Misha
Misha
 PhpStorm 2018.2.3 Yii2 template basic    the problem has appeared after updating PhpStorm
Проблема решилась путем добавления пустой папки controllers в корень проекта. И воспроизводится если ее удалить.
Короче как я понял проблема тут  Если в корне не найдена папка controllers то считается что это шаблон advanced и корневой директорией назначается первая папка из пути к файлу...
@slepciu if you use advanced template, you need set phpstorm sources folders and set package prefix 
 Пожалуйста примите мой [Pull request](https://github.com/webvimark/user-management/pull/171), уже больше года прошло а проблема осталась