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A quirky little issue this. Using quarto/pdf, I created a plot with plotmath greek character mu $\mu$ in the y label. In rendering to pdf, if the chunk's dev is...
This problem is encountered using gen3sis v1.5.11 Here is an example where negative branch length -1 appears. `phy.nex`: ``` #NEXUS begin trees; Tree tree = (((((((((((((((((((((((((((species1:0,species326:0):0,species325:0):0,species324:0):0,species323:0):0,species322:0):2,(species194:1,species312:1):1):0,species193:2):1,((species152:2,species232:2):0,species231:0):1):0,species151:3):2,(species102:0,species398:0):5):0,(species101:0,species397:0):5):1,((species77:1,species278:1):3,(((species145:0,species409:0):0,species408:0):1,species295:1):3):2):1,((species60:4,(((species144:1,(species294:0,species447:0):1):0,species293:1):0,species292:1):3):0,species143:4):3):0,species59:7):1,species53:8):0,(species52:1,(species274:0,species443:0):1):7):8,(((((((species15:0,species341:0):0,species340:0):0,species339:0):1,species257:1):0,species256:1):1,((species206:0,species430:0):1,species313:1):1):7,((species46:4,species141:4):0,(species140:0,species407:0):4):5):7):2,(species14:6,((species86:0,species381:0):5,(species117:1,(species285:0,species445:0):1):4):1):12):12,((((((((((((species10:0,species331:0):0,species330:0):1,species249:1):0,species248:0):1,species202:2):0,species201:2):3,(species105:4,(species149:2,species230:2):2):1):4,species45:9):2,((species35:3,species176:3):2,((species113:0,species402:0):0,species401:0):5):6):1,((((((((species31:0,species352:0):0,species351:0):3,((species174:1,species305:1):0,(species304:0,species448:0):1):2):0,(species173:0,species419:0):3):1,species137:4):1,(species112:0,species400:0):5):1,((species95:0,species396:0):2,(species223:0,species433:0):2):4):1,((species74:0,species374:0):0,species373:0):7):5):1,((((species25:1,species262:1):5,(species89:3,species190:3):3):1,species71:7):1,((species56:3,species182:3):1,species142:4):4):5):1,((((((((species23:0,species347:0):0,species346:0):0,species345:0):1,species260:1):0,species259:1):1,species211:2):3,species110:5):2,species69:7):7):16):0,(((((((((species9:0,species329:0):1,species247:1):1,species200:2):1,species161:3):1,((species130:1,species291:1):1,species229:2):2):0,(species129:1,species290:1):3):2,((species83:5,(species116:0,species404:0):5):0,((species115:0,species403:0):4,(species150:0,species410:0):4):1):1):1,(species66:0,species369:0):7):2,(species44:3,(((((species180:0,species420:0):1,species311:1):0,(species310:0,species449:0):1):1,species239:2):0,species238:2):1):6):21):0,((((((((((species8:1,species246:1):0,species245:1):1,species199:2):1,(((species160:0,species417:0):0,species416:0):1,species299:1):2):0,species159:2):1,species128:4):1,species104:5):5,((((species38:0,species356:0):1,species269:1):2,species177:3):6,((((((species50:0,species363:0):1,species273:0):1,(species220:0,species432:0):2):0,(species219:0,species431:0):2):4,(species99:2,((species225:1,species321:1):0,species320:1):1):4):0,species98:6):3):1):2,(((((species30:0,species350:0):1,species265:1):1,(species215:1,species316:1):1):6,(species57:1,species275:1):7):2,species42:10):2):1,(((((species24:0,species348:0):1,species261:1):3,species135:4):3,species70:7):3,((species41:0,species359:0):2,species216:2):8):3):17):0,(((((((((species7:1,species244:1):2,(species158:0,species415:0):3):0,species157:3):0,species156:3):1,species127:4):3,(species65:3,species183:3):4):0,species64:7):3,(((species37:1,species268:1):0,(species267:0,species442:0):1):0,species266:1):9):2,((((species29:1,species264:1):1,species214:2):4,((species94:1,species282:1):1,species222:2):4):0,(((((species93:0,species395:0):0,species394:0):0,species393:0):0,species392:0):4,species148:4):2):6):18):0,(((((((((species6:0,species328:0):0,species327:0):1,species243:1):3,species126:4):3,species63:7):0,species62:7):0,(species61:1,species277:1):6):3,species36:10):4,(((((species22:1,species258:1):1,(species210:1,species315:1):1):0,species209:2):1,species170:3):3,(((((species88:0,species387:0):0,species386:0):0,species385:0):0,species384:0):0,species383:0):6):8):16):0,(((((((((species5:1,species242:1):0,species241:1):3,species125:4):1,species103:5):1,((species82:0,species378:0):0,species377:0):6):8,((((((species21:3,species169:3):3,(((((((species87:0,species382:0):3,(species189:0,species426:0):3):0,species188:3):0,((((species187:0,species425:0):0,species424:0):0,species423:0):2,species240:2):1):2,(species120:1,species286:1):4):0,species119:0):0,(species118:0,species405:0):5):1):3,(((species49:0,species362:0):0,species361:0):1,species272:1):8):0,species48:9):1,((((species40:0,species358:0):4,(species138:0,species406:0):4):2,((species96:1,(species283:0,species444:0):1):1,(((species224:1,species319:1):0,species318:1):0,species317:1):1):4):3,((species51:0,species364:0):7,(species75:0,species375:0):7):2):1):2,((((species34:0,species355:0):0,species354:0):0,species353:0):8,((species58:0,species368:0):1,species276:1):7):4):2):1,(((((species18:0,species342:0):2,(species207:1,species314:1):1):1,((species168:1,species303:1):0,species302:1):2):0,species167:3):2,((species108:2,species227:2):0,(((species226:0,species436:0):0,species435:0):0,species434:0):2):3):10):0,(((((species17:3,(species166:0,species418:0):3):0,(species165:2,species236:2):1):2,((species107:-1,species399:0):1,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end; [!Tree generated with...
*Check gen3sis* rgdal and rgeos will be retired by end of 2023. Gen3sis imports raster and sp. Package sp currently suggests both rgeos and rgdal. It uses rgdal for the...
implement CI
previously relying on Travis, now we need another solution. Specially if we want to improve collaboration
Currently the distance matrices can only be left out or computed fully during the input creation. We may want to offer calculating partial/full distance matrices from existing inputs.
Joe at Uni Bristol looked into ways of improving distance storage and calculations. I past here some text. **Problem**: I have sets of global climate data at a reasonably high...
one of the richness plots is in the inst/logo folder, should be moved to extdata/southamerica/images