paladin align parameters

[fallinwind]

Hi @mayuefine , 想问下您用paladin软件计算AMP丰度时是否设定了比对参数，想知道您使用的具体参数呢（因为用默认参数的话，短的AMP没有比对结果），求告知，感谢！

[mayuefine]

Create index

paladin index -r3 selected_c_AMPs.fa

Compare to generate bam files. Takes the most time.

paladin align -t 4 selected_c_AMPs.fa test.fa | samtools view -Sb - > t1.bam

您好，我好像是没有用什么参数的，我记得数据出来后也是最短的只有19个氨基酸左右的长度

[fallinwind]

好的，有您的结果参考就好多了，感谢！