now, I just keep the first one based on the variand ID field. For example, chr1:789481:FG for the entries below:
chr1 789481 chr1:789481:FG N <INS:SVSIZE=2320:AGGREGATED> 255 PASS ABHet=-1;ABHetMulti=-1,-1;ABHom=1;ABHomMulti=-1,1;AC=2;AF=1;AN=2;CR=0;CRal=0,0;CRalt=0;END=791801;MMal=0,0;MMalt=0;MQ=58;MQSal=0,0;MQalt=0;MQsquared=68000;MaxAAS=15;MaxAASR=1;MaxAltPP=15;NHet=0;NHomAlt=1;NHomRef=0;PASS_AC=2;PASS_AN=2;PASS_ratio=1;QD=25;QDalt=25;RELATED_SV_ID=62;RefLen=1;SB=-1;SBAlt=-1;SBF=0,0;SBF1=0,0;SBF2=0,0;SBR=0,0;SBR1=0,0;SBR2=0,0;SDal=0,0;SDalt=0;SEQ=GAATGGAATGCAATGGAATGCACTCGAACGGATTGGAATGGAATGGACTCGAATAGAATGGAATAAAATGAAATGGACTCCAATGGATTGGAATGGAATTGACTCCAATGGAATTGAATGGAGTGGAACCGAATGGAACGGATTGGAATGGAATGCACTCGAAATGAATTTGAATGGAATGGATTGGGCTCAAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAACTCAAATGGATTAGCATGGAATGAAGTGGACTCGAATACAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAATGGAACGGACTTGAACGGAATGGATGGAATGGACTCAAATGGAATGGAATGGGTTGAATGGACTCGAATGGAATGGAATGTAAAGGAATGGAATGAACTCGAAAGGAGTGGAATGTAATGGAATGAAATGGACTCGAATGGAATTAAATGGAATGGAACGGAATGGACTGGGATGGAATGGAACGGAACGGAACGCAGTTGAATTGAACGGACCCGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGGAATGAAGTGGACTCTAATGGAATGGAATGGAATGGAAATGGAATGGAATAGACTCGAATGAAATGGGATGGACTCGAATGGAATGGAACGGAATGGAATCGACTCGAGTGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATAGAATGGAATTGACTCAATTTAAATGGAATGAAGTGGAATGAACTCGAATGGCATGCAATGGAATGGAATAGAATCGAATGGAATAGAATGGACCCAAATGGAATGGAACGGAATGGAATGGAATGGAACGGAATGGAATAGAACGGAACGGAATGGAATGGATTGGAATGAACTCCAACGGAATGGAATGGACTCGAATGCAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAGTGGACTGGAATGGAATAGAATGGAATGGAATGGATAGGACTGGAATGAAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGACTCAAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGACACGAATGGAATGGAATTGAATGGAATGGAATGGACTGTATGAAAAGGAATGGATTGGAAAGGAATGGAATAGAACGGAATGGACTCGAATGGAATGGAAAGGACTCGAGTGGAATGGAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAATGGAGTGGAATGTATGCGAATGGAATGGAATTGAATGGATTCGAGTCTAACGGAATGTATGGAATGGACTCGAATGGAATGTAATGTAATGGAATGAAATGACGCGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAGTGGAATGGAATGGACTCGAATGGTATGGAATGGAATTGAATGGACTCGATAGGAATGGAATGGAATGGATTGGACTCGAAAGGAATGTAATGGAATGAAATGTGCTGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATAAAATGTAATGGAATGGACTCGAATGGAATACAGTTGAATTGAATGGACCCGAAAGCAATGGAATGGAATGGAACGGATTGGAAGGGAATGGAATGGAATGAAATGGAAAAGACTCGAATGGAATGGAATGGACTCGAATGAAATGGAGTGGACTAGAATGGAATGGAATGGACTTGAAAGAAATGGAATGCAGTGGAATGGACTCGAATGGAATGCAATGGAATGGAATAGACTCGAACGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAACGGAATGGACGCGAATGAAATGGAACGGAACGGAATGGACTCGGATGGAACGGAACGGAACGGAATGGAATGGAATTACTCGAATGGGATGGAATGGAATGGAATTTACTCGAATGGAATGGAATGGAATGGACTGAAATGGAATAGCATGGAATGGAATGGACTCGAATGCAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAACGGAATGGACTCGAACGGAGTGGAGTCGAATGGATTCGAATGGAATGCAATGGAATGGAACGGAATGCAATGTACTCGAATGGAATGGAATGTAATAGAATGAAAATTACTCGAATGGAATGGAATGGAATGGACTCCAATGGAATGGAATCGAACGGACTCGAATAGAATGCAGTTGAATTGAATGGACCTGAAAGAATGCAATGGAATGGAATGAAATGGACTCGAATGGAATGGAATAGACTGAAATGAAATGGAATGTACTGGAATGGAATGGAATGGAATGTACTGGAATGGAATGGAATGGACTCGAATGATATGCAATTGAATGACTCGCATGGATTGGAATGGACTCTAGTGGAATGGAATGGAATA;SVLEN=2320;SVMODEL=AGGREGATED;SVSIZE=2320;SVTYPE=INS;SV_ID=61;SeqDepth=20;VarType=FG GT:FT:AD:MD:DP:RA:PP:GQ:PL 1/1:PASS:0,15:5:20:5,20:15:45:255,45,0
chr1 789481 chr1:789481:FG.0 N <INS:SVSIZE=2320:BREAKPOINT1> 255 PASS ABHet=-1;ABHetMulti=-1,-1;ABHom=1;ABHomMulti=-1,1;AC=2;AF=1;AN=2;CR=0;CRal=0,0;CRalt=0;END=791801;MMal=0,0;MMalt=0;MQ=58;MQSal=0,0;MQalt=0;MQsquared=68000;MaxAAS=15;MaxAASR=1;MaxAltPP=15;NHet=0;NHomAlt=1;NHomRef=0;PASS_AC=2;PASS_AN=2;PASS_ratio=1;QD=25;QDalt=25;RELATED_SV_ID=62;RefLen=1;SB=-1;SBAlt=-1;SBF=0,0;SBF1=0,0;SBF2=0,0;SBR=0,0;SBR1=0,0;SBR2=0,0;SDal=0,0;SDalt=0;SEQ=GAATGGAATGCAATGGAATGCACTCGAACGGATTGGAATGGAATGGACTCGAATAGAATGGAATAAAATGAAATGGACTCCAATGGATTGGAATGGAATTGACTCCAATGGAATTGAATGGAGTGGAACCGAATGGAACGGATTGGAATGGAATGCACTCGAAATGAATTTGAATGGAATGGATTGGGCTCAAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAACTCAAATGGATTAGCATGGAATGAAGTGGACTCGAATACAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAATGGAACGGACTTGAACGGAATGGATGGAATGGACTCAAATGGAATGGAATGGGTTGAATGGACTCGAATGGAATGGAATGTAAAGGAATGGAATGAACTCGAAAGGAGTGGAATGTAATGGAATGAAATGGACTCGAATGGAATTAAATGGAATGGAACGGAATGGACTGGGATGGAATGGAACGGAACGGAACGCAGTTGAATTGAACGGACCCGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGGAATGAAGTGGACTCTAATGGAATGGAATGGAATGGAAATGGAATGGAATAGACTCGAATGAAATGGGATGGACTCGAATGGAATGGAACGGAATGGAATCGACTCGAGTGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATAGAATGGAATTGACTCAATTTAAATGGAATGAAGTGGAATGAACTCGAATGGCATGCAATGGAATGGAATAGAATCGAATGGAATAGAATGGACCCAAATGGAATGGAACGGAATGGAATGGAATGGAACGGAATGGAATAGAACGGAACGGAATGGAATGGATTGGAATGAACTCCAACGGAATGGAATGGACTCGAATGCAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAGTGGACTGGAATGGAATAGAATGGAATGGAATGGATAGGACTGGAATGAAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGACTCAAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGACACGAATGGAATGGAATTGAATGGAATGGAATGGACTGTATGAAAAGGAATGGATTGGAAAGGAATGGAATAGAACGGAATGGACTCGAATGGAATGGAAAGGACTCGAGTGGAATGGAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAATGGAGTGGAATGTATGCGAATGGAATGGAATTGAATGGATTCGAGTCTAACGGAATGTATGGAATGGACTCGAATGGAATGTAATGTAATGGAATGAAATGACGCGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAGTGGAATGGAATGGACTCGAATGGTATGGAATGGAATTGAATGGACTCGATAGGAATGGAATGGAATGGATTGGACTCGAAAGGAATGTAATGGAATGAAATGTGCTGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATAAAATGTAATGGAATGGACTCGAATGGAATACAGTTGAATTGAATGGACCCGAAAGCAATGGAATGGAATGGAACGGATTGGAAGGGAATGGAATGGAATGAAATGGAAAAGACTCGAATGGAATGGAATGGACTCGAATGAAATGGAGTGGACTAGAATGGAATGGAATGGACTTGAAAGAAATGGAATGCAGTGGAATGGACTCGAATGGAATGCAATGGAATGGAATAGACTCGAACGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAACGGAATGGACGCGAATGAAATGGAACGGAACGGAATGGACTCGGATGGAACGGAACGGAACGGAATGGAATGGAATTACTCGAATGGGATGGAATGGAATGGAATTTACTCGAATGGAATGGAATGGAATGGACTGAAATGGAATAGCATGGAATGGAATGGACTCGAATGCAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAACGGAATGGACTCGAACGGAGTGGAGTCGAATGGATTCGAATGGAATGCAATGGAATGGAACGGAATGCAATGTACTCGAATGGAATGGAATGTAATAGAATGAAAATTACTCGAATGGAATGGAATGGAATGGACTCCAATGGAATGGAATCGAACGGACTCGAATAGAATGCAGTTGAATTGAATGGACCTGAAAGAATGCAATGGAATGGAATGAAATGGACTCGAATGGAATGGAATAGACTGAAATGAAATGGAATGTACTGGAATGGAATGGAATGGAATGTACTGGAATGGAATGGAATGGACTCGAATGATATGCAATTGAATGACTCGCATGGATTGGAATGGACTCTAGTGGAATGGAATGGAATA;SVLEN=2320;SVMODEL=BREAKPOINT1;SVSIZE=2320;SVTYPE=INS;SV_ID=61;SeqDepth=20;VarType=FG GT:FT:AD:MD:DP:RA:PP:GQ:PL 1/1:PASS:0,15:5:20:5,20:15:45:255,45,0
chr1 789481 chr1:789481:FG.1 N <INS:SVSIZE=2320:BREAKPOINT2> 255 PASS ABHet=-1;ABHetMulti=-1,-1;ABHom=1;ABHomMulti=-1,1;AC=2;AF=1;AN=2;CR=0;CRal=0,0;CRalt=0;END=791801;MMal=0,0;MMalt=0;MQ=58;MQSal=0,0;MQalt=0;MQsquared=68000;MaxAAS=15;MaxAASR=1;MaxAltPP=15;NHet=0;NHomAlt=1;NHomRef=0;PASS_AC=2;PASS_AN=2;PASS_ratio=1;QD=25;QDalt=25;RELATED_SV_ID=61;RefLen=1;SB=-1;SBAlt=-1;SBF=0,0;SBF1=0,0;SBF2=0,0;SBR=0,0;SBR1=0,0;SBR2=0,0;SDal=0,0;SDalt=0;SEQ=GAATGGAATGCAATGGAATGCACTCGAACGGATTGGAATGGAATGGACTCGAATAGAATGGAATAAAATGAAATGGACTCCAATGGATTGGAATGGAATTGACTCCAATGGAATTGAATGGAGTGGAACCGAATGGAACGGATTGGAATGGAATGCACTCGAAATGAATTTGAATGGAATGGATTGGGCTCAAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAACTCAAATGGATTAGCATGGAATGAAGTGGACTCGAATACAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAATGGAACGGACTTGAACGGAATGGATGGAATGGACTCAAATGGAATGGAATGGGTTGAATGGACTCGAATGGAATGGAATGTAAAGGAATGGAATGAACTCGAAAGGAGTGGAATGTAATGGAATGAAATGGACTCGAATGGAATTAAATGGAATGGAACGGAATGGACTGGGATGGAATGGAACGGAACGGAACGCAGTTGAATTGAACGGACCCGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGGAATGAAGTGGACTCTAATGGAATGGAATGGAATGGAAATGGAATGGAATAGACTCGAATGAAATGGGATGGACTCGAATGGAATGGAACGGAATGGAATCGACTCGAGTGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATAGAATGGAATTGACTCAATTTAAATGGAATGAAGTGGAATGAACTCGAATGGCATGCAATGGAATGGAATAGAATCGAATGGAATAGAATGGACCCAAATGGAATGGAACGGAATGGAATGGAATGGAACGGAATGGAATAGAACGGAACGGAATGGAATGGATTGGAATGAACTCCAACGGAATGGAATGGACTCGAATGCAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAGTGGACTGGAATGGAATAGAATGGAATGGAATGGATAGGACTGGAATGAAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGACTCAAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGACACGAATGGAATGGAATTGAATGGAATGGAATGGACTGTATGAAAAGGAATGGATTGGAAAGGAATGGAATAGAACGGAATGGACTCGAATGGAATGGAAAGGACTCGAGTGGAATGGAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAATGGAGTGGAATGTATGCGAATGGAATGGAATTGAATGGATTCGAGTCTAACGGAATGTATGGAATGGACTCGAATGGAATGTAATGTAATGGAATGAAATGACGCGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAGTGGAATGGAATGGACTCGAATGGTATGGAATGGAATTGAATGGACTCGATAGGAATGGAATGGAATGGATTGGACTCGAAAGGAATGTAATGGAATGAAATGTGCTGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATAAAATGTAATGGAATGGACTCGAATGGAATACAGTTGAATTGAATGGACCCGAAAGCAATGGAATGGAATGGAACGGATTGGAAGGGAATGGAATGGAATGAAATGGAAAAGACTCGAATGGAATGGAATGGACTCGAATGAAATGGAGTGGACTAGAATGGAATGGAATGGACTTGAAAGAAATGGAATGCAGTGGAATGGACTCGAATGGAATGCAATGGAATGGAATAGACTCGAACGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAACGGAATGGACGCGAATGAAATGGAACGGAACGGAATGGACTCGGATGGAACGGAACGGAACGGAATGGAATGGAATTACTCGAATGGGATGGAATGGAATGGAATTTACTCGAATGGAATGGAATGGAATGGACTGAAATGGAATAGCATGGAATGGAATGGACTCGAATGCAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAACGGAATGGACTCGAACGGAGTGGAGTCGAATGGATTCGAATGGAATGCAATGGAATGGAACGGAATGCAATGTACTCGAATGGAATGGAATGTAATAGAATGAAAATTACTCGAATGGAATGGAATGGAATGGACTCCAATGGAATGGAATCGAACGGACTCGAATAGAATGCAGTTGAATTGAATGGACCTGAAAGAATGCAATGGAATGGAATGAAATGGACTCGAATGGAATGGAATAGACTGAAATGAAATGGAATGTACTGGAATGGAATGGAATGGAATGTACTGGAATGGAATGGAATGGACTCGAATGATATGCAATTGAATGACTCGCATGGATTGGAATGGACTCTAGTGGAATGGAATGGAATA;SVLEN=2320;SVMODEL=BREAKPOINT2;SVSIZE=2320;SVTYPE=INS;SV_ID=62;SeqDepth=20;VarType=FG GT:FT:AD:MD:DP:RA:PP:GQ:PL 1/1:PASS:0,15:5:20:5,20:15:45:255,45,0
chr1 789481 chr1:789481:FG.2 N <INS:SVSIZE=2346:AGGREGATED> 255 PASS ABHet=-1;ABHetMulti=-1,-1;ABHom=1;ABHomMulti=-1,1;AC=2;AF=1;AN=2;CR=0;CRal=0,0;CRalt=0;END=791827;MMal=0,0;MMalt=0;MQ=58;MQSal=0,0;MQalt=0;MQsquared=68000;MaxAAS=15;MaxAASR=1;MaxAltPP=15;NHet=0;NHomAlt=1;NHomRef=0;PASS_AC=2;PASS_AN=2;PASS_ratio=1;QD=25;QDalt=25;RELATED_SV_ID=60;RefLen=1;SB=-1;SBAlt=-1;SBF=0,0;SBF1=0,0;SBF2=0,0;SBR=0,0;SBR1=0,0;SBR2=0,0;SDal=0,0;SDalt=0;SEQ=GAATGGAATGCAATGGAATGCACTCGAACGGATTGGAATGGAATGGACTCGAATAGAATGGAATAAAATGAAATGGACTCCAATGGATTGGAATGGAATTGACTCCAATGGAATTGAATGGAGTGGAACCGAATGGAACGGATTGGAATGGAATGCACTCGAAATGAATTTGAATGGAATGGATTGGGCTCAAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAACTCAAATGGATTAGCATGGAATGAAGTGGACTCGAATACAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAATGGAACGGACTTGAACGGAATGGAGTGGAATGGACTCGAATGGAATGGAGTTGAATGGACTCGAATGGAATGGAATGTAAAGGAATGGAATGAACTCGAAAGGAGTGGAATGTAATGGAATGAAATGGACTCGAATGGAATTAAATGGAATGGAACGGAATGGACTGGGATGGAATGGAACGGAACGGAACGCAGTTGAATTGAACGGACCCGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGGAATGAAGTGGACTCTAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGATGAATGGAATGAATAGACTCGAATGAAATGGGATGGACTCGAATGGAATGGAACGGAATGGAATCGACTCGAGTGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATAGAATGGAATTGACTCAATTTAAATGGAATGAAGTGGAATGAACTCGAATGGCATGCAATGGAATGGAATAGAATCGAATGGAATAGAATGGACCCAAATGGAATGGAACGGAATGGAATGGAATGGAACGGAATGGAATAGAACGGAACGGAATGGAATGGATTGGAATGAACTCCAACGGAATGGAATGGACTCGAATGCAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAGTGGACTGGAATGGAATAGAATGGAATGGAATGGATAGGACTGGAATGAAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGACTCAAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGACACGAATGGAATGGAATTGAATGGAATGGAATGGACTGTATGAAAAGGAATGGATTGGAAAGGAATGGAATAGAACGGAATGGACTCGAATGGAATGGAAAGGACTCGAGTGGAATGGAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAATGGAGTGGAATGTATGCGAATGGAATGGAATTGAATGGATTCGAGTCTAACGGAATGTATGGAATGGACTCGAATGGAATGTAATGTAATGGAATGAAATGGACGCGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAGTGGAATGGAATGGACTCGAATGGTATGGAATGGAATTGAATGGACTCGATAGGAATGGAATGGAATGGATTGGACTCGAAAGGAATGTAATGGAATGAAATGTGCTGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATAAAATGTAATGGAATGGACTCGAATGGAATACAGTTGAATTGAATGGACCCGAAAGCAATGGAATGGAATGGAACGGATTGGAAGGGAATGGAATGGAATGAAATGGAAAAGACTCGAATGGAATGGAATGGACTCGAATGAAATGGAGTGGACTAGAATGGAATGGAATGGACTTGAAAGAAATGGAATGCAGTGGAATGGACTCGAATGGAATGCAATGGAATGGAATAGACTCGAACGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAACGGAATGGACGCGAATGAAATGGAACGGAACGGAATGGACTCGGATGGAACGGAATGGAACGGAATGGAATGGAATTTACTCGAATGGGATGGAATGGAATGGAATTTACTCGAATGGAATGGAATGGAATGGACTGAAATGGAATAGCATGGAATGGAATGGACTCGAATGCAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAACGGAATGGACTCGAACGGAGTGGAGTCGAATGGATTCGAATGGAATGCAATGGAATGGAACGGAATGCAATGTACTCGAATGGAATGGAATGTAATAGAATGAAAATTACTCGAATGGAATGGAATGGAATGGACTCCAATGGAATGGAATCGAACGGACTCGAATAGAATGCAGTTGAATTGAATGGACCTGAAAGAATGCAATGGAATGGAATGAAATGGACTCGAATGGAATGGAATAGACTGAAATGAAATGGAATGTACTGGAATGGAATGGAATGGAATGTACTGGAATGGAATGGAATGGACTCGAATGATATGCAATTGAATGGACTCGCATGGATTGGAATGGACTCTAGTGGAATGGAATGGAATA;SVLEN=2346;SVMODEL=AGGREGATED;SVSIZE=2346;SVTYPE=INS;SV_ID=59;SeqDepth=20;VarType=FG GT:FT:AD:MD:DP:RA:PP:GQ:PL 1/1:PASS:0,15:5:20:5,20:15:45:255,45,0
chr1 789481 chr1:789481:FG.3 N <INS:SVSIZE=2346:BREAKPOINT1> 255 PASS ABHet=-1;ABHetMulti=-1,-1;ABHom=1;ABHomMulti=-1,1;AC=2;AF=1;AN=2;CR=0;CRal=0,0;CRalt=0;END=791827;MMal=0,0;MMalt=0;MQ=58;MQSal=0,0;MQalt=0;MQsquared=68000;MaxAAS=15;MaxAASR=1;MaxAltPP=15;NHet=0;NHomAlt=1;NHomRef=0;PASS_AC=2;PASS_AN=2;PASS_ratio=1;QD=25;QDalt=25;RELATED_SV_ID=60;RefLen=1;SB=-1;SBAlt=-1;SBF=0,0;SBF1=0,0;SBF2=0,0;SBR=0,0;SBR1=0,0;SBR2=0,0;SDal=0,0;SDalt=0;SEQ=GAATGGAATGCAATGGAATGCACTCGAACGGATTGGAATGGAATGGACTCGAATAGAATGGAATAAAATGAAATGGACTCCAATGGATTGGAATGGAATTGACTCCAATGGAATTGAATGGAGTGGAACCGAATGGAACGGATTGGAATGGAATGCACTCGAAATGAATTTGAATGGAATGGATTGGGCTCAAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAACTCAAATGGATTAGCATGGAATGAAGTGGACTCGAATACAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAATGGAACGGACTTGAACGGAATGGAGTGGAATGGACTCGAATGGAATGGAGTTGAATGGACTCGAATGGAATGGAATGTAAAGGAATGGAATGAACTCGAAAGGAGTGGAATGTAATGGAATGAAATGGACTCGAATGGAATTAAATGGAATGGAACGGAATGGACTGGGATGGAATGGAACGGAACGGAACGCAGTTGAATTGAACGGACCCGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGGAATGAAGTGGACTCTAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGATGAATGGAATGAATAGACTCGAATGAAATGGGATGGACTCGAATGGAATGGAACGGAATGGAATCGACTCGAGTGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATAGAATGGAATTGACTCAATTTAAATGGAATGAAGTGGAATGAACTCGAATGGCATGCAATGGAATGGAATAGAATCGAATGGAATAGAATGGACCCAAATGGAATGGAACGGAATGGAATGGAATGGAACGGAATGGAATAGAACGGAACGGAATGGAATGGATTGGAATGAACTCCAACGGAATGGAATGGACTCGAATGCAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAGTGGACTGGAATGGAATAGAATGGAATGGAATGGATAGGACTGGAATGAAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGACTCAAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGACACGAATGGAATGGAATTGAATGGAATGGAATGGACTGTATGAAAAGGAATGGATTGGAAAGGAATGGAATAGAACGGAATGGACTCGAATGGAATGGAAAGGACTCGAGTGGAATGGAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAATGGAGTGGAATGTATGCGAATGGAATGGAATTGAATGGATTCGAGTCTAACGGAATGTATGGAATGGACTCGAATGGAATGTAATGTAATGGAATGAAATGGACGCGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAGTGGAATGGAATGGACTCGAATGGTATGGAATGGAATTGAATGGACTCGATAGGAATGGAATGGAATGGATTGGACTCGAAAGGAATGTAATGGAATGAAATGTGCTGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATAAAATGTAATGGAATGGACTCGAATGGAATACAGTTGAATTGAATGGACCCGAAAGCAATGGAATGGAATGGAACGGATTGGAAGGGAATGGAATGGAATGAAATGGAAAAGACTCGAATGGAATGGAATGGACTCGAATGAAATGGAGTGGACTAGAATGGAATGGAATGGACTTGAAAGAAATGGAATGCAGTGGAATGGACTCGAATGGAATGCAATGGAATGGAATAGACTCGAACGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAACGGAATGGACGCGAATGAAATGGAACGGAACGGAATGGACTCGGATGGAACGGAATGGAACGGAATGGAATGGAATTTACTCGAATGGGATGGAATGGAATGGAATTTACTCGAATGGAATGGAATGGAATGGACTGAAATGGAATAGCATGGAATGGAATGGACTCGAATGCAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAACGGAATGGACTCGAACGGAGTGGAGTCGAATGGATTCGAATGGAATGCAATGGAATGGAACGGAATGCAATGTACTCGAATGGAATGGAATGTAATAGAATGAAAATTACTCGAATGGAATGGAATGGAATGGACTCCAATGGAATGGAATCGAACGGACTCGAATAGAATGCAGTTGAATTGAATGGACCTGAAAGAATGCAATGGAATGGAATGAAATGGACTCGAATGGAATGGAATAGACTGAAATGAAATGGAATGTACTGGAATGGAATGGAATGGAATGTACTGGAATGGAATGGAATGGACTCGAATGATATGCAATTGAATGGACTCGCATGGATTGGAATGGACTCTAGTGGAATGGAATGGAATA;SVLEN=2346;SVMODEL=BREAKPOINT1;SVSIZE=2346;SVTYPE=INS;SV_ID=59;SeqDepth=20;VarType=FG GT:FT:AD:MD:DP:RA:PP:GQ:PL 1/1:PASS:0,15:5:20:5,20:15:45:255,45,0
