optinist
optinist copied to clipboard
nwb, snakemake paramsがimportに含まれていない
動作確認
-
snakemake, nwbのパラメータを変更してから実行したワークフロー
-
実行完了後にリロード → RECORDからREPRODUCE
-
変更したパラメータはREPRODUCEの際には反映されていない → そもそも期待の動作か?
実装
- importのAPIでparameterを特に返していない https://github.com/oist/optinist/blob/35209ff03710b1d5b02d3897034e55b163588b21/optinist/routers/experiment.py#L49-L61
- snakemake paramsは現状ファイルなどに記録もされていない
- nwb paramsはconfig.yamlに情報が含まれる(rules.input_0.nwbfile)
対応案
- run, run_allの際に受け取った引数をそのままexperiment.yamlなどに保持する