glactools vcfm2acf issue

Hello.

I have a problem using vcfm2acf.

glactools vcfm2acf --onlyGT --fai human_g1k_v37.fasta.fai chr1.recode.vcf > chr1.acf.gz

error message libgab.h base2int() Invalid base *

Please let me know if any improvements can be made.

Thanks.

Jan 12 '22 02:01 jaesoonpark

Could you check the ALT field? ? do you have a * in there?

Jan 12 '22 08:01 grenaud

Thanks for your comment. I have solved the aforementioned issues.

However, I had another issue in using EPO file.

The command line was as followed: glactools/glactools vcfm2acf --onlyGT --epo all.epo.gz --fai human_g1k_v37.fasta.fai test > test.acf.gz

Then the error message was as followed: Error, missing data in the EPO file

I wonder if you have any clue what this error message means?

Thanks for your help in advance.

Jan 14 '22 07:01 jaesoonpark

Is it possible that there is a different encoding of chromosomes? "1" vs "chr1"

Jan 14 '22 08:01 grenaud

Great! Removing 'chr' from my VCF file helps and ACF file seems to be made partially. (Previously, ACF file was not made at all.) However, the error message pops out after a while. Could you suggest any other reason for this message?

Thanks in advance.

Jan 15 '22 03:01 jaesoonpark

just to be sure, are you sure your variants were mapped to hg19/v37? Are there chromosomes that are not 1,2,3..22? did you remove any _random chr? can you do a cut -f 1 |uniq -c on column 1?

Jan 16 '22 10:01 grenaud

Hello I got an issue I run vcfm2acf with a merged of multiple vcf files generated by haplotype caller in GATK. and my reference genome was at the scaffold level.

my command: ./glactools vcfm2acf --onlyGT --fai ReferenceGenome.fasta.fai my.vcf > my.acf

but I got this error: the PL does not have 3,6, or 10 fields, has 1 fields

Does anyone know how to fix this problem?

Best, BAGUS

Jul 03 '23 04:07 Priambodobagus

Can you please post a few of the lines that are causing the problem?

Jul 04 '23 20:07 grenaud

Hello, I encountered the same error while running the below command

glactools vcfm2acf --onlyGT --fai pb3A_genome.fa.fai pb_filtered_biallelic_snps.vcf > pb_filterd_bialleic_snps.acf.gz

Only this below Error and no other error

SimpleVCF: for line = chromosome1 181 0 121 the PL field does not have 3,6 or 10 fields, has 2 fields

Here're a few lines from my vcf file!

