no 'build' directory found on skesa branch in tools/skesa

[pcantalupo]

Hello, I'm trying to install skesa. I cloned the repo as per README.md. Then had to checkout the skesa branch (which is not in the readme). Now I cannot find the build directory in the tools/skesa folder. Am I missing something? Thank you Paul

[kwrodarmer]

apt-get update apt-get install -y git gcc g++ make libboost-all-dev

git clone https://github.com/ncbi/ncbi-vdb.git git clone https://github.com/ncbi/ngs.git

( cd ngs ; ./configure ; make ; make install ) ( cd ncbi-vdb ; ./configure ; make ; make install )

git clone https://github.com/ncbi/ngs-tools.git cd ngs-tools ./configure

git checkout skesa cd tools/skesa export BOOST_LIBPATH=/usr/lib/x86_64-linux-gnu export NGS_LIBPATH=/usr/local/ngs/ngs-sdk/lib64 export NCBI_LIBPATH=/usr/local/ncbi/ncbi-vdb/lib64 make skesa

Note that you have to have boost available...

[kwrodarmer]

I have updated the README.skesa file with these instructions.

[pcantalupo]

Thanks for the quick update! I hope to try this tonight

[NRCScientificIT]

Hello, I tried the install/compliation as described here but I still have an error with the "make skesa" command:

/usr/include/boost/variant/detail/initializer.hpp:104:24: note: no known conversion for argument 2 from ‘std::remove_referenceDeBruijn::IntegerTemplate&::type {aka DeBruijn::IntegerTemplate}’ to ‘boost::detail::variant::make_initializer_node::apply<boost::mpl::pair<boost::detail::variant::make_initializer_node::apply<boost::mpl::pair<boost::detail::variant::make_initializer_node::apply<boost::mpl::pair<boost::detail::variant::make_initializer_node::apply<boost::mpl::pair<boost::detail::variant::make_initializer_node::apply<boost::mpl::pair<boost::detail::variant::make_initializer_node::apply<boost::mpl::pair<boost::detail::variant::make_initializer_node::apply<boost::mpl::pair<boost::detail::variant::make_initializer_node::apply<boost::mpl::pair<boost::detail::variant::make_initializer_node::apply<boost::mpl::pair<boost::detail::variant::make_initializer_node::apply<boost::mpl::pair<boost::detail::variant::make_initializer_node::apply<boost::mpl::pair<boost::detail::variant::make_initializer_node::apply<boost::mpl::pair<boost::detail::variant::make_initializer_node::apply<boost::mpl::pair<boost::detail::variant::make_initializer_node::apply<boost::mpl::pair<boost::detail::variant::make_initializer_node::apply<boost::mpl::pair<boost::detail::variant::initializer_root, 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[bioinfoacademy]

I get the same error like @NRCScientificIT. @kwrodarmer could you please help ? Thanks in advance.