dbSNP locked to v137

[robinandeer]

Hej Robin,

jag experimenterar lite med cosmid. Mycket trevlig idé.

Hur är det med namnet på dbsnp-filen? Det verkar låst till dbsnp_137 även när källan är v138? Bug eller feature?

Tack!

// Daniel

`$ cosmid update dbsnp cosmid WARN Couldn't find 'cosmid.yaml'; run 'cosmid init' cosmid UPDATE Cloning: resources/dbsnp/dbsnp_137.vcf.gz - 1472.95 MB cosmid UPDATE Processing downloaded files $ cat .cosmid.yaml ... dbsnp: names:

• dbsnp_137.vcf.gz sources:
• bundle/2.8/b37/dbsnp_138.b37.vcf.gz target: latest version: 2.8 ... $ grep dbSNP_BUILD_ID dbsnp_137.vcf
  ##dbSNP_BUILD_ID=138 $ cosmid --version |grep version`

[robinandeer]

Egentligen en feature :)

Tanken är att man ska kunna uppdatera resurser utan att behöva peka om sina script. Alltså ska namnet på filen vara samma oavsett version/assembly men i detta fall bör namnet såklart verken innehålla 137, 138 eller ngt annat.