p102コマンドに関して

[MOBioJapan]

コマンドが以下になっておりますが、後半の{sample}_2.fastq.gzは${sample}_2.fastq.gzと書かなければrror: file not found ../seq/{sample}_2.fastq.gzとエラーメッセジー字がでます。

cat ../seq/run_ids | while read sample; do echo processing{sample}; kallisto quant --index=../ref/kallisto.idx --output-dir=${sample} --bootstrap-samples=100 --threads=4 ../seq/${sample}_1.fastq.gz ../seq/{sample}_2.fastq.gz; done; echo finished

正しくは、以下のように書くべきなようですね。 cat ../seq/run_ids | while read sample; do echo processing{sample}; kallisto quant --index=../ref/kallisto.idx --output-dir=${sample} --bootstrap-samples=100 --threads=4 ../seq/${sample}_1.fastq.gz ../seq/${sample}_2.fastq.gz; done; echo finished

また、ここでのコマンドではrun_idsのファイルを自分で作成しないとそもそもrun_idsのファイルが存在しないという 以下のエラーメッセージがでました。 cat: ../seq/run_ids: No such file or directory

自分はrun_ids.txtというファイルを作成して その中に順番に以下のように書きました。 SRR1550989 SRR1551005 ...

その後、expression/seq/run_ids.txtとなるように保存し、以下のコマンドで run_idsをrun_ids.txtとして実行してうまくいきました。

cat ../seq/run_ids.txt | while read sample; do echo processing{sample}; kallisto quant --index=../ref/kallisto.idx --output-dir=${sample} --bootstrap-samples=100 --threads=4 ../seq/${sample}_1.fastq.gz ../seq/${sample}_2.fastq.gz; done; echo finished

大体一サンプルあたり10-15分ぐらいでした。 PCは、MacBook Air M1チップ搭載　メモリ16GB　SSD1TB

[misshie]

お返事が遅くなり申し訳ありません。

発現解析の稿に関しては、疾患ゲノム解析担当の三嶋からはお返事できません。ご容赦ください。