#CHROM	POS	ID	REF	ALT	QUAL	FILTER	INFO	FORMAT	ab_01	ab_11	ab_15	ab_21	ab_5	qc_01	qc_40	qc_6	qc_7	sa_2	sa_21	sa_9	th20_10	th20_5	th76_14	th76_2	th76_6	th76_8
chromosome1	181	.	A	C	33.12	PASS	AC=1;AF=0.083;AN=12;DP=178;FS=0;MLEAC=1;MLEAF=0.083;MQ=38.24;QD=33.12;SOR=1.609	GT:AD:DP:GQ:PL	0:8,0:8:99:0,121	0:2,0:2:45:0,45	0:11,0:11:45:0,45	0:6,0:6:90:0,90	0:4,0:4:99:0,133	.:32,0:32:.:0,0	.:22,0:22:.:0,0	.:50,0:50:.:0,0	1:0,1:1:45:45,0	0:5,0:5:42:0,42	.:0,0:0:.:0,0	.:4,0:4:.:0,0	0:10,0:10:99:0,296	0:3,0:3:99:0,125	0:5,0:5:90:0,90	0:3,0:3:99:0,99	.:0,0:0:.:0,0	0:10,0:10:45:0,45
chromosome1	890	.	C	A	82.38	PASS	AC=3;AF=0.273;AN=11;DP=187;FS=0;MLEAC=4;MLEAF=0.364;MQ=35.41;QD=27.46;SOR=2.833	GT:AD:DP:GQ:PL	.:20,0:20:.:0,0	1:0,1:1:38:38,0	.:27,0:27:.:0,0	1:0,1:1:32:32,0	0:4,0:4:99:0,135	0:50,0:50:99:0,350	0:3,0:3:99:0,134	0:4,0:4:99:0,135	0:3,0:3:99:0,118	.:6,0:6:.:0,0	.:12,0:12:.:0,0	.:12,0:12:.:0,0	0:3,0:3:99:0,125	0:3,0:3:99:0,125	1:0,1:1:31:31,0	0:3,0:3:99:0,99	.:15,0:15:.:0,0	.:19,0:19:.:0,0
chromosome1	9838	.	C	A	25606.5	PASS	AC=10;AF=0.556;AN=18;BaseQRankSum=-0.807;DP=982;FS=0;MLEAC=10;MLEAF=0.556;MQ=31.05;MQRankSum=1.51;QD=28.23;ReadPosRankSum=0.523;SOR=0.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1:4,89:93:99:2480,0	1:3,64:67:99:1825,0	1:5,151:156:99:4239,0	1:0,107:107:99:3209,0	0:3,0:3:99:0,113	0:7,0:7:99:0,270	0:8,0:8:99:0,358	0:35,0:35:99:0,1478	0:12,0:12:99:0,509	1:0,36:36:99:1087,0	1:1,59:60:99:1651,0	1:0,45:45:99:1285,0	0:3,0:3:99:0,113	0:4,0:4:99:0,135	1:0,124:124:99:3670,0	0:3,0:3:99:0,125	1:1,81:82:99:2302,0	1:1,136:137:99:3884,0
chromosome1	9943	.	G	T	3748.88	PASS	AC=4;AF=0.222;AN=18;BaseQRankSum=0;DP=280;FS=44.722;MLEAC=4;MLEAF=0.222;MQ=31.37;MQRankSum=-0.942;QD=26.97;ReadPosRankSum=-0.796;SOR=3.445	GT:AD:DP:GQ:PL	0:6,0:6:99:0,135	0:3,0:3:99:0,110	0:6,0:6:99:0,135	0:4,0:4:99:0,135	0:3,0:3:99:0,113	1:19,27:46:99:540,0	1:10,15:25:99:225,0	1:1,15:16:99:630,0	1:0,52:52:99:2385,0	0:10,0:10:99:0,101	0:3,0:3:99:0,125	0:8,0:8:99:0,239	0:3,0:3:99:0,113	0:4,0:4:99:0,135	0:5,0:5:99:0,125	0:3,0:3:99:0,125	0:5,0:5:99:0,135	0:3,0:3:99:0,99
