第7步Optimize步骤中sample.clean.bam文件打不开

[zhangm1212]

您好，我目前正在用此软件组装三倍体同源基因组，前面的每一步骤都有做，在进行第7步优化时，程序报错。 运行命令如下： /share/appspace_data/shared_groups/01.Softwares/03.Soft_ALL/ALLHiC-221024/bin/allhic extract /share/home/07.ALLHic/04.optimize/sample.clean.bam /share/home/07.ALLHic/04.optimize/sample.contigs.fasta --RE GATC 报错信息如下： extractContigLinks | ERROR Cannot open bamfile /share/home/07.ALLHic/04.optimize/sample.clean.bam (sam: reference already used) 我查阅了您网页下的所有问题，暂时没有此类问题的相关解决办法，所以才冒昧打扰您，希望您在百忙之中能够解答一下该问题。 注：在这步之前的Rescue步骤，也用到了sample.clean.bam该文件，在Rescue步骤中此文件是能够正常读取的，运行过程中没有报错，所以我觉得应该不是bam文件有误，fa文件的索引文件也都在同一目录下。

[tangerzhang]

It is likely the issue related to an old version of samtools. Please refer to this one: https://github.com/tangerzhang/ALLHiC/issues/1

[zhangm1212]

It is likely the issue related to an old version of samtools. Please refer to this one: #1

好的，感谢您的回复！