chr1 789481 chr1:789481:FG.4 N <INS:SVSIZE=2346:BREAKPOINT2> 255 PASS ABHet=-1;ABHetMulti=-1,-1;ABHom=1;ABHomMulti=-1,1;AC=2;AF=1;AN=2;CR=0;CRal=0,0;CRalt=0;END=791827;MMal=0,0;MMalt=0;MQ=58;MQSal=0,0;MQalt=0;MQsquared=68000;MaxAAS=15;MaxAASR=1;MaxAltPP=15;NHet=0;NHomAlt=1;NHomRef=0;PASS_AC=2;PASS_AN=2;PASS_ratio=1;QD=25;QDalt=25;RELATED_SV_ID=59;RefLen=1;SB=-1;SBAlt=-1;SBF=0,0;SBF1=0,0;SBF2=0,0;SBR=0,0;SBR1=0,0;SBR2=0,0;SDal=0,0;SDalt=0;SEQ=GAATGGAATGCAATGGAATGCACTCGAACGGATTGGAATGGAATGGACTCGAATAGAATGGAATAAAATGAAATGGACTCCAATGGATTGGAATGGAATTGACTCCAATGGAATTGAATGGAGTGGAACCGAATGGAACGGATTGGAATGGAATGCACTCGAAATGAATTTGAATGGAATGGATTGGGCTCAAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAACTCAAATGGATTAGCATGGAATGAAGTGGACTCGAATACAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAATGGAACGGACTTGAACGGAATGGAGTGGAATGGACTCGAATGGAATGGAGTTGAATGGACTCGAATGGAATGGAATGTAAAGGAATGGAATGAACTCGAAAGGAGTGGAATGTAATGGAATGAAATGGACTCGAATGGAATTAAATGGAATGGAACGGAATGGACTGGGATGGAATGGAACGGAACGGAACGCAGTTGAATTGAACGGACCCGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGGAATGAAGTGGACTCTAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGATGAATGGAATGAATAGACTCGAATGAAATGGGATGGACTCGAATGGAATGGAACGGAATGGAATCGACTCGAGTGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATAGAATGGAATTGACTCAATTTAAATGGAATGAAGTGGAATGAACTCGAATGGCATGCAATGGAATGGAATAGAATCGAATGGAATAGAATGGACCCAAATGGAATGGAACGGAATGGAATGGAATGGAACGGAATGGAATAGAACGGAACGGAATGGAATGGATTGGAATGAACTCCAACGGAATGGAATGGACTCGAATGCAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAGTGGACTGGAATGGAATAGAATGGAATGGAATGGATAGGACTGGAATGAAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGACTCAAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGACACGAATGGAATGGAATTGAATGGAATGGAATGGACTGTATGAAAAGGAATGGATTGGAAAGGAATGGAATAGAACGGAATGGACTCGAATGGAATGGAAAGGACTCGAGTGGAATGGAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAATGGAGTGGAATGTATGCGAATGGAATGGAATTGAATGGATTCGAGTCTAACGGAATGTATGGAATGGACTCGAATGGAATGTAATGTAATGGAATGAAATGGACGCGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAGTGGAATGGAATGGACTCGAATGGTATGGAATGGAATTGAATGGACTCGATAGGAATGGAATGGAATGGATTGGACTCGAAAGGAATGTAATGGAATGAAATGTGCTGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATAAAATGTAATGGAATGGACTCGAATGGAATACAGTTGAATTGAATGGACCCGAAAGCAATGGAATGGAATGGAACGGATTGGAAGGGAATGGAATGGAATGAAATGGAAAAGACTCGAATGGAATGGAATGGACTCGAATGAAATGGAGTGGACTAGAATGGAATGGAATGGACTTGAAAGAAATGGAATGCAGTGGAATGGACTCGAATGGAATGCAATGGAATGGAATAGACTCGAACGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAACGGAATGGACGCGAATGAAATGGAACGGAACGGAATGGACTCGGATGGAACGGAATGGAACGGAATGGAATGGAATTTACTCGAATGGGATGGAATGGAATGGAATTTACTCGAATGGAATGGAATGGAATGGACTGAAATGGAATAGCATGGAATGGAATGGACTCGAATGCAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAACGGAATGGACTCGAACGGAGTGGAGTCGAATGGATTCGAATGGAATGCAATGGAATGGAACGGAATGCAATGTACTCGAATGGAATGGAATGTAATAGAATGAAAATTACTCGAATGGAATGGAATGGAATGGACTCCAATGGAATGGAATCGAACGGACTCGAATAGAATGCAGTTGAATTGAATGGACCTGAAAGAATGCAATGGAATGGAATGAAATGGACTCGAATGGAATGGAATAGACTGAAATGAAATGGAATGTACTGGAATGGAATGGAATGGAATGTACTGGAATGGAATGGAATGGACTCGAATGATATGCAATTGAATGGACTCGCATGGATTGGAATGGACTCTAGTGGAATGGAATGGAATA;SVLEN=2346;SVMODEL=BREAKPOINT2;SVSIZE=2346;SVTYPE=INS;SV_ID=60;SeqDepth=20;VarType=FG GT:FT:AD:MD:DP:RA:PP:GQ:PL 1/1:PASS:0,15:5:20:5,20:15:45:255,45,0
chr1 789481 chr1:789481:FG.5 N <INS:SVSIZE=2356:AGGREGATED> 255 PASS ABHet=-1;ABHetMulti=-1,-1;ABHom=1;ABHomMulti=-1,1;AC=2;AF=1;AN=2;CR=0;CRal=0,0;CRalt=0;END=791837;MMal=0,0;MMalt=0;MQ=58;MQSal=0,0;MQalt=0;MQsquared=68000;MaxAAS=15;MaxAASR=1;MaxAltPP=15;NHet=0;NHomAlt=1;NHomRef=0;PASS_AC=2;PASS_AN=2;PASS_ratio=1;QD=25;QDalt=25;RELATED_SV_ID=54;RefLen=1;SB=-1;SBAlt=-1;SBF=0,0;SBF1=0,0;SBF2=0,0;SBR=0,0;SBR1=0,0;SBR2=0,0;SDal=0,0;SDalt=0;SEQ=GAATGGAATGCAATGGAATGCACTCGAACGGATTGGAATGGAATGGACTCGAATAGAATGGAATAAAATGAAATGGACTCCAATGGATTGGAATGGAATTGACTCCAATGGAATTGAATGGAGTGGAACCGAATGGAACGGATTGGAATGGAATGCACTCGAAATGAATTTGAATGGAATGGATTGGGCTCAAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAACTCAAATGGATTAGCATGGAATGAAGTGGACTCGAATACAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAATGGAACGGACTTGAACGGAATGGAGTGGAATGGACTCAATGAATGGAATGGAGTTGAATGGACTCGAATGGAATGGAATGTAAAGGAATGGAATGAACTCGAAAGGAGTGGAATGTAATGGAATGAAATGGACTCGAATGGAATTAAATGGAATGGAACGGAATGGACTGGGATGGAATGGAACGGAACGGAACGCAGTTGAATTGAACGGACCCGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGGAATGAAGTGGACTCTAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATAGACTCGAATGAAATGGGATGGACTCGAATGGAATGGAACGGAATGGAATCGACTCGAGTGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATAGAATGGAATTGACTCAATTTAAATGGAATGAAGTGGAATGAACTCGAATGGCATGCAATGGAATGGAATAGAATCGAATGGAATAGAATGGACCCAAATGGAATGGAACGGAATGGAATGGAATGGAACGGAATGGAATAGAACGGAACGGAATGGAATGGATTGGAATGAACTCCAACGGAATGGAATGGACTCGAATGCAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAGTGGACTGGAATGGAATAGAATGGAATGGAATGGATAGGACTGGAATGAAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGACTCAAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGACACGAATGGAATGGAATTGAATGGAATGGAATGGACTGTATGAAAAGGAATGGATTGGAAAGGAATGGAATAGAACGGAATGGACTCGAATGGAATGGAAAGGACTCGAGTGGAATGGAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAATGGAGTGGAATGTATGCGAATGGAATGGAATTGAATGGATTCGAGTCTAACGGAATGTATGGAATGGACTCGAATGGAATGTAATGTAATGGAATGAAATGGACGCGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAGTGGAATGGAATGGACTCGAATGGTATGGAATGGAATTGAATGGACTCGATAGGAATGGAATGGAATGGATTGGACTCGAAAGGAATGTAATGGAATGAAATGTGCTGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATAAAATGTAATGGAATGGACTCGAATGGAATACAGTTGAATTGAATGGACCCGAAAGCAATGGAATGGAATGGAACGGATTGGAAGGGAATGGAATGGAATGAAATGGAAAAGACTCGAATGGAATGGAATGGACTCGAATGAAATGGAGTGGACTAGAATGGAATGGAATGGACTTGAAAGAAATGGAATGCAGTGGAATGGACTCGAATGGAATGCAATGGAATGGAATAGACTCGAACGGAATGGAATGGAATGGAATGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAACGGAATGGACGCGAATGAAATGGAACGGAACGGAATGGACTCGGATGGAACGGAATGGAACGGAATGGAATGGAATTTACTCGAATGGGATGGAATGGAATGGAATTTACTCGAATGGAATGGAATGGAATGGACTGAAATGGAATAGCATGGAATGGAATGGACTCGAATGCAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAACGGAATGGACTCGAACGGAGTGGAGTCGAATGGATTCGAATGGAATGCAATGGAATGGAACGGAATGCAATGTACTCGAATGGAATGGAATGTAATAGAATGAAAATTACTCGAATGGAATGGAATGGAATGGACTCCAATGGAATGGAATCGAACGGACTCGAATAGAATGCAGTTGAATTGAATGGACCTGAAAGAATGCAATGGAATGGAATGAAATGGACTCGAATGGAATGGAATAGACTGAAATGAAATGGAATGTACTGGAATGGAATGGAATGGAATGTACTGGAATGGAATGGAATGGACTCGAATGATATGCAATTGAATGGACTCGCATGGATTGGAATGGACTCTAGTGGAATGGAATGGAATA;SVLEN=2356;SVMODEL=AGGREGATED;SVSIZE=2356;SVTYPE=INS;SV_ID=53;SeqDepth=20;VarType=FG GT:FT:AD:MD:DP:RA:PP:GQ:PL 1/1:PASS:0,15:5:20:5,20:15:45:255,45,0