chromosome1	9968	.	G	A	3729.88	PASS	AC=4;AF=0.222;AN=18;BaseQRankSum=-0.251;DP=318;FS=15.179;MLEAC=4;MLEAF=0.222;MQ=31.1;MQRankSum=0.202;QD=21.07;ReadPosRankSum=0.773;SOR=1.877	GT:AD:DP:GQ:PL	0:6,0:6:99:0,135	0:3,0:3:99:0,110	0:6,0:6:99:0,135	0:4,0:4:99:0,135	0:3,0:3:99:0,113	1:28,35:63:99:360,0	1:15,21:36:99:270,0	1:2,16:18:99:630,0	1:2,58:60:99:2501,0	0:10,0:10:99:0,101	0:3,0:3:99:0,125	0:8,0:8:99:0,239	0:3,0:3:99:0,113	0:4,0:4:99:0,135	0:5,0:5:99:0,125	0:3,0:3:99:0,125	0:5,0:5:99:0,135	0:3,0:3:99:0,99
chromosome1	9970	.	C	T	3819.88	PASS	AC=4;AF=0.222;AN=18;BaseQRankSum=0.306;DP=318;FS=15.179;MLEAC=4;MLEAF=0.222;MQ=31.1;MQRankSum=0.205;QD=21.58;ReadPosRankSum=0.773;SOR=1.877	GT:AD:DP:GQ:PL	0:6,0:6:99:0,135	0:3,0:3:99:0,110	0:6,0:6:99:0,135	0:4,0:4:99:0,135	0:3,0:3:99:0,113	1:28,36:64:99:405,0	1:15,21:36:99:315,0	1:2,16:18:99:630,0	1:2,57:59:99:2501,0	0:10,0:10:99:0,101	0:3,0:3:99:0,125	0:8,0:8:99:0,239	0:3,0:3:99:0,113	0:4,0:4:99:0,135	0:5,0:5:99:0,125	0:3,0:3:99:0,125	0:5,0:5:99:0,135	0:3,0:3:99:0,99
chromosome1	9979	.	A	C	7708.88	PASS	AC=4;AF=0.222;AN=18;BaseQRankSum=1.33;DP=324;FS=1.678;MLEAC=4;MLEAF=0.222;MQ=31.12;MQRankSum=0.677;QD=29.56;ReadPosRankSum=1.31;SOR=0.491	GT:AD:DP:GQ:PL	0:6,0:6:99:0,135	0:3,0:3:99:0,110	0:6,0:6:99:0,135	0:4,0:4:99:0,135	0:3,0:3:99:0,113	1:1,67:68:99:3060,0	1:1,38:39:99:1620,0	1:3,16:19:99:585,0	1:2,55:57:99:2475,0	0:10,0:10:99:0,101	0:3,0:3:99:0,125	0:8,0:8:99:0,239	0:3,0:3:99:0,113	0:4,0:4:99:0,135	0:5,0:5:99:0,125	0:3,0:3:99:0,125	0:5,0:5:99:0,135	0:3,0:3:99:0,99
chromosome1	9980	.	C	G	7708.88	PASS	AC=4;AF=0.222;AN=18;BaseQRankSum=-0.289;DP=326;FS=1.653;MLEAC=4;MLEAF=0.222;MQ=31.06;MQRankSum=0.668;QD=30.62;ReadPosRankSum=1.3;SOR=0.365	GT:AD:DP:GQ:PL	0:6,0:6:99:0,135	0:3,0:3:99:0,110	0:6,0:6:99:0,135	0:4,0:4:99:0,135	0:3,0:3:99:0,113	1:1,68:69:99:3060,0	1:2,38:40:99:1620,0	1:3,16:19:99:585,0	1:2,55:57:99:2475,0	0:10,0:10:99:0,101	0:3,0:3:99:0,125	0:8,0:8:99:0,239	0:3,0:3:99:0,113	0:4,0:4:99:0,135	0:5,0:5:99:0,125	0:3,0:3:99:0,125	0:5,0:5:99:0,135	0:3,0:3:99:0,99
chromosome1	9983	.	G	C	4063.88	PASS	AC=4;AF=0.222;AN=18;BaseQRankSum=1.79;DP=325;FS=8.518;MLEAC=4;MLEAF=0.222;MQ=31.09;MQRankSum=0.165;QD=22.09;ReadPosRankSum=0.951;SOR=1.382	GT:AD:DP:GQ:PL	0:6,0:6:99:0,135	0:3,0:3:99:0,110	0:6,0:6:99:0,135	0:4,0:4:99:0,135	0:3,0:3:99:0,113	1:28,40:68:99:675,0	1:17,23:40:99:360,0	1:3,16:19:99:585,0	1:2,55:57:99:2475,0	0:10,0:10:99:0,101	0:3,0:3:99:0,125	0:8,0:8:99:0,239	0:3,0:3:99:0,113	0:4,0:4:99:0,135	0:5,0:5:99:0,125	0:3,0:3:99:0,125	0:5,0:5:99:0,135	0:3,0:3:99:0,99
