test sequence not as expected?

[KewinOgink]

Related to the https://github.com/marbl/ModDotPlot/issues/29 I thought to investigate by using test sequences.

I take a sequence from arabidopsis chr1 and copy paste a sequence 3 times,

%%writefile ../tmp/seq1.fa
>seq1
CCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCTCTGAATCCTTAATCCCTAAATCCCTAAAT
CTTTAAATCCTACATCCATGAATCCCTAAATACCTAATTCCCTAAACCCGAAACCGGTTT
CTCTGGTTGAAAATCATTGTGTATATAATGATAATTTTATCGTTTTTATGTAATTGCTTA
TTGTTGTGTGTAGATTTTTTAAAAATATCATTTGAGGTCAATACAAATCCTATTTCTTGT
GGTTTTCTTTCCTTCACTTAGCTATGGATGGTTTATCTTCATTTGTTATATTGGATACAA
GCTTTGCTACGATCTACATTTGGGAATGTGAGTCTCTTATTGTAACCTTAGGGTTGGTTT
ATCTCAAGAATCTTATTAATTGTTTGGACTGTTTATGTTTGGACATTTATTGTCATTCTT
ACTCCTTTGTGGAAATGTTTGTTCTATCAATTTATCTTTTGTGGGAAAATTATTTAGTTG
TAGGGATGAAGTCTTTCTTCGTTGTTGTTACGCTTGTCATCTCATCTCTCAATGATATGG
GATGGTCCTTTAGCATTTATTCTGAAGTTCTTCTGCTTGATGATTTTATCCTTAGCCAAA
AGGATTGGTGGTTTGAAGACACATCATATCAAAAAAGCTATCGCCTCGACGATGCTCTAT
TTCTATCCTTGTAGCACACATTTTGGCACTCAAAAAAGTATTTTTAGATGTTTGTTTTGC
TTCTTTGAAGTAGTTTCTCTTTGCAAAATTCCTCTTTTTTTAGAGTGATTTGGATGATTC
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GATCGACACACGTTTACACATAAAATCTGTAAATCAACTCATATACCCGTTATTCCCACA
ATCATATGCTTTCTAAAAGCAAAAGTATATGTCAACAATTGGTTATAAATTATTAGAAGT
TTTCCACTTATGACTTAAGAACTTGTGAAGCAGAAAGTGGCAACACCCCCCACCTCCCCC
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TTTCTTTCATAAATTTATAAGTAATACATTCTTATAAAATGGTCAGAGAAACACCAAAGA
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TTATGTTATGGAAGATGTGAATGAAGTTTGACTTCTCATTGTATATGAGTAAAATCTTTT
CTTACAAGGGAAGTCCCCAATTGGTCAACATGTGAAAGCACGTGTCATGTTCTTACTTTT
GTTTGGGTAATCTTCTAATTACTGTATATGGAAGATGTGAATGAAGTTTTGGTCCTGAAT
GTGGCCAAGGTTCCGTCATTTGGAGATACGAAATCAAATCTCCTTTAAGATTTTGTTTTT
ATAATGTGTTCTTCCATCCACATCTATCTCCATATGATATGGACCATATCATACATCATC
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AGGGATCAAAGACAGTTTTTAAAACAATATTTTACAGGGTTTTAATCTAATTCTAAGTTT
TGGTCACTCACTTTGTTAAAAGAATAATTCAGTGTCTGGACACTAAAATCTTCCAAAAAC
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TTCCCCTCATTATGTTTGACTCCTATTATATTTTTATTTTAATTTTTTTCACTATCATCT
TTCTTGCAATGAAAGTCCCATATATTGGTCAACATTTCAAACCACTTGTTCTCTTTTATG
TTTTGGTAAGAGCTATCTTCTAAATTTATAATACGCATAAATTCAAAAGTAAAAGAAAAT
TTTGGTCATGAATGTTGTTTAAGTCATTTGGAGATACGAAATCAAATCTCCTTGTAGATT

