Hogc

[eodus]

Вашему вниманию предлагается новая версия графопостроилки. Изменения:

1. Она быстрее. Примерно раз в 10.
2. Она использует клевенькое битовое расстояние (спасибо Насте Антоновой) и ускоренный индекс (спасибо Антону за идею)
3. В качестве бонуса прилагается построилка оверлап-графа. Работает достаточно быстро, в принципе, можно использовать его вместо этапов выравнивания и сжатия. Оверлап-граф даст нам выравнивание ридов друг на друга.
4. Для случая ридов равной длины (параметр -Toff) используется быстрая реализация (риды разбиваются по группам и так далее)
5. Появилось API (!!!) есть функция, которая кушает риды и несколько параметров, выдает объект граф. Сам объект довольно сырой и не очень фичастый, если есть идеи, как это сделать лучше (например, у вас есть либимый формат графа...), то я могу переделать.
6. Тул и стадии переименованы согласно тому, что они делают реально
7. SW-граф этой тулой не поддерживается! Только Хемминг! SW это отдельная и довольно сложная история (там и индекс сложнее устроен и сам дистанс так просто по битам не разложить)
8. Выпилен бесполезный и стремно написанный ig_matcher. Старый графконстрактор я пока оставил, если кому-то нужен SW или что-то подобное.

[Chushuhuch]

@eodus Саш, можешь сформировать отдельный пол-реквест чисто с алгоритмом? Мне сходу не совсем очевидно, на что смотреть. Также на первый взгляд кажется, что очень большие файлы, и некоторые названия вызывают вопросы, например hgc vs hogc.