survminer
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20 hours ago •
kassambara
kassambara
ggplot2 annotate() not working with ggsurvplot()
Expected behavior
Produce plot with annotation
Actual behavior
Error in ggsurvplot(fit, data = surv_data) + annotate("text", label = "DRAFT", : non-numeric argument to binary operator In addition: Warning message: Incompatible methods ("+.ggsurv", "+.gg") for "+"
Workaround: replace + with %++% produces desired plot
Steps to reproduce the problem
ggsurvplot(fit,data=surv_data) + annotate("text", label = "DRAFT", x = 0, y = 0, hjust = 1, vjust = 1)
session_info()
─ Session info ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
setting value
version R version 4.1.0 (2021-05-18)
os Red Hat Enterprise Linux
system x86_64, linux-gnu
ui RStudio
language (EN)
collate en_US.UTF-8
ctype en_US.UTF-8
tz Europe/Zurich
date 2022-04-29
─ Packages ──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────
package * version date lib source
abind 1.4-5 2016-07-21 [1] CRAN (R 4.1.0)
assertthat 0.2.1 2019-03-21 [1] CRAN (R 4.1.0)
backports 1.2.1 2020-12-09 [1] CRAN (R 4.1.0)
base64enc 0.1-3 2015-07-28 [1] CRAN (R 4.1.0)
binom 1.1-1 2014-01-02 [1] CRAN (R 4.1.0)
bitops 1.0-7 2021-04-24 [1] CRAN (R 4.1.0)
boot 1.3-28 2021-05-03 [2] CRAN (R 4.1.0)
broom 0.7.9 2021-07-27 [1] CRAN (R 4.1.0)
cachem 1.0.6 2021-08-19 [1] CRAN (R 4.1.0)
callr 3.7.0 2021-04-20 [1] CRAN (R 4.1.0)
car 3.0-11 2021-06-27 [1] CRAN (R 4.1.0)
carData 3.0-4 2020-05-22 [1] CRAN (R 4.1.0)
cellranger 1.1.0 2016-07-27 [1] CRAN (R 4.1.0)
checkmate 2.0.0 2020-02-06 [1] CRAN (R 4.1.0)
class 7.3-19 2021-05-03 [2] CRAN (R 4.1.0)
cli 3.1.1 2022-01-20 [1] CRAN (R 4.1.0)
cluster 2.1.2 2021-04-17 [2] CRAN (R 4.1.0)
colorspace 2.0-2 2021-06-24 [1] CRAN (R 4.1.0)
crayon 1.4.2 2021-10-29 [1] CRAN (R 4.1.0)
curl 4.3.2 2021-06-23 [1] CRAN (R 4.1.0)
data.table 1.14.0 2021-02-21 [1] CRAN (R 4.1.0)
DBI 1.1.2 2021-12-20 [1] CRAN (R 4.1.0)
Deriv 4.1.3 2021-02-24 [1] CRAN (R 4.1.0)
desc 1.3.0 2021-03-05 [1] CRAN (R 4.1.0)
DescTools 0.99.42 2021-06-17 [1] CRAN (R 4.1.0)
devtools * 2.4.2 2021-06-07 [1] CRAN (R 4.1.0)
digest 0.6.29 2021-12-01 [1] CRAN (R 4.1.0)
dplyr * 1.0.8 2022-02-08 [1] CRAN (R 4.1.0)