chr1 789481 chr1:789481:FG.6 N <INS:SVSIZE=2356:BREAKPOINT1> 255 PASS ABHet=-1;ABHetMulti=-1,-1;ABHom=1;ABHomMulti=-1,1;AC=2;AF=1;AN=2;CR=0;CRal=0,0;CRalt=0;END=791837;MMal=0,0;MMalt=0;MQ=58;MQSal=0,0;MQalt=0;MQsquared=68000;MaxAAS=15;MaxAASR=1;MaxAltPP=15;NHet=0;NHomAlt=1;NHomRef=0;PASS_AC=2;PASS_AN=2;PASS_ratio=1;QD=25;QDalt=25;RELATED_SV_ID=54;RefLen=1;SB=-1;SBAlt=-1;SBF=0,0;SBF1=0,0;SBF2=0,0;SBR=0,0;SBR1=0,0;SBR2=0,0;SDal=0,0;SDalt=0;SEQ=GAATGGAATGCAATGGAATGCACTCGAACGGATTGGAATGGAATGGACTCGAATAGAATGGAATAAAATGAAATGGACTCCAATGGATTGGAATGGAATTGACTCCAATGGAATTGAATGGAGTGGAACCGAATGGAACGGATTGGAATGGAATGCACTCGAAATGAATTTGAATGGAATGGATTGGGCTCAAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAACTCAAATGGATTAGCATGGAATGAAGTGGACTCGAATACAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAATGGAACGGACTTGAACGGAATGGAGTGGAATGGACTCAATGAATGGAATGGAGTTGAATGGACTCGAATGGAATGGAATGTAAAGGAATGGAATGAACTCGAAAGGAGTGGAATGTAATGGAATGAAATGGACTCGAATGGAATTAAATGGAATGGAACGGAATGGACTGGGATGGAATGGAACGGAACGGAACGCAGTTGAATTGAACGGACCCGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGGAATGAAGTGGACTCTAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATAGACTCGAATGAAATGGGATGGACTCGAATGGAATGGAACGGAATGGAATCGACTCGAGTGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATAGAATGGAATTGACTCAATTTAAATGGAATGAAGTGGAATGAACTCGAATGGCATGCAATGGAATGGAATAGAATCGAATGGAATAGAATGGACCCAAATGGAATGGAACGGAATGGAATGGAATGGAACGGAATGGAATAGAACGGAACGGAATGGAATGGATTGGAATGAACTCCAACGGAATGGAATGGACTCGAATGCAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAGTGGACTGGAATGGAATAGAATGGAATGGAATGGATAGGACTGGAATGAAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGACTCAAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGACACGAATGGAATGGAATTGAATGGAATGGAATGGACTGTATGAAAAGGAATGGATTGGAAAGGAATGGAATAGAACGGAATGGACTCGAATGGAATGGAAAGGACTCGAGTGGAATGGAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAATGGAGTGGAATGTATGCGAATGGAATGGAATTGAATGGATTCGAGTCTAACGGAATGTATGGAATGGACTCGAATGGAATGTAATGTAATGGAATGAAATGGACGCGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAGTGGAATGGAATGGACTCGAATGGTATGGAATGGAATTGAATGGACTCGATAGGAATGGAATGGAATGGATTGGACTCGAAAGGAATGTAATGGAATGAAATGTGCTGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATAAAATGTAATGGAATGGACTCGAATGGAATACAGTTGAATTGAATGGACCCGAAAGCAATGGAATGGAATGGAACGGATTGGAAGGGAATGGAATGGAATGAAATGGAAAAGACTCGAATGGAATGGAATGGACTCGAATGAAATGGAGTGGACTAGAATGGAATGGAATGGACTTGAAAGAAATGGAATGCAGTGGAATGGACTCGAATGGAATGCAATGGAATGGAATAGACTCGAACGGAATGGAATGGAATGGAATGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAACGGAATGGACGCGAATGAAATGGAACGGAACGGAATGGACTCGGATGGAACGGAATGGAACGGAATGGAATGGAATTTACTCGAATGGGATGGAATGGAATGGAATTTACTCGAATGGAATGGAATGGAATGGACTGAAATGGAATAGCATGGAATGGAATGGACTCGAATGCAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAACGGAATGGACTCGAACGGAGTGGAGTCGAATGGATTCGAATGGAATGCAATGGAATGGAACGGAATGCAATGTACTCGAATGGAATGGAATGTAATAGAATGAAAATTACTCGAATGGAATGGAATGGAATGGACTCCAATGGAATGGAATCGAACGGACTCGAATAGAATGCAGTTGAATTGAATGGACCTGAAAGAATGCAATGGAATGGAATGAAATGGACTCGAATGGAATGGAATAGACTGAAATGAAATGGAATGTACTGGAATGGAATGGAATGGAATGTACTGGAATGGAATGGAATGGACTCGAATGATATGCAATTGAATGGACTCGCATGGATTGGAATGGACTCTAGTGGAATGGAATGGAATA;SVLEN=2356;SVMODEL=BREAKPOINT1;SVSIZE=2356;SVTYPE=INS;SV_ID=53;SeqDepth=20;VarType=FG GT:FT:AD:MD:DP:RA:PP:GQ:PL 1/1:PASS:0,15:5:20:5,20:15:45:255,45,0
chr1 789481 chr1:789481:FG.7 N <INS:SVSIZE=2356:BREAKPOINT2> 255 PASS ABHet=-1;ABHetMulti=-1,-1;ABHom=1;ABHomMulti=-1,1;AC=2;AF=1;AN=2;CR=0;CRal=0,0;CRalt=0;END=791837;MMal=0,0;MMalt=0;MQ=58;MQSal=0,0;MQalt=0;MQsquared=68000;MaxAAS=15;MaxAASR=1;MaxAltPP=15;NHet=0;NHomAlt=1;NHomRef=0;PASS_AC=2;PASS_AN=2;PASS_ratio=1;QD=25;QDalt=25;RELATED_SV_ID=53;RefLen=1;SB=-1;SBAlt=-1;SBF=0,0;SBF1=0,0;SBF2=0,0;SBR=0,0;SBR1=0,0;SBR2=0,0;SDal=0,0;SDalt=0;SEQ=GAATGGAATGCAATGGAATGCACTCGAACGGATTGGAATGGAATGGACTCGAATAGAATGGAATAAAATGAAATGGACTCCAATGGATTGGAATGGAATTGACTCCAATGGAATTGAATGGAGTGGAACCGAATGGAACGGATTGGAATGGAATGCACTCGAAATGAATTTGAATGGAATGGATTGGGCTCAAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAACTCAAATGGATTAGCATGGAATGAAGTGGACTCGAATACAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAATGGAACGGACTTGAACGGAATGGAGTGGAATGGACTCAATGAATGGAATGGAGTTGAATGGACTCGAATGGAATGGAATGTAAAGGAATGGAATGAACTCGAAAGGAGTGGAATGTAATGGAATGAAATGGACTCGAATGGAATTAAATGGAATGGAACGGAATGGACTGGGATGGAATGGAACGGAACGGAACGCAGTTGAATTGAACGGACCCGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGGAATGAAGTGGACTCTAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATAGACTCGAATGAAATGGGATGGACTCGAATGGAATGGAACGGAATGGAATCGACTCGAGTGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATAGAATGGAATTGACTCAATTTAAATGGAATGAAGTGGAATGAACTCGAATGGCATGCAATGGAATGGAATAGAATCGAATGGAATAGAATGGACCCAAATGGAATGGAACGGAATGGAATGGAATGGAACGGAATGGAATAGAACGGAACGGAATGGAATGGATTGGAATGAACTCCAACGGAATGGAATGGACTCGAATGCAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAGTGGACTGGAATGGAATAGAATGGAATGGAATGGATAGGACTGGAATGAAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGACTCAAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGACACGAATGGAATGGAATTGAATGGAATGGAATGGACTGTATGAAAAGGAATGGATTGGAAAGGAATGGAATAGAACGGAATGGACTCGAATGGAATGGAAAGGACTCGAGTGGAATGGAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAATGGAGTGGAATGTATGCGAATGGAATGGAATTGAATGGATTCGAGTCTAACGGAATGTATGGAATGGACTCGAATGGAATGTAATGTAATGGAATGAAATGGACGCGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAGTGGAATGGAATGGACTCGAATGGTATGGAATGGAATTGAATGGACTCGATAGGAATGGAATGGAATGGATTGGACTCGAAAGGAATGTAATGGAATGAAATGTGCTGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATAAAATGTAATGGAATGGACTCGAATGGAATACAGTTGAATTGAATGGACCCGAAAGCAATGGAATGGAATGGAACGGATTGGAAGGGAATGGAATGGAATGAAATGGAAAAGACTCGAATGGAATGGAATGGACTCGAATGAAATGGAGTGGACTAGAATGGAATGGAATGGACTTGAAAGAAATGGAATGCAGTGGAATGGACTCGAATGGAATGCAATGGAATGGAATAGACTCGAACGGAATGGAATGGAATGGAATGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAACGGAATGGACGCGAATGAAATGGAACGGAACGGAATGGACTCGGATGGAACGGAATGGAACGGAATGGAATGGAATTTACTCGAATGGGATGGAATGGAATGGAATTTACTCGAATGGAATGGAATGGAATGGACTGAAATGGAATAGCATGGAATGGAATGGACTCGAATGCAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAACGGAATGGACTCGAACGGAGTGGAGTCGAATGGATTCGAATGGAATGCAATGGAATGGAACGGAATGCAATGTACTCGAATGGAATGGAATGTAATAGAATGAAAATTACTCGAATGGAATGGAATGGAATGGACTCCAATGGAATGGAATCGAACGGACTCGAATAGAATGCAGTTGAATTGAATGGACCTGAAAGAATGCAATGGAATGGAATGAAATGGACTCGAATGGAATGGAATAGACTGAAATGAAATGGAATGTACTGGAATGGAATGGAATGGAATGTACTGGAATGGAATGGAATGGACTCGAATGATATGCAATTGAATGGACTCGCATGGATTGGAATGGACTCTAGTGGAATGGAATGGAATA;SVLEN=2356;SVMODEL=BREAKPOINT2;SVSIZE=2356;SVTYPE=INS;SV_ID=54;SeqDepth=20;VarType=FG GT:FT:AD:MD:DP:RA:PP:GQ:PL 1/1:PASS:0,15:5:20:5,20:15:45:255,45,0
chr1 789481 chr1:789481:FG.8 N <INS:SVSIZE=2358:AGGREGATED> 255 PASS ABHet=-1;ABHetMulti=-1,-1;ABHom=1;ABHomMulti=-1,1;AC=2;AF=1;AN=2;CR=0;CRal=0,0;CRalt=0;END=791839;MMal=0,0;MMalt=0;MQ=58;MQSal=0,0;MQalt=0;MQsquared=68000;MaxAAS=15;MaxAASR=1;MaxAltPP=15;NHet=0;NHomAlt=1;NHomRef=0;PASS_AC=2;PASS_AN=2;PASS_ratio=1;QD=25;QDalt=25;RELATED_SV_ID=56;RefLen=1;SB=-1;SBAlt=-1;SBF=0,0;SBF1=0,0;SBF2=0,0;SBR=0,0;SBR1=0,0;SBR2=0,0;SDal=0,0;SDalt=0;SEQ=GAATGGAATGCAATGGAATGCACTCGAACGGATTGGAATGGAATGGACTCGAATAGAATGGAATAAAATGAAATGGACTCCAATGGATTGGAATGGAATTGACTCCAATGGAATTGAATGGAGTGGAACCGAATGGAACGGATTGGAATGGAATGCACTCGAAATGAATTTGAATGGAATGGATTGGGCTCAAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAACTCAAATGGATTAGCATGGAATGAAGTGGACTCGAATACAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAATGGAACGGACTTGAACGGAATGGAGTGGAATGGACTCAATGGAATGGAATGGAGTTGAATGGACTCGAATGGAATGGAATGTAAAGGAATGGAATGAACTCGAAAGGAGTGGAATGTAATGGAATGAAATGGACTCGAATGGAATTAAATGGAATGGAACGGAATGGACTGGGATGGAATGGAACGGAACGGAACGCAGTTGAATTGAACGGACCCGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGGAATGAAGTGGACTCTAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATAGACTCGAATGAAATGGGATGGACTCGAATGGAATGGAACGGAATGGAATCGACTCGAGTGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATAGAATGGAATTGACTCAATTTAAATGGAATGAAGTGGAATGAACTCGAATGGCATGCAATGGAATGGAATAGAATCGAATGGAATAGAATGGACCCAAATGGAATGGAACGGAATGGAATGGAATGGAACGGAATGGAATAGAACGGAACGGAATGGAATGGATTGGAATGAACTCCAACGGAATGGAATGGACTCGAATGCAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAGTGGACTGGAATGGAATAGAATGGAATGGAATGGATAGGACTGGAATGAAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGACTCAAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGACACGAATGGAATGGAATTGAATGGAATGGAATGGACTGTATGAAAAGGAATGGATTGGAAAGGAATGGAATAGAACGGAATGGACTCGAATGGAATGGAAAGGACTCGAGTGGAATGGAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAATGGAGTGGAATGTATGCGAATGGAATGGAATTGAATGGATTCGAGTCTAACGGAATGTATGGAATGGACTCGAATGGAATGTAATGTAATGGAATGAAATGGACGCGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAGTGGAATGGAATGGACTCGAATGGTATGGAATGGAATTGAATGGACTCGATAGGAATGGAATGGAATGGATTGGACTCGAAAGGAATGTAATGGAATGAAATGTGCTGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATAAAATGTAATGGAATGGACTCGAATGGAATACAGTTGAATTGAATGGACCCGAAAGCAATGGAATGGAATGGAACGGATTGGAAGGGAATGGAATGGAATGAAATGGAAAAGACTCGAATGGAATGGAATGGACTCGAATGAAATGGAGTGGACTAGAATGGAATGGAATGGACTTGAAAGAAATGGAATGCAGTGGAATGGACTCGAATGGAATGCAATGGAATGGAATAGACTCGAACGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAACGGAATGGACGCGAATGAAATGGAACGGAACGGAATGGACTCGGATGGAACGGAACGGAACGGAATGGAATGGAATTTACTCGAATGGGATGGAATGGAATGGAATTTACTCGAATGGAATGGAATGGAATGGACTGAAATGGAATAGCATGGAATGGAATGGACTCGAATGCAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAACGGAATGGACTCGAACGGAGTGGAGTCGAATGGATTCGAATGGAATGCAATGGAATGGAACGGAATGCAATGTACTCGAATGGAATGGAATGTAATAGAATGAAAATTACTCGAATGGAATGGAATGGAATGGACTCCAATGGAATGGAATCGAACGGACTCGAATAGAATGCAGTTGAATTGAATGGACCTGAAAGAATGCAATGGAATGGAATGAAATGGACTCGAATGGAATGGAATAGACTGAAATGAAATGGAATGTACTGGAATGGAATGGAATGGAATGTACTGGAATGGAATGGAATGGACTCGAATGATATGCAATTGAATGGACTCGCATGGATTGGAATGGACTCTAGTGGAATGGAATGGAATA;SVLEN=2358;SVMODEL=AGGREGATED;SVSIZE=2358;SVTYPE=INS;SV_ID=55;SeqDepth=20;VarType=FG GT:FT:AD:MD:DP:RA:PP:GQ:PL 1/1:PASS:0,15:5:20:5,20:15:45:255,45,0
chr1 789481 chr1:789481:FG.9 N <INS:SVSIZE=2358:BREAKPOINT1> 255 PASS ABHet=-1;ABHetMulti=-1,-1;ABHom=1;ABHomMulti=-1,1;AC=2;AF=1;AN=2;CR=0;CRal=0,0;CRalt=0;END=791839;MMal=0,0;MMalt=0;MQ=58;MQSal=0,0;MQalt=0;MQsquared=68000;MaxAAS=15;MaxAASR=1;MaxAltPP=15;NHet=0;NHomAlt=1;NHomRef=0;PASS_AC=2;PASS_AN=2;PASS_ratio=1;QD=25;QDalt=25;RELATED_SV_ID=56;RefLen=1;SB=-1;SBAlt=-1;SBF=0,0;SBF1=0,0;SBF2=0,0;SBR=0,0;SBR1=0,0;SBR2=0,0;SDal=0,0;SDalt=0;SEQ=GAATGGAATGCAATGGAATGCACTCGAACGGATTGGAATGGAATGGACTCGAATAGAATGGAATAAAATGAAATGGACTCCAATGGATTGGAATGGAATTGACTCCAATGGAATTGAATGGAGTGGAACCGAATGGAACGGATTGGAATGGAATGCACTCGAAATGAATTTGAATGGAATGGATTGGGCTCAAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAACTCAAATGGATTAGCATGGAATGAAGTGGACTCGAATACAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAATGGAACGGACTTGAACGGAATGGAGTGGAATGGACTCAATGGAATGGAATGGAGTTGAATGGACTCGAATGGAATGGAATGTAAAGGAATGGAATGAACTCGAAAGGAGTGGAATGTAATGGAATGAAATGGACTCGAATGGAATTAAATGGAATGGAACGGAATGGACTGGGATGGAATGGAACGGAACGGAACGCAGTTGAATTGAACGGACCCGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGGAATGAAGTGGACTCTAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATAGACTCGAATGAAATGGGATGGACTCGAATGGAATGGAACGGAATGGAATCGACTCGAGTGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATAGAATGGAATTGACTCAATTTAAATGGAATGAAGTGGAATGAACTCGAATGGCATGCAATGGAATGGAATAGAATCGAATGGAATAGAATGGACCCAAATGGAATGGAACGGAATGGAATGGAATGGAACGGAATGGAATAGAACGGAACGGAATGGAATGGATTGGAATGAACTCCAACGGAATGGAATGGACTCGAATGCAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAGTGGACTGGAATGGAATAGAATGGAATGGAATGGATAGGACTGGAATGAAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGACTCAAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGACACGAATGGAATGGAATTGAATGGAATGGAATGGACTGTATGAAAAGGAATGGATTGGAAAGGAATGGAATAGAACGGAATGGACTCGAATGGAATGGAAAGGACTCGAGTGGAATGGAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAATGGAGTGGAATGTATGCGAATGGAATGGAATTGAATGGATTCGAGTCTAACGGAATGTATGGAATGGACTCGAATGGAATGTAATGTAATGGAATGAAATGGACGCGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAGTGGAATGGAATGGACTCGAATGGTATGGAATGGAATTGAATGGACTCGATAGGAATGGAATGGAATGGATTGGACTCGAAAGGAATGTAATGGAATGAAATGTGCTGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATAAAATGTAATGGAATGGACTCGAATGGAATACAGTTGAATTGAATGGACCCGAAAGCAATGGAATGGAATGGAACGGATTGGAAGGGAATGGAATGGAATGAAATGGAAAAGACTCGAATGGAATGGAATGGACTCGAATGAAATGGAGTGGACTAGAATGGAATGGAATGGACTTGAAAGAAATGGAATGCAGTGGAATGGACTCGAATGGAATGCAATGGAATGGAATAGACTCGAACGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAACGGAATGGACGCGAATGAAATGGAACGGAACGGAATGGACTCGGATGGAACGGAACGGAACGGAATGGAATGGAATTTACTCGAATGGGATGGAATGGAATGGAATTTACTCGAATGGAATGGAATGGAATGGACTGAAATGGAATAGCATGGAATGGAATGGACTCGAATGCAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAACGGAATGGACTCGAACGGAGTGGAGTCGAATGGATTCGAATGGAATGCAATGGAATGGAACGGAATGCAATGTACTCGAATGGAATGGAATGTAATAGAATGAAAATTACTCGAATGGAATGGAATGGAATGGACTCCAATGGAATGGAATCGAACGGACTCGAATAGAATGCAGTTGAATTGAATGGACCTGAAAGAATGCAATGGAATGGAATGAAATGGACTCGAATGGAATGGAATAGACTGAAATGAAATGGAATGTACTGGAATGGAATGGAATGGAATGTACTGGAATGGAATGGAATGGACTCGAATGATATGCAATTGAATGGACTCGCATGGATTGGAATGGACTCTAGTGGAATGGAATGGAATA;SVLEN=2358;SVMODEL=BREAKPOINT1;SVSIZE=2358;SVTYPE=INS;SV_ID=55;SeqDepth=20;VarType=FG GT:FT:AD:MD:DP:RA:PP:GQ:PL 1/1:PASS:0,15:5:20:5,20:15:45:255,45,0
chr1 789481 chr1:789481:FG.10 N <INS:SVSIZE=2358:BREAKPOINT2> 255 PASS ABHet=-1;ABHetMulti=-1,-1;ABHom=1;ABHomMulti=-1,1;AC=2;AF=1;AN=2;CR=0;CRal=0,0;CRalt=0;END=791839;MMal=0,0;MMalt=0;MQ=58;MQSal=0,0;MQalt=0;MQsquared=68000;MaxAAS=15;MaxAASR=1;MaxAltPP=15;NHet=0;NHomAlt=1;NHomRef=0;PASS_AC=2;PASS_AN=2;PASS_ratio=1;QD=25;QDalt=25;RELATED_SV_ID=55;RefLen=1;SB=-1;SBAlt=-1;SBF=0,0;SBF1=0,0;SBF2=0,0;SBR=0,0;SBR1=0,0;SBR2=0,0;SDal=0,0;SDalt=0;SEQ=GAATGGAATGCAATGGAATGCACTCGAACGGATTGGAATGGAATGGACTCGAATAGAATGGAATAAAATGAAATGGACTCCAATGGATTGGAATGGAATTGACTCCAATGGAATTGAATGGAGTGGAACCGAATGGAACGGATTGGAATGGAATGCACTCGAAATGAATTTGAATGGAATGGATTGGGCTCAAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAACTCAAATGGATTAGCATGGAATGAAGTGGACTCGAATACAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAATGGAACGGACTTGAACGGAATGGAGTGGAATGGACTCAATGGAATGGAATGGAGTTGAATGGACTCGAATGGAATGGAATGTAAAGGAATGGAATGAACTCGAAAGGAGTGGAATGTAATGGAATGAAATGGACTCGAATGGAATTAAATGGAATGGAACGGAATGGACTGGGATGGAATGGAACGGAACGGAACGCAGTTGAATTGAACGGACCCGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGGAATGAAGTGGACTCTAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATAGACTCGAATGAAATGGGATGGACTCGAATGGAATGGAACGGAATGGAATCGACTCGAGTGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATAGAATGGAATTGACTCAATTTAAATGGAATGAAGTGGAATGAACTCGAATGGCATGCAATGGAATGGAATAGAATCGAATGGAATAGAATGGACCCAAATGGAATGGAACGGAATGGAATGGAATGGAACGGAATGGAATAGAACGGAACGGAATGGAATGGATTGGAATGAACTCCAACGGAATGGAATGGACTCGAATGCAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAGTGGACTGGAATGGAATAGAATGGAATGGAATGGATAGGACTGGAATGAAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGACTCAAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGACACGAATGGAATGGAATTGAATGGAATGGAATGGACTGTATGAAAAGGAATGGATTGGAAAGGAATGGAATAGAACGGAATGGACTCGAATGGAATGGAAAGGACTCGAGTGGAATGGAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAATGGAGTGGAATGTATGCGAATGGAATGGAATTGAATGGATTCGAGTCTAACGGAATGTATGGAATGGACTCGAATGGAATGTAATGTAATGGAATGAAATGGACGCGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAGTGGAATGGAATGGACTCGAATGGTATGGAATGGAATTGAATGGACTCGATAGGAATGGAATGGAATGGATTGGACTCGAAAGGAATGTAATGGAATGAAATGTGCTGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATAAAATGTAATGGAATGGACTCGAATGGAATACAGTTGAATTGAATGGACCCGAAAGCAATGGAATGGAATGGAACGGATTGGAAGGGAATGGAATGGAATGAAATGGAAAAGACTCGAATGGAATGGAATGGACTCGAATGAAATGGAGTGGACTAGAATGGAATGGAATGGACTTGAAAGAAATGGAATGCAGTGGAATGGACTCGAATGGAATGCAATGGAATGGAATAGACTCGAACGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAACGGAATGGACGCGAATGAAATGGAACGGAACGGAATGGACTCGGATGGAACGGAACGGAACGGAATGGAATGGAATTTACTCGAATGGGATGGAATGGAATGGAATTTACTCGAATGGAATGGAATGGAATGGACTGAAATGGAATAGCATGGAATGGAATGGACTCGAATGCAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAACGGAATGGACTCGAACGGAGTGGAGTCGAATGGATTCGAATGGAATGCAATGGAATGGAACGGAATGCAATGTACTCGAATGGAATGGAATGTAATAGAATGAAAATTACTCGAATGGAATGGAATGGAATGGACTCCAATGGAATGGAATCGAACGGACTCGAATAGAATGCAGTTGAATTGAATGGACCTGAAAGAATGCAATGGAATGGAATGAAATGGACTCGAATGGAATGGAATAGACTGAAATGAAATGGAATGTACTGGAATGGAATGGAATGGAATGTACTGGAATGGAATGGAATGGACTCGAATGATATGCAATTGAATGGACTCGCATGGATTGGAATGGACTCTAGTGGAATGGAATGGAATA;SVLEN=2358;SVMODEL=BREAKPOINT2;SVSIZE=2358;SVTYPE=INS;SV_ID=56;SeqDepth=20;VarType=FG GT:FT:AD:MD:DP:RA:PP:GQ:PL 1/1:PASS:0,15:5:20:5,20:15:45:255,45,0