%%writefile ../tmp/seq2.fa
>seq2
CCCTAAACCCTAAACCCTAAACCCTAAACCTCTGAATCCTTAATCCCTAAATCCCTAAAT
CTTTAAATCCTACATCCATGAATCCCTAAATACCTAATTCCCTAAACCCGAAACCGGTTT
CTCTGGTTGAAAATCATTGTGTATATAATGATAATTTTATCGTTTTTATGTAATTGCTTA
TTGTTGTGTGTAGATTTTTTAAAAATATCATTTGAGGTCAATACAAATCCTATTTCTTGT
GGTTTTCTTTCCTTCACTTAGCTATGGATGGTTTATCTTCATTTGTTATATTGGATACAA
GCTTTGCTACGATCTACATTTGGGAATGTGAGTCTCTTATTGTAACCTTAGGGTTGGTTT
ATCTCAAGAATCTTATTAATTGTTTGGACTGTTTATGTTTGGACATTTATTGTCATTCTT
ACTCCTTTGTGGAAATGTTTGTTCTATCAATTTATCTTTTGTGGGAAAATTATTTAGTTG
TAGGGATGAAGTCTTTCTTCGTTGTTGTTACGCTTGTCATCTCATCTCTCAATGATATGG
GATGGTCCTTTAGCATTTATTCTGAAGTTCTTCTGCTTGATGATTTTATCCTTAGCCAAA
AGGATTGGTGGTTTGAAGACACATCATATCAAAAAAGCTATCGCCTCGACGATGCTCTAT
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TTCTTTGAAGTAGTTTCTCTTTGCAAAATTCCTCTTTTTTTAGAGTGATTTGGATGATTC
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TAGATATTAGGTAATCTGTAAGTCAACTCATATACAACTCATAATTTAAAATAAAATTAT
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TAGGGATGAAGTCTTTCTTCGTTGTTGTTACGCTTGTCATCTCATCTCTCAATGATATGG
GATGGTCCTTTAGCATTTATTCTGAAGTTCTTCTGCTTGATGATTTTATCCTTAGCCAAA
AGGATTGGTGGTTTGAAGACACATCATATCAAAAAAGCTATCGCCTCGACGATGCTCTAT
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GATCGACACACGTTTACACATAAAATCTGTAAATCAACTCATATACCCGTTATTCCCACA
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GATCGACACACGTTTACACATAAAATCTGTAAATCAACTCATATACCCGTTATTCCCACA
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CCCCCCCCCCACCCCCCAAATTGAGAAGTCAATTTTATATAATTTAATCAAATAAATAAG
TTTATGGTTAAGAGTTTTTTACTCTCTTTATTTTTCTTTTTCTTTTTGAGACATACTGAA
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TTTCTTTCATAAATTTATAAGTAATACATTCTTATAAAATGGTCAGAGAAACACCAAAGA
TCCCGAGATTTCTTCTCACTTACTTTTTTTCTATCTATCTAGATTATATAAATGAGATGT
TGAATTAGAGGAACCTTTGATTCAATGATCATAGAAAAATTAGGTAAAGAGTCAGTGTCG
TTATGTTATGGAAGATGTGAATGAAGTTTGACTTCTCATTGTATATGAGTAAAATCTTTT
CTTACAAGGGAAGTCCCCAATTGGTCAACATGTGAAAGCACGTGTCATGTTCTTACTTTT
GTTTGGGTAATCTTCTAATTACTGTATATGGAAGATGTGAATGAAGTTTTGGTCCTGAAT
GTGGCCAAGGTTCCGTCATTTGGAGATACGAAATCAAATCTCCTTTAAGATTTTGTTTTT
ATAATGTGTTCTTCCATCCACATCTATCTCCATATGATATGGACCATATCATACATCATC
ATTTGTCCAAATGCATGAATGAATTTGGAAATAGGTACGAGAATGCCAACAATGACAAGA
AGGGATCAAAGACAGTTTTTAAAACAATATTTTACAGGGTTTTAATCTAATTCTAAGTTT
TGGTCACTCACTTTGTTAAAAGAATAATTCAGTGTCTGGACACTAAAATCTTCCAAAAAC
CCCATATACATATATGCTATTTCGATACTTATATTTATTTACTCAGCATAAAAAATATTA
ACCATGTATTCATAGTAAAATGTTTCATGTGATATCAAACCAGCGACAACAAAAGTATTA
TTCCCCTCATTATGTTTGACTCCTATTATATTTTTATTTTAATTTTTTTCACTATCATCT
TTCTTGCAATGAAAGTCCCATATATTGGTCAACATTTCAAACCACTTGTTCTCTTTTATG
TTTTGGTAAGAGCTATCTTCTAAATTTATAATACGCATAAATTCAAAAGTAAAAGAAAAT
TTTGGTCATGAATGTTGTTTAAGTCATTTGGAGATACGAAATCAAATCTCCTTGTAGATT

so I would expect a dotplot like

However, I get this

why?