Circularised assembly doesn't make any sense

[Bibi82]

I used NOVOPlasty to assemble the mitochondrial genome of my PE shotgun sequencing reads and it's been working fine. But there one sample that is simply not working. I know the sample is good because I used Spades and fished out the mitochondrial genes so I know they are there.

The seed I am using is CO1 from the same species so that should work. It produces a circularised assembly but the contig is just gibberish. There are are only As,Ts and Gs but no Cs, and its seems like it's the same motif repeated loads of times.

I tried using different seeds (other genes for the same species and CO1 for other closely related species) but the results are always the same.

log_HS_654.txt Circularized_assembly_1_HS_654.txt s.

[ndierckx]

That is weird , never saw that before :) Can you run it again with extended log set to 1 and send me that file?

[Bibi82]

Here it is...

log_extended_HS_654.txt

[ndierckx]

Hi,

Sorry I saw I never replied It is maybe too late but I was able to retrieve the assembly in the extended log

The assembly is not complete because there seems to be a long repetitive region that can be resolved with short reads only

143708671 AATATTTGAATATTTGAATATTTGAATATTTGAATATTTGAATATTTGAATATTTGAATATTTGAATATTTGAATATTTGAATATTTGAATATTTGAATATTTGAATATTTGAATATTTGAATATTCCAAAAGCCCGCATCAACACCTGAAACCTATAGCTGCGCTCGCATAGCTTATATTAAAGCATAGCGCTGAAAACGCTAAGACGTACCCTAAAAAGTTCTGCGAACACAAAGGTCTGGTCCATTACCTTATTATTAGCAAAAACGTAATTTATACATGCAAGTATCAGCACACCCGTGAGTAAGCCCTAACCCTTATTAGGACAAGGAGCCGGTATCAGGCACAGAAAAATCTAGCCCACTACACCTAGCTTTAGCCACACCCTCAAGGGAATCCAGCAGTAATTAACATTGTAAATAAGCGAAAGCTTGATTCAGTTATAGTTTACAAGAGCTGGCCAATTCGGTGCCAGCCGCCGCGGCTACACCGCTAGCTCAAGCTAATAAACAACGGCGTTAAGCGTGTTTAAAGTTACCAAAAAACTAGAGTTAAACCCTTAATCATAGAGCAATATCATGATTATTAAGAAATACACAAACGAAAGTTACTCTAAAAATTTGACTTGAATCCACGAAAGCTAAGAAACAAACTGGGATTAGATACCCCACTATGCTTAGCCCTAAAATATCAATTACACTAAAACCCGCCAAAAAACTACGAGCGCAAGCTTGAAACTTAAGGACTTGACGGTGTCCAATCAACCTAGAGGAGCCTGTTCTGTAACCGATGATCCCCGTTATACCTCACCTCTTTTAGCTAATCAGCCTGTATACTTCCGTCGTAAGCTAACCATGTGACTGTTACAGTAAGCTAAATAGTTAATACACCAAAACGTCAGGTCAAAGTGCAACCTATAAAGAGGAAAGAAATGGGCTACTATTTTTAACTCAAGAAAAACGAATTAGCATCTCAATAACTGCTATGAAGGTGGATTTAGAAGTAAAGTGAAAATAGCGTGTTCACTTTAATAATGTACTAGGACATGTACAAACCGCCCGTCATCCTCTTTTTCCTTAATCCCCTACCTATACCTAATAAATTTATTAAGAACCAAAAGAGGCAAGTCGTAACATGGTAAGTATACTGGAAAGTGTACTTGGCTAACAAAATATAGTTTAACAAAAACTTTTCGCTTACACCGAAAGAACATCTTCTAAAATAGATTATTTTGAGCCTTAAATTTAGTTATCTACCTACAACATGGACATAAAATAAATCCTTTATAAAACAAAACATTTACACGATTTAGTAAAAGCGATCGAAATTCAATTAAAAACTATAAATAAAGTACCGCAAGGGAAAAATGAAATAGATGTAAGACAAAAGCACAAAAAAGTAGAGACTACCTCGTACCTTTTGCATCATGGTCTGACTAGAAAAATCAAGCAAAACGTAATTATAGTTTGCCCCCCCGAAACTAAGTGAGCTACTTTAAAATAGCTATCGAGCCAACTCGTCTCTGTCGCAAAAGAGTGAGAAAATTTTTAAGTAGAGGCAATAAACCTACCGAACTTAGAGATAGCTGGTTACTTAAGAAAAGAATATGAGTTCAACCTTAAATTACATTTGCACAATATAAGCAATTTTAAGAGCTATTCAAATAGGGTACAGCCTATCTGAAGCAGGAAACAACCTAAAAGACTGGGTATTAAGCATAGCAGTATTCAAGTGGGCCTGAGAGCAGCCATCTTTAAAAAAGCGTCAAAGCTTAAACACTAAACAATAAAAATTTTTGTCTAATAACCAAACCCACCACCGCTATTAAGTGACTTTATAATTATATAAAAAATATTATGTTAGAATTAGTAATAAGAAATTGTTTTTCTCCAAAATATGAGTGTAACGCAAAACAAACCAATAGCCGCCAATTACTGTATATAAGCCCTATGTAGCAACTCCACAAGAAAACCCTACTACAACAAACATTAACCTAACACAAGAATACTGCTGGAAAGATTAAAAAAAGAGGAAGGAACTCGGCAAATATAAACCCCGCCTGTTTACCAAAAACATCGCCTCTTGTTAAATTATAAGAGGTCCTGCCTGCCCCGTGATTTAATTTAACGGCCGCGGTATCCTAACCGTGCAAAGGTAGCATAATCAATTGTCCCTTAAATCGGGACTAGTATGAACGGCATCACGAGGGTTAAACTGTCTCCCTCCTTAAATCAATGAAATTAATTTTCCCGTGAAGAAGCGGGGATAAAATTATAAGACGAAAAGACCCCATGGAGCTTTAAGCTTATTACCATTTATCTAATTATCTAACATATTAAATGATAAAAGTGTTCTTTAATAGCTTTCGGTTGGGGCGACCCTGGAGAAAAATAAATCCTCCAGATTGAAAATAATAACCCTTATATAAGAACTACTGTTCAAATAAACAAAAACTTGACAAAACTGACCCAGAATTAACTGATCAGTGGACCAAGTTACCCTGGGGATAACAGCGCAATCCATTTCAAGAGCCCATATCGACAAATGGGTTTACGACCTCGATGTTGGATCGGGGTATCCTAGCAGCGCAGCTGTTGCTAATGGTTCGTTTGTTCAACGATTAACACCCCACGTGATCTGAGTTCAGACCGGAGTAATCCAGGTCGGTTTCTATCTATAAAGCGTCTATTCTAGTACGAAAGGACCGAAAAGACATGGCCAATATATTAACATGCCATATTTTAACATTTGTGATATCAACTTAACTAAATATAAACTATAGATCAGACTTTAGACCAAAATTGATGAAGCAAAACCAGGCCCTGCTAAAGATCTAAGCCCTTTCCTCAGAGGTTCAAATCCTCTCATCAATTTTAATAATGCTTACTATACATGTAATTAATACATTTTTATATATTGCCCCTATTCTTATTGCTGTAGCTTTCTTCACCTTAATTGAACGAAAAATTTTAGGATATATACAACATCGAAAAGGGCCAAATATTGTAGGGCCCTACGGTCTCCTCCAACCTATAGCAGACGGAATAAAACTATTTATTAAAGAACCTGTGCGGCCATTGACATCCTCCCCCATTTTGTTTTTAGTTGCCCCCACAGCAGCATTATCATTGGCAATTGTAATCTGAACACCACTACCAATACCTTACCCCTTTGCTGATATAAACTTATCTATTTTATTTATCTTAGCCCTCTCAAGTTTGATAGTATATACAATCTTAGGGGCAGGCTGAGCCTCAAATTCAAAATATGCTCTAATCGGAGCCCTACGCGCCGTAGCACAAACTATCTCATATGAAGTTACACTAGCCCTGATTATTTTATGTGCAATCTTTATAACAGGCGGCTTCTCCATTATAAATTTTAACTATGCCCAAATATACATATGATTAATTATCCCTGCATGACCTCTGGCTATATTATGGTTTGTATCTACACTTGCAGAAACCAACCGAGCCCCATTTGACCTCACTGAAGGTGAATCAGAATTAGTATCGGGATTTAACGTAGAATATGCAGGAGGACCCTTCGCATTGTTCTTCCTTGCAGAATATGCAAATATCTTATTAATAAATACCATGTCTATTATAATCTTCCTCGGCTCATATTTATATTTATTATTATCTACCTTAACATTAATACTTAAAGCATCAATTATAGCTTTATCTTTTTTATGAATTCGAGCATCTTACCCACGATTCCGCTATGACCAACTTATACACCTTGTATGAAAAAATTTTTTACCTATTACATTAATAGCAGTTCTTTGATATTCTTCTATAAATATTTCACTTGCAATAACACCACCAATGTAACATATATGTTTATATAAATGTATATTAAGGAAGTGTGTCCGAAAGCTAAGATCCTCTTTGATAGAGAGGCACATAGGAGTTCAAATCCCCTCACTTCTTTAGAAAAACAGGAACCGAACCTGCACATAAGGCATCAAAAACCTCCGTACTTCCATTATACTATTTTCTAGTAAGGTCAGCTAAATAAGCTTTTGGGCCCATACCCCAAAAATGTCGGATAATACCCCTCCCTTACTATAGTATACAATTAAAAATCATAATATTTATAACCCTTGCCCTATTTACGGGAACCCTAACTACAATCTCCTCTAATCACTGATTCCTAGCTTGAATCGGATTAGAAATTAGTACATTGGCAATTACTCCCCTAATCATACTTAATAAAACTCCACGAGCTACTGAAGCAACAACTAAATATTTTATTACCCAAGCCTCAGCTTCAACTACACTATTATGCTTAACAATATTTAATTATTGAAAAACAGGAGAATGAAGCATTAATTTTACGCATCCAATATCTACTTCCCTTATTACACTTACGCTTATAATAAAATTAGGCATCGCCCCCCTCCACTTCTGAATACCTGAAGTACTACAAGGGACTTCTTTAAAAACAGGACTAATTTTAACAACTTGACAAAAAATTGCCCCTCTAATTATTTTATATCAGGTATCAACAGAACTAAATACTAATGTAACAACCACATTAGGCTCTATTTCAGTATTAGTCGGGGGATGAGGAATTGTAAATCAAACAGAGTTGCGAAAAATACTAGCATATTCTTCAATTGGGCATCTAGGATGAATAGTTATTATTTTACCTTATTATCCTAACCTAGCACTTCTTAATTTTATTCTCTATACAGTTATATCAATTATAATATTTATAACCTTAGACAAAATAGCCCAAACAAAGATTTCCCACCTCTCTACATCTTGATCATATTCCCCCCCCTTACTATGCATAATAATACTTACTATGCTTTCATTGGGGGGGCTTCTACCACTAACAGGATTCTTACCTAAACTTATTACTATTTTTTATTTAACTAAAAAATTAATAGTTATTATCTCTACACTATTAATCATTGCATCATTATTATCTATGTACATATACATTCGCTTAACTCACTTTACACTTATAATATTAACCCCTCATACTACAA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