"Your gene is not in this pathway!Please choose again!"

[tcmlab]

mygene <- c('IFITM3', 'CEBPB')

gseaNb(object = ewp,
       geneSetID = 'WP5115',
       addGene = mygene,
       addPval = T,
       pvalX = 0.75,
       pvalY = 0.8,
       pCol = 'black',
       pHjust = 0)

[1]"Your gene is not in this pathway!Please choose again!"

能够出图，但是不能标记基因。提示显示基因未在这个通路上， 首先，检查确保通路里的基因有你要标注的基因，已确认存在； 其次，使用作者的示例数据可以运行； 最终，咨询作者得知需用基因名直接做富集分析，而我是使用的entrizid富集分析的，所以出现了报错。非常感谢！ 需要在GSEA富集分析这一步，geneList文件为基因名。 另外，这里的gmt文件可以自己定义，非常方便！

head(gmt)
  gs_name               gene_symbol
  <chr>                 <chr>      
1 HALLMARK_ADIPOGENESIS ABCA1      
2 HALLMARK_ADIPOGENESIS ABCB8      
3 HALLMARK_ADIPOGENESIS ACAA2      
4 HALLMARK_ADIPOGENESIS ACADL      
5 HALLMARK_ADIPOGENESIS ACADM      
6 HALLMARK_ADIPOGENESIS ACADS
head(geneList)
   TIMP1   COL1A1   IGFBP4     ACTB     IER3    MMP14 
3.192843 2.730422 2.672920 2.448465 2.393220 2.288222 

clusterProfiler::GSEA(geneList = geneList,
                                 TERM2GENE = gmt,
                                 minGSSize    = 10,
                                 maxGSSize    = 500,
                                 pvalueCutoff = 0.05,
                                 pAdjustMethod = "BH",
                                 verbose      = FALSE)

[ningyile]

碰到同样的问题。但是gseKEGG与gseGO函数要求输入的genelist的格式是ENTREZID，求教大佬怎么解决。

[tcmlab]

用基因名即可，不用转换，用俊俊老师的包即可，不要用gseKEGG与gseGO函数，这两个是y叔的clusterprofile包中的函数。github上写的很清楚了，有格式的示例。

------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: "junjunlab/GseaVis" @.>; 发送时间: 2022年8月9日(星期二) 下午5:08 @.>; 抄送: "Jinkun @.@.>; 主题: Re: [junjunlab/GseaVis] "Your gene is not in this pathway!Please choose again!" (Issue #5)

碰到同样的问题。但是gseKEGG与gseGO函数要求输入的genelist的格式是ENTREZID，求教大佬怎么解决。

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[junjunlab]

用基因名做富集分析, gseGO函数是可以支持 基因名称的,可以直接拿这个函数的输出结果绘图, 但是 gseKEGG 只能支持 ENTREZID, 可能得换个函数试试

[ningyile]

用基因名做富集分析, gseGO函数是可以支持 基因名称的,可以直接拿这个函数的输出结果绘图, 但是 gseKEGG 只能支持 ENTREZID, 可能得换个函数试试

感谢开发大佬亲自回答 我研究下楼上的 范例函数

[ningyile]

用基因名即可，不用转换，用俊俊老师的包即可，不要用gseKEGG与gseGO函数，这两个是y叔的clusterprofile包中的函数。github上写的很清楚了，有格式的示例。 … ------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: "junjunlab/GseaVis" @.>; 发送时间: 2022年8月9日(星期二) 下午5:08 @.>; 抄送: "Jinkun @.@.>; 主题: Re: [junjunlab/GseaVis] "Your gene is not in this pathway!Please choose again!" (Issue #5) 碰到同样的问题。但是gseKEGG与gseGO函数要求输入的genelist的格式是ENTREZID，求教大佬怎么解决。 — Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. You are receiving this because you authored the thread.Message ID: @.***>

感谢一楼的兄弟提供的范例函数 我之前的用的都是另外两个函数，我回去看下你给的例子。再次感谢！