COVID-19
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Dove sono stati inseriti i test rapidi conteggiati da oggi, anche nel campo [casi_testati] oppure soltanto nel campo [tamponi]?
Avendo letto l'avviso (invero stringatissimo e senza alcun riferimento alle attuali strutture di dati) relativo al 15/01/2021 rinvenibile nell'apposita sezione di questo repository: https://github.com/pcm-dpc/COVID-19/blob/master/avvisi.md
apprendo che da oggi vengono conteggiati anche i test rapidi oltre ai tamponi molecolari, sempre che abbia capito bene. La domanda di cui al titolo di questa issue nasce dal fatto che il delta giornaliero dei [casi_testati] ammonta oggi soltanto a 80.885, valore non dissimile (solo leggermente superiore) alla media degli ultimi 10 giorni e largamente inferiore ai massimi della serie, mentre il delta giornaliero del campo [tamponi] ammonta al valore esorbitante di 273.506, che è di gran lunga il massimo assoluto della serie.
La domanda è pertanto: non è che i nuovi test rapidi sono stati inseriti unicamente nel campo [tamponi], mentre i [casi_testati] attraverso test rapido non vengono conteggiati?
Dai numeri sembrerebbe proprio così (che, spiace dirlo, costituirebbe l'ennesimo pasticcio nei dati), altrimenti si dovrebbe concludere che i test rapidi vengano utilizzati (quasi) esclusivamente per il controllo della guarigione e nessuno (o quasi) per i nuovi casi (ovvero per i "casi testati"), cosa che ovviamente appare del tutto inverosimile.
EDIT (calcoli più precisi)
Dai dati dell'ISS vedo che i test rapidi antigenici effettuati oggi sono in totale 116.859, tutti (presumo) annoverati nel campo [tamponi] delle tabelle di questo repository, mentre l'incremento stimabile del delta giornaliero del campo [casi_testati] è di circa 20.000 (differenza tra il delta odierno e la media dei delta dei 7 giorni precedenti). Se i dati fossero corretti, significherebbe che soltanto all'incirca il 17% dei test rapidi viene utilizzato per i nuovi casi, mentre il restante 83% circa viene utilizzato per il controllo della guarigione (o comunque ripetuto su casi già testati, o effettuato su soggetti su cui è stato nuovamente ripetuto il tampone molecolare), cosa che, ripeto, appare largamente inverosimile.
Ringrazio anticipatamente per il chiarimento.
Provo a rispondermi da solo: dalla lettura della circolare ministeriale che ha dato vita all'inclusione dei dati sui tamponi antigenici, rinvenibile qui: https://fimmg.bari.it/documenti/6P208_1.pdf
si evince, sempre se interpreto bene, che un caso di Covid-19 per essere confermato non necessità più del tampone molecolare, ma può essere confermato anche attraverso test antigenico, purché di «terza generazione» (più precisamente test a immunofluorescenza con lettura in microfluidica).
Può darsi quindi che l'esiguo incremento nel delta dei [casi_testati] sia dovuto al fatto che per adesso vi è ancora un'elevata prevalenza di test antigenici di prima e seconda generazione, per cui anche a fronte di una positività a questi ultimi, viene comunque effettuato il tampone molecolare o il test antigenico di terza generazione di conferma, che provoca un aumento del numero dei test eseguiti senza però incidere sul numero dei casi testati.
Un'altra spiegazione potrebbe essere che i casi testati siano prevalentemente test diagnostici eseguiti per lo più su casi clinici o in alcuni casi per diagnosticare casi lievi, ma comunque sintomatici: diciamo che ne vedo più un utlizzo per diagnosi su casi indice, visto che di tracciamento se ne fa ben poco. Con la nuova circolare hanno di fatto introdotto a statistica la galassia delle attività di screening ripetuto alle categorie più esposte: in questo caso non credo che si utilizzino i rapidi per diagnosticare guarigioni al doppio tampone, ma più per verifiche periodiche in alcuni contesti e categorie ben noti. In quest'ultimo caso si spiegherebbe l'ampio numero di tamponi effettuati rispetto ai testati, cioè si tratterebbe di "seconde diagnosi" da attività di screening ripetuti.