chr1 789481 chr1:789481:FG.11 N <INS:SVSIZE=2360:AGGREGATED> 255 PASS ABHet=-1;ABHetMulti=-1,-1;ABHom=1;ABHomMulti=-1,1;AC=2;AF=1;AN=2;CR=0;CRal=0,0;CRalt=0;END=791841;MMal=0,0;MMalt=0;MQ=58;MQSal=0,0;MQalt=0;MQsquared=68000;MaxAAS=15;MaxAASR=1;MaxAltPP=15;NHet=0;NHomAlt=1;NHomRef=0;PASS_AC=2;PASS_AN=2;PASS_ratio=1;QD=25;QDalt=25;RELATED_SV_ID=64;RefLen=1;SB=-1;SBAlt=-1;SBF=0,0;SBF1=0,0;SBF2=0,0;SBR=0,0;SBR1=0,0;SBR2=0,0;SDal=0,0;SDalt=0;SEQ=GAATGGAATGCAATGGAATGCACTCGAACGGATTGGAATGGAATGGACTCGAATAGAATGGAATAAATGAAATGGACTCCAATGGATTGGAATGGAATTGACTCCAATGGAATTGAATGGAGTGGAACCGAATGGAACGGATTGGAATGGAATGCACTCGAAATGAATTTGAATGGAATGGATTGGGCTCAAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAACTCAAATGGATTAGCATGGAATGAAGTGGACTCGAATACAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAATGGAACGACTTGAACGGAATGGAGTGGAATGGACTCGAATGGAATGGAGTTGAATGGACTCGAATGGAATGGAATGTAAAGGAATGGAATGAACTCGAAAGGAGTGGAATGTAATGGAATGAAATGGACTCGAATGGAATTAAATGGAATGGAACGGAATGGACTGGGATGGAATGGAACGGAACGGAACGCAGTTGAATTGAACGGACCCGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGGAATGAAGTGGACTCTAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATAGACTCGAATGAAATGGGATGGACTCGAATGGAATGGAACGGAATGGAATCGACTCGAGTGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATAGAATGGAATTGACTCAATTTAAATGGAATGAAGTGGAATGAACTCGAATGGCATGCAATGGAATGGAATAGAATCGAATGGAATAGAATGGACCCAAATGGAATGGAACGGAATGGAATGGAATGGAACGGAATGGAATAGAACGGAACGGAATGGAATGGATTGGAATGAACTCCAACGGAATGGAATGGACTCGAATGCAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAGTGGACTGGAATGGAATAGAATGGAATGGAATGGATAGGACTGGAATGAAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGACTCAAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGACACGAATGGAATGGAATTGAATGGAATGGAATGGACTGTATGAAAAGGAATGGATTGGAAAGGAATGGAATAGAACGGAATGGACTCGAATGGAATGGAAAGGACTCGAGTGGAATGGAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAATGGAGTGGAATGTATGCGAATGGAATGGAATTGAATGGATTCGAGTCTAACGGAATGTATGGAATGGACTCGAATGGAATGTAATGTAATGGAATGAAATGGACGCGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAGTGGAATGGAATGGACTCGAATGGTATGAATGGAATTGAATGGACTCGATAGGAATGGAATGGAATGGATTGGACTCGAAAGGAATGTAATGGAATGAAATGTGCTGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATAAAATGTAATGGAATGGACTCGAATGGAATACAGTTGAATTGAATGGACCCGAAAGCAATGGAATGGAATGGAACGGATTGGAAGGGAATGGAATGGAATGAAATGGAAAAGACTCGAATGGAATGGAATGGACTCGAATGAAATGGAGTGGACTAGAATGGAATGGAATGGACTTGAAAGAAATGGAATGCAGTGGAATGGACTCGAATGGAATGCAATGGAATGGAATAGACTCGAACGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAACGGAATGGACGCGAATGAAATGGAACGGAACGGAATGGACTCGGATGGAACGGAATGGAACGGAATGGAATGGAATTTACTCGAATGGGATGGAATGGAATGGAATTTACTCGAATGGAATGGAATGGAATGGACTGAAATGGAATAGCATGGAATGGAATGGACTCGAATGCAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAACGGAATGGACTCGAACGGAGTGGAGTCGAATGGATTCGAATGGAATGCAATGGAATGGAACGGAATGCAATGTACTCGAATGGAATGGAATGTAATAGAATGAAAATTACTCGAATGGAATGGAATGGAATGGACTCCAATGGAATGGAATCGAACGGACTCGAATAGAATGCAGTTGAATTGAATGGACCTGAAAGAATGCAATGGAATGGAATGAAATGGACTCGAATGGAATGGAATAGACTGAAATGAAATGGAATGTACTGGAATGGAATGGAATGGAATGTACTGGAATGGAATGGAATGGACTCGAATGATATGCAATTGAATGGACTCGCATGGATTGGAATGGACTCTAGTGGAATGGAATGGAATA;SVLEN=2360;SVMODEL=AGGREGATED;SVSIZE=2360;SVTYPE=INS;SV_ID=63;SeqDepth=20;VarType=FG GT:FT:AD:MD:DP:RA:PP:GQ:PL 1/1:PASS:0,15:5:20:5,20:15:45:255,45,0
chr1 789481 chr1:789481:FG.12 N <INS:SVSIZE=2360:BREAKPOINT1> 255 PASS ABHet=-1;ABHetMulti=-1,-1;ABHom=1;ABHomMulti=-1,1;AC=2;AF=1;AN=2;CR=0;CRal=0,0;CRalt=0;END=791841;MMal=0,0;MMalt=0;MQ=58;MQSal=0,0;MQalt=0;MQsquared=68000;MaxAAS=15;MaxAASR=1;MaxAltPP=15;NHet=0;NHomAlt=1;NHomRef=0;PASS_AC=2;PASS_AN=2;PASS_ratio=1;QD=25;QDalt=25;RELATED_SV_ID=64;RefLen=1;SB=-1;SBAlt=-1;SBF=0,0;SBF1=0,0;SBF2=0,0;SBR=0,0;SBR1=0,0;SBR2=0,0;SDal=0,0;SDalt=0;SEQ=GAATGGAATGCAATGGAATGCACTCGAACGGATTGGAATGGAATGGACTCGAATAGAATGGAATAAATGAAATGGACTCCAATGGATTGGAATGGAATTGACTCCAATGGAATTGAATGGAGTGGAACCGAATGGAACGGATTGGAATGGAATGCACTCGAAATGAATTTGAATGGAATGGATTGGGCTCAAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAACTCAAATGGATTAGCATGGAATGAAGTGGACTCGAATACAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAATGGAACGACTTGAACGGAATGGAGTGGAATGGACTCGAATGGAATGGAGTTGAATGGACTCGAATGGAATGGAATGTAAAGGAATGGAATGAACTCGAAAGGAGTGGAATGTAATGGAATGAAATGGACTCGAATGGAATTAAATGGAATGGAACGGAATGGACTGGGATGGAATGGAACGGAACGGAACGCAGTTGAATTGAACGGACCCGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGGAATGAAGTGGACTCTAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATAGACTCGAATGAAATGGGATGGACTCGAATGGAATGGAACGGAATGGAATCGACTCGAGTGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATAGAATGGAATTGACTCAATTTAAATGGAATGAAGTGGAATGAACTCGAATGGCATGCAATGGAATGGAATAGAATCGAATGGAATAGAATGGACCCAAATGGAATGGAACGGAATGGAATGGAATGGAACGGAATGGAATAGAACGGAACGGAATGGAATGGATTGGAATGAACTCCAACGGAATGGAATGGACTCGAATGCAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAGTGGACTGGAATGGAATAGAATGGAATGGAATGGATAGGACTGGAATGAAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGACTCAAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGACACGAATGGAATGGAATTGAATGGAATGGAATGGACTGTATGAAAAGGAATGGATTGGAAAGGAATGGAATAGAACGGAATGGACTCGAATGGAATGGAAAGGACTCGAGTGGAATGGAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAATGGAGTGGAATGTATGCGAATGGAATGGAATTGAATGGATTCGAGTCTAACGGAATGTATGGAATGGACTCGAATGGAATGTAATGTAATGGAATGAAATGGACGCGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAGTGGAATGGAATGGACTCGAATGGTATGAATGGAATTGAATGGACTCGATAGGAATGGAATGGAATGGATTGGACTCGAAAGGAATGTAATGGAATGAAATGTGCTGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATAAAATGTAATGGAATGGACTCGAATGGAATACAGTTGAATTGAATGGACCCGAAAGCAATGGAATGGAATGGAACGGATTGGAAGGGAATGGAATGGAATGAAATGGAAAAGACTCGAATGGAATGGAATGGACTCGAATGAAATGGAGTGGACTAGAATGGAATGGAATGGACTTGAAAGAAATGGAATGCAGTGGAATGGACTCGAATGGAATGCAATGGAATGGAATAGACTCGAACGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAACGGAATGGACGCGAATGAAATGGAACGGAACGGAATGGACTCGGATGGAACGGAATGGAACGGAATGGAATGGAATTTACTCGAATGGGATGGAATGGAATGGAATTTACTCGAATGGAATGGAATGGAATGGACTGAAATGGAATAGCATGGAATGGAATGGACTCGAATGCAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAACGGAATGGACTCGAACGGAGTGGAGTCGAATGGATTCGAATGGAATGCAATGGAATGGAACGGAATGCAATGTACTCGAATGGAATGGAATGTAATAGAATGAAAATTACTCGAATGGAATGGAATGGAATGGACTCCAATGGAATGGAATCGAACGGACTCGAATAGAATGCAGTTGAATTGAATGGACCTGAAAGAATGCAATGGAATGGAATGAAATGGACTCGAATGGAATGGAATAGACTGAAATGAAATGGAATGTACTGGAATGGAATGGAATGGAATGTACTGGAATGGAATGGAATGGACTCGAATGATATGCAATTGAATGGACTCGCATGGATTGGAATGGACTCTAGTGGAATGGAATGGAATA;SVLEN=2360;SVMODEL=BREAKPOINT1;SVSIZE=2360;SVTYPE=INS;SV_ID=63;SeqDepth=20;VarType=FG GT:FT:AD:MD:DP:RA:PP:GQ:PL 1/1:PASS:0,15:5:20:5,20:15:45:255,45,0
chr1 789481 chr1:789481:FG.13 N <INS:SVSIZE=2360:BREAKPOINT2> 255 PASS ABHet=-1;ABHetMulti=-1,-1;ABHom=1;ABHomMulti=-1,1;AC=2;AF=1;AN=2;CR=0;CRal=0,0;CRalt=0;END=791841;MMal=0,0;MMalt=0;MQ=58;MQSal=0,0;MQalt=0;MQsquared=68000;MaxAAS=15;MaxAASR=1;MaxAltPP=15;NHet=0;NHomAlt=1;NHomRef=0;PASS_AC=2;PASS_AN=2;PASS_ratio=1;QD=25;QDalt=25;RELATED_SV_ID=63;RefLen=1;SB=-1;SBAlt=-1;SBF=0,0;SBF1=0,0;SBF2=0,0;SBR=0,0;SBR1=0,0;SBR2=0,0;SDal=0,0;SDalt=0;SEQ=GAATGGAATGCAATGGAATGCACTCGAACGGATTGGAATGGAATGGACTCGAATAGAATGGAATAAATGAAATGGACTCCAATGGATTGGAATGGAATTGACTCCAATGGAATTGAATGGAGTGGAACCGAATGGAACGGATTGGAATGGAATGCACTCGAAATGAATTTGAATGGAATGGATTGGGCTCAAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAACTCAAATGGATTAGCATGGAATGAAGTGGACTCGAATACAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAATGGAACGACTTGAACGGAATGGAGTGGAATGGACTCGAATGGAATGGAGTTGAATGGACTCGAATGGAATGGAATGTAAAGGAATGGAATGAACTCGAAAGGAGTGGAATGTAATGGAATGAAATGGACTCGAATGGAATTAAATGGAATGGAACGGAATGGACTGGGATGGAATGGAACGGAACGGAACGCAGTTGAATTGAACGGACCCGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGGAATGAAGTGGACTCTAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATAGACTCGAATGAAATGGGATGGACTCGAATGGAATGGAACGGAATGGAATCGACTCGAGTGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATAGAATGGAATTGACTCAATTTAAATGGAATGAAGTGGAATGAACTCGAATGGCATGCAATGGAATGGAATAGAATCGAATGGAATAGAATGGACCCAAATGGAATGGAACGGAATGGAATGGAATGGAACGGAATGGAATAGAACGGAACGGAATGGAATGGATTGGAATGAACTCCAACGGAATGGAATGGACTCGAATGCAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAGTGGACTGGAATGGAATAGAATGGAATGGAATGGATAGGACTGGAATGAAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGACTCAAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGACACGAATGGAATGGAATTGAATGGAATGGAATGGACTGTATGAAAAGGAATGGATTGGAAAGGAATGGAATAGAACGGAATGGACTCGAATGGAATGGAAAGGACTCGAGTGGAATGGAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAATGGAGTGGAATGTATGCGAATGGAATGGAATTGAATGGATTCGAGTCTAACGGAATGTATGGAATGGACTCGAATGGAATGTAATGTAATGGAATGAAATGGACGCGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAGTGGAATGGAATGGACTCGAATGGTATGAATGGAATTGAATGGACTCGATAGGAATGGAATGGAATGGATTGGACTCGAAAGGAATGTAATGGAATGAAATGTGCTGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATAAAATGTAATGGAATGGACTCGAATGGAATACAGTTGAATTGAATGGACCCGAAAGCAATGGAATGGAATGGAACGGATTGGAAGGGAATGGAATGGAATGAAATGGAAAAGACTCGAATGGAATGGAATGGACTCGAATGAAATGGAGTGGACTAGAATGGAATGGAATGGACTTGAAAGAAATGGAATGCAGTGGAATGGACTCGAATGGAATGCAATGGAATGGAATAGACTCGAACGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAACGGAATGGACGCGAATGAAATGGAACGGAACGGAATGGACTCGGATGGAACGGAATGGAACGGAATGGAATGGAATTTACTCGAATGGGATGGAATGGAATGGAATTTACTCGAATGGAATGGAATGGAATGGACTGAAATGGAATAGCATGGAATGGAATGGACTCGAATGCAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAACGGAATGGACTCGAACGGAGTGGAGTCGAATGGATTCGAATGGAATGCAATGGAATGGAACGGAATGCAATGTACTCGAATGGAATGGAATGTAATAGAATGAAAATTACTCGAATGGAATGGAATGGAATGGACTCCAATGGAATGGAATCGAACGGACTCGAATAGAATGCAGTTGAATTGAATGGACCTGAAAGAATGCAATGGAATGGAATGAAATGGACTCGAATGGAATGGAATAGACTGAAATGAAATGGAATGTACTGGAATGGAATGGAATGGAATGTACTGGAATGGAATGGAATGGACTCGAATGATATGCAATTGAATGGACTCGCATGGATTGGAATGGACTCTAGTGGAATGGAATGGAATA;SVLEN=2360;SVMODEL=BREAKPOINT2;SVSIZE=2360;SVTYPE=INS;SV_ID=64;SeqDepth=20;VarType=FG GT:FT:AD:MD:DP:RA:PP:GQ:PL 1/1:PASS:0,15:5:20:5,20:15:45:255,45,0
chr1 789481 chr1:789481:FG.14 N <INS:SVSIZE=2364:AGGREGATED> 255 PASS ABHet=-1;ABHetMulti=-1,-1;ABHom=1;ABHomMulti=-1,1;AC=2;AF=1;AN=2;CR=0;CRal=0,0;CRalt=0;END=791845;MMal=0,0;MMalt=0;MQ=58;MQSal=0,0;MQalt=0;MQsquared=68000;MaxAAS=15;MaxAASR=1;MaxAltPP=15;NHet=0;NHomAlt=1;NHomRef=0;PASS_AC=2;PASS_AN=2;PASS_ratio=1;QD=25;QDalt=25;RELATED_SV_ID=58;RefLen=1;SB=-1;SBAlt=-1;SBF=0,0;SBF1=0,0;SBF2=0,0;SBR=0,0;SBR1=0,0;SBR2=0,0;SDal=0,0;SDalt=0;SEQ=GAATGGAATGCAATGGAATGCACTCGAACGGATTGGAATGGAATGGACTCGAATAGAATGGAATAAAATGAAATGGACTCCAATGGATTGGAATGGAATTGACTCCAATGGAATTGAATGGAGTGGAACCGAATGGAACGGATTGGAATGGAATGCACTCGAAATGAATTTGAATGGAATGGATTGGGCTCAAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAACTCAAATGGATTAGCATGGAATGAAGTGGACTCGAATACAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAATGGAACGGACTTGAACGGAATGGAGTGGAATGGACTCGAATGGAATGGAGTTGAATGGACTCGAATGGAATGGAATGTAAAGGAATGGAATGAACTCGAAAGGAGTGGAATGTAATGGAATGAAATGGACTCGAATGGAATTAAATGGAATGGAACGGAATGGACTGGGATGGAATGGAACGGAACGGAACGCAGTTGAATTGAACGGACCCGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGGAATGAAGTGGACTCTAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATAGACTCGAATGAAATGGGATGGACTCGAATGGAATGGAACGGAATGGAATCGACTCGAGTGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATAGAATGGAATTGACTCAATTTAAATGGAATGAAGTGGAATGAACTCGAATGGCATGCAATGGAATGGAATAGAATCGAATGGAATAGAATGGACCCAAATGGAATGGAACGGAATGGAATGGAATGGAACGGAATGGAATAGAACGGAACGGAATGGAATGGATTGGAATGAACTCCAACGGAATGGAATGGACTCGAATGCAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAGTGGACTGGAATGGAATAGAATGGAATGGAATGGATAGGACTGGAATGAAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGACTCAAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGACACGAATGGAATGGAATTGAATGGAATGGAATGGACTGTATGAAAAGGAATGGATTGGAAAGGAATGGAATAGAACGGAATGGACTCGAATGGAATGGAAAGGACTCGAGTGGAATGGAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAATGGAGTGGAATGTATGCGAATGGAATGGAATTGAATGGATTCGAGTCTAACGGAATGTATGGAATGGACTCGAATGGAATGTAATGTAATGGAATGAAATGGACGCGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAGTGGAATGGAATGGACTCGAATGGTATGGAATGGAATTGAATGGACTCGATAGGAATGGAATGGAATGGATTGGACTCGAAAGGAATGTAATGGAATGAAATGTGCTGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATAAAATGTAATGGAATGGACTCGAATGGAATACAGTTGAATTGAATGGACCCGAAAGCAATGGAATGGAATGGAACGGATTGGAAGGGAATGGAATGGAATGAAATGGAAAAGACTCGAATGGAATGGAATGGACTCGAATGAAATGGAGTGGACTAGAATGGAATGGAATGGACTTGAAAGAAATGGAATGCAGTGGAATGGACTCGAATGGAATGCAATGGAATGGAATAGACTCGAACGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAACGGAATGGACGCGAATGAAATGGAACGGAACGGAATGGACTCGGATGGAACGGAATGGAACGGAATGGAATGGAATTTACTCGAATGGGATGGAATGGAATGGAATTTACTCGAATGGAATGGAATGGAATGGACTGAAATGGAATAGCATGGAATGGAATGGACTCGAATGCAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAACGGAATGGACTCGAACGGAGTGGAGTCGAATGGATTCGAATGGAATGCAATGGAATGGAACGGAATGCAATGTACTCGAATGGAATGGAATGTAATAGAATGAAAATTACTCGAATGGAATGGAATGGAATGGACTCCAATGGAATGGAATCGAACGGACTCGAATAGAATGCAGTTGAATTGAATGGACCTGAAAGAATGCAATGGAATGGAATGAAATGGACTCGAATGGAATGGAATAGACTGAAATGAAATGGAATGTACTGGAATGGAATGGAATGGAATGTACTGGAATGGAATGGAATGGACTCGAATGATATGCAATTGAATGGACTCGCATGGATTGGAATGGACTCTAGTGGAATGGAATGGAATA;SVLEN=2364;SVMODEL=AGGREGATED;SVSIZE=2364;SVTYPE=INS;SV_ID=57;SeqDepth=20;VarType=FG GT:FT:AD:MD:DP:RA:PP:GQ:PL 1/1:PASS:0,15:5:20:5,20:15:45:255,45,0
chr1 789481 chr1:789481:FG.15 N <INS:SVSIZE=2364:BREAKPOINT1> 255 PASS ABHet=-1;ABHetMulti=-1,-1;ABHom=1;ABHomMulti=-1,1;AC=2;AF=1;AN=2;CR=0;CRal=0,0;CRalt=0;END=791845;MMal=0,0;MMalt=0;MQ=58;MQSal=0,0;MQalt=0;MQsquared=68000;MaxAAS=15;MaxAASR=1;MaxAltPP=15;NHet=0;NHomAlt=1;NHomRef=0;PASS_AC=2;PASS_AN=2;PASS_ratio=1;QD=25;QDalt=25;RELATED_SV_ID=58;RefLen=1;SB=-1;SBAlt=-1;SBF=0,0;SBF1=0,0;SBF2=0,0;SBR=0,0;SBR1=0,0;SBR2=0,0;SDal=0,0;SDalt=0;SEQ=GAATGGAATGCAATGGAATGCACTCGAACGGATTGGAATGGAATGGACTCGAATAGAATGGAATAAAATGAAATGGACTCCAATGGATTGGAATGGAATTGACTCCAATGGAATTGAATGGAGTGGAACCGAATGGAACGGATTGGAATGGAATGCACTCGAAATGAATTTGAATGGAATGGATTGGGCTCAAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAACTCAAATGGATTAGCATGGAATGAAGTGGACTCGAATACAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAATGGAACGGACTTGAACGGAATGGAGTGGAATGGACTCGAATGGAATGGAGTTGAATGGACTCGAATGGAATGGAATGTAAAGGAATGGAATGAACTCGAAAGGAGTGGAATGTAATGGAATGAAATGGACTCGAATGGAATTAAATGGAATGGAACGGAATGGACTGGGATGGAATGGAACGGAACGGAACGCAGTTGAATTGAACGGACCCGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGGAATGAAGTGGACTCTAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATAGACTCGAATGAAATGGGATGGACTCGAATGGAATGGAACGGAATGGAATCGACTCGAGTGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATAGAATGGAATTGACTCAATTTAAATGGAATGAAGTGGAATGAACTCGAATGGCATGCAATGGAATGGAATAGAATCGAATGGAATAGAATGGACCCAAATGGAATGGAACGGAATGGAATGGAATGGAACGGAATGGAATAGAACGGAACGGAATGGAATGGATTGGAATGAACTCCAACGGAATGGAATGGACTCGAATGCAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAGTGGACTGGAATGGAATAGAATGGAATGGAATGGATAGGACTGGAATGAAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGACTCAAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGACACGAATGGAATGGAATTGAATGGAATGGAATGGACTGTATGAAAAGGAATGGATTGGAAAGGAATGGAATAGAACGGAATGGACTCGAATGGAATGGAAAGGACTCGAGTGGAATGGAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAATGGAGTGGAATGTATGCGAATGGAATGGAATTGAATGGATTCGAGTCTAACGGAATGTATGGAATGGACTCGAATGGAATGTAATGTAATGGAATGAAATGGACGCGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAGTGGAATGGAATGGACTCGAATGGTATGGAATGGAATTGAATGGACTCGATAGGAATGGAATGGAATGGATTGGACTCGAAAGGAATGTAATGGAATGAAATGTGCTGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATAAAATGTAATGGAATGGACTCGAATGGAATACAGTTGAATTGAATGGACCCGAAAGCAATGGAATGGAATGGAACGGATTGGAAGGGAATGGAATGGAATGAAATGGAAAAGACTCGAATGGAATGGAATGGACTCGAATGAAATGGAGTGGACTAGAATGGAATGGAATGGACTTGAAAGAAATGGAATGCAGTGGAATGGACTCGAATGGAATGCAATGGAATGGAATAGACTCGAACGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAACGGAATGGACGCGAATGAAATGGAACGGAACGGAATGGACTCGGATGGAACGGAATGGAACGGAATGGAATGGAATTTACTCGAATGGGATGGAATGGAATGGAATTTACTCGAATGGAATGGAATGGAATGGACTGAAATGGAATAGCATGGAATGGAATGGACTCGAATGCAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAACGGAATGGACTCGAACGGAGTGGAGTCGAATGGATTCGAATGGAATGCAATGGAATGGAACGGAATGCAATGTACTCGAATGGAATGGAATGTAATAGAATGAAAATTACTCGAATGGAATGGAATGGAATGGACTCCAATGGAATGGAATCGAACGGACTCGAATAGAATGCAGTTGAATTGAATGGACCTGAAAGAATGCAATGGAATGGAATGAAATGGACTCGAATGGAATGGAATAGACTGAAATGAAATGGAATGTACTGGAATGGAATGGAATGGAATGTACTGGAATGGAATGGAATGGACTCGAATGATATGCAATTGAATGGACTCGCATGGATTGGAATGGACTCTAGTGGAATGGAATGGAATA;SVLEN=2364;SVMODEL=BREAKPOINT1;SVSIZE=2364;SVTYPE=INS;SV_ID=57;SeqDepth=20;VarType=FG GT:FT:AD:MD:DP:RA:PP:GQ:PL 1/1:PASS:0,15:5:20:5,20:15:45:255,45,0
