请教bsa参数如何设置

[fengzhiyue0710]

您好请问您脚本进行bsa分析时在、第二步bsa calculation在运行bsaindex.pl这个脚本时-b1 / -b2 应该输入什么文件呢 我尝试了两个bulk的vcf和包含材料编号的txt文档都会报错，恳请您能指点一下，不胜感激。

[xiekunwhy]

只有-v和-sf是输入文件，其他的都不是文件。-v输入的是保存变异信息的vcf；-b1是bulk1（野生/显性混池）在vcf中的名字，不是文件；-b2是bulk2（突变/隐性混池）在vcf中的名字，不是文件；类似的，-p1和-p2对应亲本1（与-b1的性状对应的）和亲本2（与-b2的性状对应的）在vcf中的id。

[fengzhiyue0710]

两个bulk池不是有很多个系吗 是在两个bulk池中各选取一个表型最明显的系街道-b的参数后面吗 ---- 回复的原邮件 ---- @.>发送日期2024年8月31日 @.>@.>, @.>主题Re: [xiekunwhy/bsa] 请教bsa参数如何设置 (Issue #5) 只有-v和-sf是输入文件，其他的都不是文件。-v输入的是保存变异信息的vcf；-b1是bulk1（野生/显性混池）在vcf中的名字，不是文件；-b2是bulk2（突变/隐性混池）在vcf中的名字，不是文件；类似的，-p1和-p2对应亲本1（与-b1的性状对应的）和亲本2（与-b2的性状对应的）在vcf中的id。 — Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. You are receiving this because you authored the thread.Message ID: @.***>

[xiekunwhy]

您是对bsa测序有什么误解吗，一组完整的bsa数据就4个样本，一个是p1，一个是p2，一个是bulk1的一个是bulk2的。不理解您说的多个系是什么，如果有多个混池一起放在一个vcf里，也不影响4个样本的组合。

[fengzhiyue0710]

好的，谢谢！我前面vcf文件就没准备好，因为我之前就把群体各系做了测序，现在有表型的就一些，想通过bsa定位一些区间，前面我就简单的把有表型的材料的vcf和两个亲本的vcf提出来组合在一块形成了一个vcf文件，所以才导致出错。我再找找其他资料看看如何把各个极端系的vcf文件组成一个bulk。 再次感谢！ ---- 回复的原邮件 ---- @.>发送日期2024年8月31日 @.>@.>, @.>主题Re: [xiekunwhy/bsa] 请教bsa参数如何设置 (Issue #5) 您是对bsa测序有什么误解吗，一组完整的bsa数据就4个样本，一个是p1，一个是p2，一个是bulk1的一个是bulk2的。不理解您说的多个系是什么，如果有多个混池一起放在一个vcf里，也不影响4个样本的组合。 — Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. You are receiving this because you authored the thread.Message ID: @.***>

[xiekunwhy]

如果自己写代码的能力比较差的话，最快最好的方式是把混池内各个个体的原始数据cat到一起，重新call混池和亲本的变异。