共组装

[maocheng2020]

你好，请问当我样本有4个平行的时候， sample_one_1.fastq sample_one_2.fastq sample_two_1.fastq sample_two_2.fastq sample_three_1.fastq sample_three_2.fastq sample_four_1.fastq sample_four_2.fastq 但是我是通过共组装得到的<metagenomic_assembly>，想使用这个共组装得到的assembly，应该如何选择参数，谢谢你

[xuechunxu]

把read cat到一起： cat *_1.fastq > merged_1.fastq cat *_2.fastq > merged_2.fastq

[maocheng2020]

把read cat到一起： cat *_1.fastq > merged_1.fastq cat *_2.fastq > merged_2.fastq

非常感谢，组装太耗时了。还有一个问题，是不是不可以同时运行多个diting.py？

[xuechunxu]

应该可以吧，不过你可以把多个样本放在一个文件夹中，一次运行

[marineLZ]

想咨询一下这个计算丰度的原理是什么，如果基因1是在A样本中组装得到的，基因2在B样本组装得到的。那么得到的丰度结果A样本会有基因2的丰度值吗？还是直接就是0？

[SilentGene]

想咨询一下这个计算丰度的原理是什么，如果基因1是在A样本中组装得到的，基因2在B样本组装得到的。那么得到的丰度结果A样本会有基因2的丰度值吗？还是直接就是0？

只要能map到reads，就会有丰度值，不管是不是来自这个样品的reads

[marineLZ]

我可能没表达清楚。我意思是假设两个样本，不按共组装，按正常流程跑，单独组装得到两组contigs，然后第一个样本A的contigs有A1-A10 10个基因。第二个样本B有B1-B10 10个基因。这样算丰度B1-B10在A样本中的丰度会有是0 ？还是也会去映射得到具体值？（我看源代码貌似是前者，也就是只计算各自样本组装并预测得到的基因丰度）