Guanliang MENG

extending the tRNA database

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>我用MitoZ组装和注释蜘蛛的线粒体基因组，得到的蛋白编码基因全的，但是注释二十几个物种，序列长度都超过14000bp，基本上都是缺了近10个tRNA, 组装的序列用在线软件MITOS能组装出来 

 这个应该跟参考数据库里面的蛋白基因本身的注释存在问题有关。应该是由于数据库里面的这个基因，由于他们上传的注释结果就是在目前mitoz给出的注释结果的后面（如果该基因在正链的话），导致mitoz将参考蛋白与老师您的序列比对时候，也只能比对到这个位置。 mitoz 会自动往前找起始密码子，找到第一个之后，就停止了。 老师的想法是，只要能够往前延伸，就把坐标不断往前推？即使最终预测到的基因长度很长？ 因为参考数据库里边的长度也未必对 如果参考数据库本身有问题呢 只是我认为细菌 线粒体什么的 不会平白无故多出来一些非编码区域 你也考虑一下吧 其实这东西最好有转录组能验证 但我的延长规律也是我一己之见。