@emazep riguardo l'ultima parte, se a un test rapido deve seguire conferma con molecolare, il rapido non dovrebbe entrare nel conteggio altrimenti nel database si avrebbe un incremento del dato tamponi di due unità a fronte di una sola diagnosi, quindi la % di positività risulterebbe falsata.
L'incremento dei tamponi di 2 unità lo deduco dalla tabella del Ministero, in cui la colonna TOTALE tamponi effettuati è la somma di Tamponi processati con test molecolare e Tamponi processati con test antigenico rapido, anche se devo dire che il nome di quest'ultima colonna è ambiguo. Inizialmente pensavo indicasse il numero totale di test rapidi, però pensandoci potrebbe indicare i tamponi molecolari eseguiti in seguito a test rapidi, che ne pensate voi?
Nella discussione #1037 abbiamo chiesto a umbros alcuni chiarimenti in merito ma non ci ha dato risposte
se a un test rapido deve seguire conferma con molecolare, il rapido non dovrebbe entrare nel conteggio
Se posso intromettermi, entrano nel conteggio dei nuovi positivi le persone risultate positive ai kit rapidi di 3° generazione da poco approvati da SSN. Tali positività non necessitano, come succedeva con i kit di 1° e 2° generazione di tampone molecolare.
Mi aspetto, ma non ho riscontro, che tutte le analisi positive e negative dei kit rapidi di 3° generazione siano conteggiati nel totale dei tamponi.
@LucaZeta in questa circolare ministeriale, a pag.5 in fondo , dicono che in contesti ad alta prevalenza non è richiesta conferma col tampone per i rapidi di prima e seconda generazione
@Rabelaiss l'effetto collaterale è che mi aspetto che i negativi rapidi di 1a e 2a che non abbiano ricevuto conferma al PCR o con la 3a generazione vengano esclusi come tamponi dalla statistica, se il contensto è ad alta prevalenza. Viceversa, in bassa prevalenza, i positivi rapidi conteggiati "in attesa di conferma al PCR" che poi non hanno ricevuto conferma nè al PCR nè coi tamponi di 3a generazione dovrebbero essere esclusi dalla statistica. Un bel guazzabuglio che richiede un'organizzazione a monte nei servizi territoriali che, temo, ci possiamo solo sognare.
Un modo per capire se una regione inserisce i test rapidi nei casi testati è vedere se in qualche occasione l'incremento dei casi testati ha superato quello dei tamponi molecolari, in tal modo si ottengono i seguenti risultati, da cui sembra evidente che piemonte, v.aosta, marche, lazio, abruzzo, calabria conteggiano i test rapidi nei casi testati
Piemonte
5/2 5024 PCR, 6352 CT (PCR = tamponi molecolari, CT = casi testati)
17/2 7313 PCR, 7316 CT
26/2 8761 PCR, 9197 CT
2/3 9596 PCR, 9930 CT
Valle d'Aosta
19/2 171 PCR, 174 CT
27/2 126 PCR, 150 CT
Marche
20/1 4167 PCR, 4876 CT
29/1 3106 PCR, 3132 CT
1/2 905 PCR, 988 CT
9/2 3284 PCR, 3302 CT
18/2 4734 PCR, 4994 CT
21/2 3753 PCR, 4087 CT
23/2 4707 PCR, 4942 CT
25/2 4978 PCR, 5625 CT
27/2 5746 PCR, 5915 CT
2/3 4106 PCR, 5040 CT
Lazio
16/1 12630 PCR, 15106 CT
19/1 12804 PCR, 15136 CT
