"Your gene is not in this pathway!Please choose again!"

[tcmlab]

mygene <- c('IFITM3', 'CEBPB')

gseaNb(object = ewp,
       geneSetID = 'WP5115',
       addGene = mygene,
       addPval = T,
       pvalX = 0.75,
       pvalY = 0.8,
       pCol = 'black',
       pHjust = 0)

[1]"Your gene is not in this pathway!Please choose again!"

能够出图，但是不能标记基因。提示显示基因未在这个通路上， 首先，检查确保通路里的基因有你要标注的基因，已确认存在； 其次，使用作者的示例数据可以运行； 最终，咨询作者得知需用基因名直接做富集分析，而我是使用的entrizid富集分析的，所以出现了报错。非常感谢！ 需要在GSEA富集分析这一步，geneList文件为基因名。 另外，这里的gmt文件可以自己定义，非常方便！

head(gmt)
  gs_name               gene_symbol
  <chr>                 <chr>      
1 HALLMARK_ADIPOGENESIS ABCA1      
2 HALLMARK_ADIPOGENESIS ABCB8      
3 HALLMARK_ADIPOGENESIS ACAA2      
4 HALLMARK_ADIPOGENESIS ACADL      
5 HALLMARK_ADIPOGENESIS ACADM      
6 HALLMARK_ADIPOGENESIS ACADS
head(geneList)
   TIMP1   COL1A1   IGFBP4     ACTB     IER3    MMP14 
3.192843 2.730422 2.672920 2.448465 2.393220 2.288222 

clusterProfiler::GSEA(geneList = geneList,
                                 TERM2GENE = gmt,
                                 minGSSize    = 10,
                                 maxGSSize    = 500,
                                 pvalueCutoff = 0.05,
                                 pAdjustMethod = "BH",
                                 verbose      = FALSE)