e1071 1.7-8 2021-07-28 [1] CRAN (R 4.1.0)
ellipsis 0.3.2 2021-04-29 [1] CRAN (R 4.1.0)
Exact 2.1 2020-10-02 [1] CRAN (R 4.1.0)
expm 0.999-6 2021-01-13 [1] CRAN (R 4.1.0)
fansi 0.5.0 2021-05-25 [1] CRAN (R 4.1.0)
farver 2.1.0 2021-02-28 [1] CRAN (R 4.1.0)
fastmap 1.1.0 2021-01-25 [1] CRAN (R 4.1.0)
forcats 0.5.1 2021-01-27 [1] CRAN (R 4.1.0)
foreign 0.8-81 2020-12-22 [2] CRAN (R 4.1.0)
Formula 1.2-4 2020-10-16 [1] CRAN (R 4.1.0)
fs 1.5.0 2020-07-31 [1] CRAN (R 4.1.0)
generics 0.1.0 2020-10-31 [1] CRAN (R 4.1.0)
ggplot2 * 3.3.5 2021-06-25 [1] CRAN (R 4.1.0)
ggpubr * 0.4.0 2020-06-27 [1] CRAN (R 4.1.0)
ggsignif 0.6.2 2021-06-14 [1] CRAN (R 4.1.0)
gld 2.6.2 2020-01-08 [1] CRAN (R 4.1.0)
glue 1.6.1 2022-01-22 [1] CRAN (R 4.1.0)
gridExtra 2.3 2017-09-09 [1] CRAN (R 4.1.0)
gtable 0.3.0 2019-03-25 [1] CRAN (R 4.1.0)
haven * 2.4.3 2021-08-04 [1] CRAN (R 4.1.0)
Hmisc 4.5-0 2021-02-28 [1] CRAN (R 4.1.0)
hms 1.1.0 2021-05-17 [1] CRAN (R 4.1.0)
htmlTable 2.2.1 2021-05-18 [1] CRAN (R 4.1.0)
htmltools 0.5.2 2021-08-25 [1] CRAN (R 4.1.0)
htmlwidgets 1.5.3 2020-12-10 [1] CRAN (R 4.1.0)
jpeg 0.1-9 2021-07-24 [1] CRAN (R 4.1.0)
km.ci 0.5-2 2009-08-30 [1] CRAN (R 4.1.0)
KMsurv 0.1-5 2012-12-03 [1] CRAN (R 4.1.0)
knitr 1.33 2021-04-24 [1] CRAN (R 4.1.0)
labeling 0.4.2 2020-10-20 [1] CRAN (R 4.1.0)
lattice 0.20-44 2021-05-02 [2] CRAN (R 4.1.0)
latticeExtra 0.6-29 2019-12-19 [1] CRAN (R 4.1.0)
lifecycle 1.0.1 2021-09-24 [1] CRAN (R 4.1.0)
lmom 2.8 2019-03-12 [1] CRAN (R 4.1.0)
magrittr 2.0.1 2020-11-17 [1] CRAN (R 4.1.0)
MASS 7.3-54 2021-05-03 [2] CRAN (R 4.1.0)
Matrix 1.3-3 2021-05-04 [2] CRAN (R 4.1.0)
memoise 2.0.0 2021-01-26 [1] CRAN (R 4.1.0)
minpack.lm 1.2-1 2016-11-20 [1] CRAN (R 4.1.0)
munsell 0.5.0 2018-06-12 [1] CRAN (R 4.1.0)
mvtnorm 1.1-2 2021-06-07 [1] CRAN (R 4.1.0)
nnet 7.3-16 2021-05-03 [2] CRAN (R 4.1.0)
openxlsx 4.2.4 2021-06-16 [1] CRAN (R 4.1.0)
pander 0.6.4 2021-06-13 [1] CRAN (R 4.1.0)
pillar 1.6.2 2021-07-29 [1] CRAN (R 4.1.0)
pkgbuild 1.2.0 2020-12-15 [1] CRAN (R 4.1.0)
pkgconfig 2.0.3 2019-09-22 [1] CRAN (R 4.1.0)
pkgload 1.2.1 2021-04-06 [1] CRAN (R 4.1.0)
plyr * 1.8.6 2020-03-03 [1] CRAN (R 4.1.0)
png 0.1-7 2013-12-03 [1] CRAN (R 4.1.0)
prettyunits 1.1.1 2020-01-24 [1] CRAN (R 4.1.0)