20/1 12526 PCR, 16308 CT
21/1 12479 PCR, 16316 CT
22/1 12436 PCR, 16404 CT
23/1 12604 PCR, 16240 CT
24/1 11885 PCR, 12669 CT
25/1 8424 PCR, 10805 CT
26/1 9930 PCR, 16805 CT
27/1 12460 PCR, 15746 CT
28/1 13431 PCR, 19503 CT
29/1 12571 PCR, 17001 CT
30/1 12994 PCR, 19597 CT
31/1 9369 PCR, 15383 CT
2/2 10294 PCR, 14354 CT
3/2 11667 PCR, 18120 CT
4/2 12958 PCR, 23843 CT
5/2 11518 PCR, 21519 CT
6/2 10764 PCR, 20009 CT
7/2 9109 PCR, 14591 CT
9/2 10131 PCR, 19525 CT
10/2 12213 PCR, 17916 CT
11/2 12705 PCR, 19021 CT
12/2 11428 PCR, 17463 CT
13/2 12392 PCR, 17236 CT
14/2 9418 PCR, 15236 CT
16/2 10547 PCR, 19070 CT
17/2 12175 PCR, 15867 CT
18/2 11758 PCR, 17100 CT
19/2 12084 PCR, 16296 CT
20/2 12286 PCR, 17792 CT
21/2 9887 PCR, 13904 CT
23/2 10246 PCR, 20158 CT
24/2 15017 PCR, 20094 CT
26/2 14723 PCR, 18186 CT
27/2 11299 PCR, 19155 CT
28/2 15221 PCR, 19668 CT
1/3 9152 PCR, 10668 CT
2/3 11479 PCR, 21841 CT
3/3 14632 PCR, 20172 CT
Abruzzo
18/1 6622 PCR, 7904 CT
20/1 4675 PCR, 6354 CT
21/1 4162 PCR, 6545 CT
22/1 4111 PCR, 5275 CT
23/1 3875 PCR, 5339 CT
24/1 4700 PCR, 7981 CT
25/1 1800 PCR, 4368 CT
26/1 2795 PCR, 3927 CT
31/1 4460 PCR, 9303 CT
1/2 1386 PCR, 7647 CT
7/2 4756 PCR, 8216 CT
8/2 1822 PCR, 13983 CT
9/2 3062 PCR, 3643 CT
10/2 4370 PCR, 6238 CT
11/2 5438 PCR, 6707 CT
14/2 3207 PCR, 3563 CT
15/2 3367 PCR, 14523 CT
21/2 5108 PCR, 9763 CT
22/2 2573 PCR, 7474 CT
28/2 6539 PCR, 7480 CT
1/3 2701 PCR, 4734 CT
Calabria
18/1 1485 PCR, 1533 CT
23/1 2733 PCR, 2752 CT
27/1 2821 PCR, 2833 CT
30/1 2432 PCR, 3023 CT
31/1 1971 PCR, 2634 CT
1/2 1390 PCR, 1889 CT
2/2 2345 PCR, 2485 CT
6/2 2380 PCR, 2396 CT
7/2 1655 PCR, 2700 CT
8/2 1487 PCR, 1608 CT
9/2 2264 PCR, 2433 CT
11/2 2469 PCR, 2616 CT
12/2 2217 PCR, 2311 CT
13/2 2209 PCR, 2444 CT
15/2 1238 PCR, 1364 CT
16/2 2009 PCR, 2020 CT
18/2 1890 PCR, 1989 CT
19/2 1937 PCR, 1988 CT
21/2 1672 PCR, 1952 CT
23/2 1781 PCR, 1995 CT
24/2 2308 PCR, 2349 CT
25/2 2179 PCR, 2343 CT
26/2 2433 PCR, 2680 CT
1/3 1261 PCR, 1377 CT
2/3 1831 PCR, 2020 CT
Analogamente, un modo per capire se una regione NON inserisce i test rapidi nei casi testati è vedere se in qualche occasione l'incremento dei casi totali ha superato quello dei casi testati, in tal modo si ottengono i seguenti risultati, da cui sembra evidente che bolzano, trento non conteggiano i test rapidi nei casi testati (in realtà è teoricamente possibile che i nuovi casi superino i nuovi casi testati, ma è molto raro che succeda, e fa insospettire se succede di frequente)
P.A. Bolzano
19/1 436 CASI, 317 CT
26/1 559 CASI, 355 CT
4/2 747 CASI, 734 CT
6/2 802 CASI, 786 CT
9/2 721 CASI, 316 CT
10/2 789 CASI, 683 CT
16/2 564 CASI, 363 CT
23/2 374 CASI, 328 CT
2/3 236 CASI, 235 CT
P.A. Trento
29/1 307 CASI, 234 CT
3/2 261 CASI, 225 CT
25/2 406 CASI, 355 CT
Ovviamente questo metodo consente solo di trovare i casi limite, una regione può benissimo conteggiare i test rapidi nei casi testati ma non aver mai avuto i PCR minori dei CT.