chr1 789481 chr1:789481:FG.16 N <INS:SVSIZE=2364:BREAKPOINT2> 255 PASS ABHet=-1;ABHetMulti=-1,-1;ABHom=1;ABHomMulti=-1,1;AC=2;AF=1;AN=2;CR=0;CRal=0,0;CRalt=0;END=791845;MMal=0,0;MMalt=0;MQ=58;MQSal=0,0;MQalt=0;MQsquared=68000;MaxAAS=15;MaxAASR=1;MaxAltPP=15;NHet=0;NHomAlt=1;NHomRef=0;PASS_AC=2;PASS_AN=2;PASS_ratio=1;QD=25;QDalt=25;RELATED_SV_ID=57;RefLen=1;SB=-1;SBAlt=-1;SBF=0,0;SBF1=0,0;SBF2=0,0;SBR=0,0;SBR1=0,0;SBR2=0,0;SDal=0,0;SDalt=0;SEQ=GAATGGAATGCAATGGAATGCACTCGAACGGATTGGAATGGAATGGACTCGAATAGAATGGAATAAAATGAAATGGACTCCAATGGATTGGAATGGAATTGACTCCAATGGAATTGAATGGAGTGGAACCGAATGGAACGGATTGGAATGGAATGCACTCGAAATGAATTTGAATGGAATGGATTGGGCTCAAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAACTCAAATGGATTAGCATGGAATGAAGTGGACTCGAATACAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAATGGAACGGACTTGAACGGAATGGAGTGGAATGGACTCGAATGGAATGGAGTTGAATGGACTCGAATGGAATGGAATGTAAAGGAATGGAATGAACTCGAAAGGAGTGGAATGTAATGGAATGAAATGGACTCGAATGGAATTAAATGGAATGGAACGGAATGGACTGGGATGGAATGGAACGGAACGGAACGCAGTTGAATTGAACGGACCCGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGAAATGGAATGAAGTGGACTCTAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATAGACTCGAATGAAATGGGATGGACTCGAATGGAATGGAACGGAATGGAATCGACTCGAGTGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATAGAATGGAATTGACTCAATTTAAATGGAATGAAGTGGAATGAACTCGAATGGCATGCAATGGAATGGAATAGAATCGAATGGAATAGAATGGACCCAAATGGAATGGAACGGAATGGAATGGAATGGAACGGAATGGAATAGAACGGAACGGAATGGAATGGATTGGAATGAACTCCAACGGAATGGAATGGACTCGAATGCAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAGTGGACTGGAATGGAATAGAATGGAATGGAATGGATAGGACTGGAATGAAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGACTCAAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGACACGAATGGAATGGAATTGAATGGAATGGAATGGACTGTATGAAAAGGAATGGATTGGAAAGGAATGGAATAGAACGGAATGGACTCGAATGGAATGGAAAGGACTCGAGTGGAATGGAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAATGGAGTGGAATGTATGCGAATGGAATGGAATTGAATGGATTCGAGTCTAACGGAATGTATGGAATGGACTCGAATGGAATGTAATGTAATGGAATGAAATGGACGCGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAGTGGAATGGAATGGACTCGAATGGTATGGAATGGAATTGAATGGACTCGATAGGAATGGAATGGAATGGATTGGACTCGAAAGGAATGTAATGGAATGAAATGTGCTGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATAAAATGTAATGGAATGGACTCGAATGGAATACAGTTGAATTGAATGGACCCGAAAGCAATGGAATGGAATGGAACGGATTGGAAGGGAATGGAATGGAATGAAATGGAAAAGACTCGAATGGAATGGAATGGACTCGAATGAAATGGAGTGGACTAGAATGGAATGGAATGGACTTGAAAGAAATGGAATGCAGTGGAATGGACTCGAATGGAATGCAATGGAATGGAATAGACTCGAACGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAATGGAACGGAATGGACGCGAATGAAATGGAACGGAACGGAATGGACTCGGATGGAACGGAATGGAACGGAATGGAATGGAATTTACTCGAATGGGATGGAATGGAATGGAATTTACTCGAATGGAATGGAATGGAATGGACTGAAATGGAATAGCATGGAATGGAATGGACTCGAATGCAATGGAATGGAATGGACTCGAATGGAACGGAATGGACTCGAACGGAGTGGAGTCGAATGGATTCGAATGGAATGCAATGGAATGGAACGGAATGCAATGTACTCGAATGGAATGGAATGTAATAGAATGAAAATTACTCGAATGGAATGGAATGGAATGGACTCCAATGGAATGGAATCGAACGGACTCGAATAGAATGCAGTTGAATTGAATGGACCTGAAAGAATGCAATGGAATGGAATGAAATGGACTCGAATGGAATGGAATAGACTGAAATGAAATGGAATGTACTGGAATGGAATGGAATGGAATGTACTGGAATGGAATGGAATGGACTCGAATGATATGCAATTGAATGGACTCGCATGGATTGGAATGGACTCTAGTGGAATGGAATGGAATA;SVLEN=2364;SVMODEL=BREAKPOINT2;SVSIZE=2364;SVTYPE=INS;SV_ID=58;SeqDepth=20;VarType=FG GT:FT:AD:MD:DP:RA:PP:GQ:PL 1/1:PASS:0,15:5:20:5,20:15:45:255,45,0
For info, I use something like this to filter the VCF:
zcat gt.vcf.gz | awk '{if(index($3, ".")==0){print $0}}' | gzip > gt.nodup.vcf.gz
Hi. You should only keep the "SVMODEL=AGGREGATED" records, each of them should correspond to an SV allele in your input VCF.
bcftools view --include "SVMODEL='AGGREGATED'" -Oz -o gt.agg_only.vcf.gz gt.vcf.gz
Do you have a reason to only allow one SV type per position?
Best, Hannes
I had this same question. I want to have each variant represented only once so that I can evaluate mendelian concordance correctly and also for example to compare to a truth-set. It's also nice to get one candidate per variant after filtering rather than understanding multiple candidates.
Is there a downside to keeping only AGGREGATED ?
Yep I see, it would make the most sense to also restrict to only aggregated in that case.
Is there a downside to keeping only AGGREGATED ?
Sometimes, for one I can better answer the "Why is this called like this??" questions if I see what each other models calls 😄 We also impute all call models and we see that aggregated usually performs best but sometimes it's a better strategy to stick with only one model. For example when have some older PCR sequence data then the coverage model is often giving some confidently wrong deletion/duplication calls in certain regions and then it's best to just stick with the breakpoint model.
Best, Hannes
Thanks for the answer Hannes. Picking "AGGREGATED" helps a lot but there are still SVs where a same-ish variant is present multiple times. Mostly insertions I think.
The block I pasted in my first message is a good example. Keeping only AGGREGATED will still result in a couple of very similar insertions at this position. So when comparing with a truth set it may look like there are "too many" insertions genotyped. Having one variant per position helps more it seems. In the evaluation below, _nodup is the filtering I was describing before based on the variant ID, _agg is keeping only AGGREGATED:
I understand the input SVs are a bit at fault here because it contains similar looking SVs, e.g. slightly different insertions. Still, having a way of picking one genotype per site would be useful I think. For analysis like what Brent described, or to compare to a truth set (what I'm doing), or just if someone wants to know the most likely genotype in a particular genomic region.
I see, so in your example it's considered 1 true positive and 5 false positives (or 6 false positives). I guess it makes sense to just keep one version then. In our previous analysis we have always allowed some slight differences since SV callers do not in general get the sequence 100% exactly right (especially not insertions). With our recommended pipeline (Manta+svimmer+graphtyper_sv) all of those insertion candidates would be merged anyway so I can't say it is high priority to make graphtyper handle this use case better.
Best, Hannes
Related to this. we have a cohort with a mixture of pcr_free (tend to have 150bp reads) and pcr_plus samples(100 bp reads). We would like to calculate a filter for each set of samples for downstream analysis.
The pcr_free would use the aggregate model and the pcr_plus samples would use the breakpoint model. We would like to recreate the FILTER tags. The criteria cutoffs are described in the vcf header except for LowAAScore and LowPratio. What are the cutoffs being used for that score and ratio?
The vcf criteria described is: ##FILTER=<ID=PASS,Description="All filters passed"> ##FILTER=<ID=LowAAScore,Description="Alternative alleles have a low score."> ##FILTER=<ID=LowABHet,Description="Allele balance of heterozygous carriers is below 17.5%."> ##FILTER=<ID=LowABHom,Description="Allele balance of homozygous carriers is below 90%."> ##FILTER=<ID=LowQD,Description="QD (quality by depth) is below 6.0."> ##FILTER=<ID=LowQUAL,Description="QUAL score is less than 10."> ##FILTER=<ID=LowPratio,Description="Ratio of PASSed calls was too low.">