processx 3.5.2 2021-04-30 [1] CRAN (R 4.1.0)
proxy 0.4-26 2021-06-07 [1] CRAN (R 4.1.0)
ps 1.6.0 2021-02-28 [1] CRAN (R 4.1.0)
purrr 0.3.4 2020-04-17 [1] CRAN (R 4.1.0)
R6 2.5.1 2021-08-19 [1] CRAN (R 4.1.0)
ragg 1.2.1 2021-12-06 [1] CRAN (R 4.1.0)
RColorBrewer 1.1-2 2014-12-07 [1] CRAN (R 4.1.0)
Rcpp 1.0.7 2021-07-07 [1] CRAN (R 4.1.0)
RCurl 1.98-1.4 2021-08-17 [1] CRAN (R 4.1.0)
readr 2.0.1 2021-08-10 [1] CRAN (R 4.1.0)
readxl * 1.3.1 2019-03-13 [1] CRAN (R 4.1.0)
remotes 2.4.0 2021-06-02 [1] CRAN (R 4.1.0)
rio 0.5.27 2021-06-21 [1] CRAN (R 4.1.0)
rlang 1.0.1 2022-02-03 [1] CRAN (R 4.1.0)
rootSolve 1.8.2.2 2021-07-05 [1] CRAN (R 4.1.0)
rpart 4.1-15 2019-04-12 [2] CRAN (R 4.1.0)
rprojroot 2.0.2 2020-11-15 [1] CRAN (R 4.1.0)
rstatix 0.7.0 2021-02-13 [1] CRAN (R 4.1.0)
rstudioapi 0.13 2020-11-12 [1] CRAN (R 4.1.0)
scales 1.1.1 2020-05-11 [1] CRAN (R 4.1.0)
sessioninfo 1.1.1 2018-11-05 [1] CRAN (R 4.1.0)
stringi 1.7.3 2021-07-16 [1] CRAN (R 4.1.0)
stringr 1.4.0 2019-02-10 [1] CRAN (R 4.1.0)
survival * 3.2-11 2021-04-26 [2] CRAN (R 4.1.0)
survminer * 0.4.9 2021-03-09 [1] CRAN (R 4.1.0)
survMisc 0.5.5 2018-07-05 [1] CRAN (R 4.1.0)
systemfonts 1.0.4 2022-02-11 [1] CRAN (R 4.1.0)
testthat 3.0.4 2021-07-01 [1] CRAN (R 4.1.0)
textshaping 0.3.6 2021-10-13 [1] CRAN (R 4.1.0)
tibble 3.1.3 2021-07-23 [1] CRAN (R 4.1.0)
tidyr 1.1.3 2021-03-03 [1] CRAN (R 4.1.0)
tidyselect 1.1.1 2021-04-30 [1] CRAN (R 4.1.0)
tzdb 0.1.2 2021-07-20 [1] CRAN (R 4.1.0)
usethis * 2.0.1 2021-02-10 [1] CRAN (R 4.1.0)
utf8 1.2.2 2021-07-24 [1] CRAN (R 4.1.0)
vctrs 0.3.8 2021-04-29 [1] CRAN (R 4.1.0)
withr 2.4.3 2021-11-30 [1] CRAN (R 4.1.0)
xfun 0.25 2021-08-06 [1] CRAN (R 4.1.0)
xgxr * 1.1.1 2021-04-22 [1] CRAN (R 4.1.0)
xtable 1.8-4 2019-04-21 [1] CRAN (R 4.1.0)
zip 2.2.0 2021-05-31 [1] CRAN (R 4.1.0)
zoo 1.8-9 2021-03-09 [1] CRAN (R 4.1.0)
[1] /CHBS/apps/EB/software/R-bundle-Novartis/0.2-gomkl-2019a-R-4.1.0
[2] /CHBS/apps/EB/software/R/4.1.0-gomkl-2019a/lib64/R/library
You can use the codes below to transfer a ggsurvplot to a ggplot subject:
p <- ggsurvplot(fit,data=surv_data)
p1 <- p$plot
p1 <- p1 + annotate("text", label = "DRAFT", x = 0, y = 0, hjust = 1, vjust = 1)
Once transfered, it can be treated as a regular ggplot.
