HiC-Pro
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nservant
make: *** No targets. Stop.
I am not sure, what is going on here. This is the first time I am trying to run hic-pro, so it might be a set-up issue? I am running:
/lustre/projects/dazzler/uelze/sw/HiC-Pro/bin/HiC-Pro -i /lustre/projects/dazzlerAssembly/asm_vpTaxBacc_BK34-6/hic/hic_pro/hic_data/ -o /lustre/projects/dazzlerAssembly/asm_vpTaxBacc_BK34-6/hic/hic_pro/test -c /lustre/projects/dazzler/uelze/pipelines/hifi_snake/config_hicpro.txt -s mapping
and the only ouput I get is:
make: *** No targets. Stop.
I am pretty sure I have the input folder set up right:
hic_data/
├── input_linked
│ ├── sample_ln_R1.fastq.gz -> /lustre/projects/dazzlerAssembly/asm_vpTaxBacc_BK34-6/hic/linked_reads/R1.fastq.gz
│ └── sample_ln_R2.fastq.gz -> /lustre/projects/dazzlerAssembly/asm_vpTaxBacc_BK34-6/hic/linked_reads/R2.fastq.gz
└── input_real
├── sample_R1.fastq.gz
└── sample_R2.fastq.gz
2 directories, 4 files
so that should be fine. Then there is the config file:
# Please change the variable settings below if necessary
#########################################################################
## Paths and Settings - Do not edit !
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TMP_DIR = tmp
LOGS_DIR = logs
BOWTIE2_OUTPUT_DIR = bowtie_results
MAPC_OUTPUT = hic_results
RAW_DIR = rawdata
#######################################################################
## SYSTEM AND SCHEDULER - Start Editing Here !!
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N_CPU = 40
SORT_RAM = 5000M
LOGFILE = hicpro.log
JOB_NAME =
JOB_MEM =
JOB_WALLTIME =
JOB_QUEUE =
JOB_MAIL =
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## Data
#########################################################################
PAIR1_EXT = _R1
PAIR2_EXT = _R2
#######################################################################
## Alignment options
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MIN_MAPQ = 10
BOWTIE2_IDX_PATH = /lustre/projects/dazzlerAssembly/asm_vpTaxBacc_BK34-6/hic/hic_pro/annotation_files
BOWTIE2_GLOBAL_OPTIONS = --very-sensitive -L 30 --score-min L,-0.6,-0.2 --end-to-end --reorder
BOWTIE2_LOCAL_OPTIONS = --very-sensitive -L 20 --score-min L,-0.6,-0.2 --end-to-end --reorder
#######################################################################
## Annotation files
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REFERENCE_GENOME = vpTaxBacc_BK34-6
GENOME_SIZE = /lustre/projects/dazzlerAssembly/asm_vpTaxBacc_BK34-6/hic/hic_pro/annotation_files/vptaxbacc_bk34-6.hic.hap1.p_ctg.sizes.genome
#######################################################################
## Allele specific analysis
#######################################################################
ALLELE_SPECIFIC_SNP =
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## Capture Hi-C analysis
#######################################################################
CAPTURE_TARGET =
REPORT_CAPTURE_REPORTER = 1
#######################################################################
## Digestion Hi-C
#######################################################################
GENOME_FRAGMENT = /lustre/projects/dazzlerAssembly/asm_vpTaxBacc_BK34-6/hic/hic_pro/annotation_files/vptaxbacc_bk34-6.hic.hap1.p_ctg.restr.bed
LIGATION_SITE = AAGCTAGCTT
MIN_FRAG_SIZE =
MAX_FRAG_SIZE =
MIN_INSERT_SIZE =
MAX_INSERT_SIZE =
#######################################################################
## Hi-C processing
#######################################################################
MIN_CIS_DIST =
GET_ALL_INTERACTION_CLASSES = 1
GET_PROCESS_SAM = 0
RM_SINGLETON = 1
RM_MULTI = 1
RM_DUP = 1
#######################################################################
## Contact Maps
#######################################################################
BIN_SIZE = 20000 40000 150000 500000 1000000
MATRIX_FORMAT = upper
#######################################################################
## Normalization
#######################################################################
MAX_ITER = 100
FILTER_LOW_COUNT_PERC = 0.02
FILTER_HIGH_COUNT_PERC = 0
EPS = 0.1
Which I think I filled in correctly? So what is causing the error?
I solved this but I am not sure the problem I encountered was as same as yours.
I am afraid that this is still a problem of PATH. Perhaps try to move all your files (including config-system.txt) to the directory where you run Hi-C Pro. And you might need to have a look at config-system.txt too.