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nwb, snakemake paramsがimportに含まれていない

Open ReiHashimoto opened this issue 2 years ago • 0 comments

動作確認

  • snakemake, nwbのパラメータを変更してから実行したワークフロー Screenshot 2023-05-16 at 8 59 19 Screenshot 2023-05-16 at 8 59 59

  • 実行完了後にリロード → RECORDからREPRODUCE Screenshot 2023-05-16 at 9 09 50 Screenshot 2023-05-16 at 9 10 02

  • 変更したパラメータはREPRODUCEの際には反映されていない → そもそも期待の動作か?

実装

  • importのAPIでparameterを特に返していない https://github.com/oist/optinist/blob/35209ff03710b1d5b02d3897034e55b163588b21/optinist/routers/experiment.py#L49-L61
  • snakemake paramsは現状ファイルなどに記録もされていない
  • nwb paramsはconfig.yamlに情報が含まれる(rules.input_0.nwbfile)

対応案

  • run, run_allの際に受け取った引数をそのままexperiment.yamlなどに保持する

ReiHashimoto avatar May 16 '23 00:05 ReiHashimoto