chromosome1	9989	.	T	C	7978.88	PASS	AC=4;AF=0.222;AN=18;BaseQRankSum=-0.48;DP=333;FS=3.579;MLEAC=4;MLEAF=0.222;MQ=30.9;MQRankSum=0.659;QD=28.17;ReadPosRankSum=0.99;SOR=0.254	GT:AD:DP:GQ:PL	0:6,0:6:99:0,135	0:3,0:3:99:0,110	0:6,0:6:99:0,135	0:4,0:4:99:0,135	0:3,0:3:99:0,113	1:1,69:70:99:3105,0	1:2,40:42:99:1755,0	1:3,17:20:99:630,0	1:2,58:60:99:2520,0	0:10,0:10:99:0,101	0:3,0:3:99:0,125	0:8,0:8:99:0,239	0:3,0:3:99:0,113	0:4,0:4:99:0,135	0:5,0:5:99:0,125	0:3,0:3:99:0,125	0:5,0:5:99:0,135	0:3,0:3:99:0,99
chromosome1	9993	.	G	C	8293.88	PASS	AC=4;AF=0.222;AN=18;BaseQRankSum=-0.555;DP=331;FS=7.64;MLEAC=4;MLEAF=0.222;MQ=30.96;MQRankSum=0.896;QD=26.8;ReadPosRankSum=1.88;SOR=0.146	GT:AD:DP:GQ:PL	0:6,0:6:99:0,135	0:3,0:3:99:0,110	0:6,0:6:99:0,135	0:4,0:4:99:0,135	0:3,0:3:99:0,113	1:2,67:69:99:3195,0	1:2,41:43:99:1890,0	1:3,17:20:99:630,0	1:3,55:58:99:2610,0	0:10,0:10:99:0,101	0:3,0:3:99:0,125	0:8,0:8:99:0,239	0:3,0:3:99:0,113	0:4,0:4:99:0,135	0:5,0:5:99:0,125	0:3,0:3:99:0,125	0:5,0:5:99:0,135	0:3,0:3:99:0,99
chromosome1	9995	.	C	G	8158.88	PASS	AC=4;AF=0.222;AN=18;BaseQRankSum=-0.542;DP=340;FS=7.72;MLEAC=4;MLEAF=0.222;MQ=30.89;MQRankSum=0.861;QD=26;ReadPosRankSum=1.57;SOR=0.128	GT:AD:DP:GQ:PL	0:6,0:6:99:0,135	0:3,0:3:99:0,110	0:6,0:6:99:0,135	0:4,0:4:99:0,135	0:3,0:3:99:0,113	1:2,70:72:99:3105,0	1:2,43:45:99:1890,0	1:3,17:20:99:630,0	1:3,59:62:99:2565,0	0:10,0:10:99:0,101	0:3,0:3:99:0,125	0:8,0:8:99:0,239	0:3,0:3:99:0,113	0:4,0:4:99:0,135	0:5,0:5:99:0,125	0:3,0:3:99:0,125	0:5,0:5:99:0,135	0:3,0:3:99:0,99
chromosome1	9999	.	A	T	5688.88	PASS	AC=4;AF=0.222;AN=18;BaseQRankSum=1.42;DP=348;FS=0;MLEAC=4;MLEAF=0.222;MQ=30.86;MQRankSum=0.164;QD=27.48;ReadPosRankSum=-0.108;SOR=0.672	GT:AD:DP:GQ:PL	0:6,0:6:99:0,135	0:3,0:3:99:0,110	0:6,0:6:99:0,135	0:4,0:4:99:0,135	0:3,0:3:99:0,113	1:29,46:75:99:1154,0	1:17,29:46:99:900,0	1:3,17:20:99:630,0	1:3,63:66:99:3036,0	0:10,0:10:99:0,101	0:3,0:3:99:0,125	0:8,0:8:99:0,239	0:3,0:3:99:0,113	0:4,0:4:99:0,135	0:5,0:5:99:0,125	0:3,0:3:99:0,125	0:5,0:5:99:0,135	0:3,0:3:99:0,99

Jul 30 '24 17:07 M-Asim-Javed

Yes, normally you get 3 values for PL, homo ref, het, homo alt. How did you get "0,45" for example?

Jul 31 '24 12:07 grenaud

Thank you for the immediate response.

I used the GATK pipeline to call variants and combined gvcf files, then selected SNPs only. The species under study is haploid. I don't know how to resolve the issue. I also have an example VCF file from a group working on population genomics studies, and their VCF file also shows two PL values. Could you please guide me on how to resolve this issue or suggest any other way to handle this PL error?

Here's the example VCF file...

#CHROM	POS	ID	REF	ALT	QUAL	FILTER	INFO	FORMAT	032i	053i	117	12.1.014	12.1.037	12.1.078	12.1.181	12.1.205	12.1.225	12.1.234	12.1.241	12.1.291	127	169	204	205	37	B71	BR32	BTBa-B1	BTBa-B2	BTGP1-b	BTGS6e	BTGS6f	BTGS6g	BTGS6h	BTJP4-1	BTJP4-11	BTJP4-12	BTJP4-15	BTJP4-16	BTJP4-18	BTJP4-2	BTJP4-3	BTJP4-5	BTJP4-6	BTJP4-9	BTMP-S13-1	BTMP-S13-2	BdBar16-1	Br116.5	Br118.2	Br48	Br7	Br80	P29	PY0925	PY25.1	PY35.3	PY36.1	PY5003	PY5033	PY5035	PY6017	PY6025	PY6045	PY6047	T25	ZMW18-06	ZMW18-08	ZMW18-10	ZMW18-11	ZMW19-09	ZMW19-13	ZMW19-17	ZMW20-03	ZMW20-04	ZMW20-07	ZMW20-14	ZMW20-15	ZMW20-16
1	168	.	A	G	268.53	PASS	AC=1;AF=0.333;AN=2;DP=18;FS=0;MLEAC=8;MLEAF=1;MQ=20.21;QD=26.85;SOR=3.258	GT:AD:DP:GQ:PL	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:1,0:1:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:1,0:1:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	1:0,10:10:99:249,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:1,0:1:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	0:1,0:1:43:0,43	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:1,0:1:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0
1	195	.	C	T	819.72	PASS	AC=1;AF=0.143;AN=6;DP=26;FS=0;MLEAC=6;MLEAF=0.857;MQ=22.63;QD=25.36;SOR=1.863	GT:AD:DP:GQ:PL	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	0:1,0:1:27:0,27	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	0:1,0:1:16:0,16	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	1:0,18:18:99:810,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	0:1,0:1:21:0,21	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	0:1,0:1:41:0,41	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	0:1,0:1:43:0,43	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0
1	205	.	C	T	906.3	PASS	AC=1;AF=0.111;AN=8;DP=29;FS=0;MLEAC=5;MLEAF=0.556;MQ=22.48;QD=28.73;SOR=1.402	GT:AD:DP:GQ:PL	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	0:1,0:1:42:0,42	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	0:1,0:1:16:0,16	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	1:0,20:20:99:900,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	0:1,0:1:38:0,38	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	0:1,0:1:42:0,42	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	0:1,0:1:43:0,43	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	0:1,0:1:43:0,43	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	0:1,0:1:32:0,32	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0
1	258	.	C	T	1176.77	PASS	AC=1;AF=0.111;AN=9;DP=39;FS=0;MLEAC=5;MLEAF=0.556;MQ=21.93;QD=30.62;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	0:1,0:1:32:0,32	.:0,0:0:.:0,0	0:3,0:3:76:0,76	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	1:0,26:26:99:1170,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	0:1,0:1:43:0,43	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	0:2,0:2:6:0,6	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	0:2,0:2:45:0,45	.:0,0:0:.:0,0	0:1,0:1:43:0,43	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	0:1,0:1:43:0,43	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	0:1,0:1:23:0,23	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:1,0:1:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0
1	267	.	G	A	1223.07	PASS	AC=1;AF=0.125;AN=8;DP=41;FS=0;MLEAC=6;MLEAF=0.75;MQ=21.86;QD=28.17;SOR=0.765	GT:AD:DP:GQ:PL	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	0:1,0:1:16:0,16	.:0,0:0:.:0,0	0:3,0:3:80:0,80	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	1:0,27:27:99:1215,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	0:1,0:1:40:0,40	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:2,0:2:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	0:1,0:1:43:0,43	.:0,0:0:.:0,0	0:1,0:1:40:0,40	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:1,0:1:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	0:2,0:2:49:0,49	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	0:1,0:1:11:0,11	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:1,0:1:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0
1	268	.	G	A	1224.79	PASS	AC=1;AF=0.143;AN=7;DP=41;FS=0;MLEAC=6;MLEAF=0.857;MQ=21.86;QD=26.8;SOR=0.765	GT:AD:DP:GQ:PL	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:1,0:1:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	0:3,0:3:55:0,55	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	1:0,27:27:99:1215,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	0:1,0:1:43:0,43	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:2,0:2:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	0:1,0:1:43:0,43	.:0,0:0:.:0,0	0:1,0:1:43:0,43	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:1,0:1:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	0:2,0:2:49:0,49	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	0:1,0:1:12:0,12	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:1,0:1:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0
1	306	.	C	T	1207.81	PASS	AC=2;AF=0.182;AN=10;DP=48;FS=0;MLEAC=9;MLEAF=0.818;MQ=21.86;QD=26;SOR=0.765	GT:AD:DP:GQ:PL	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:1,0:1:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	0:2,0:2:43:0,43	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	0:1,0:1:45:0,45	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	1:0,26:26:99:1150,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:2,0:2:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:1,0:1:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:2,0:2:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	0:1,0:1:38:0,38	.:0,0:0:.:0,0	0:1,0:1:41:0,41	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	0:1,0:1:43:0,43	0:1,0:1:21:0,21	.:1,0:1:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	0:2,0:2:49:0,49	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	0:1,0:1:42:0,42	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:1,0:1:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	1:0,1:1:45:45,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0
1	318	.	G	A	1180.54	PASS	AC=2;AF=0.167;AN=11;DP=47;FS=0;MLEAC=9;MLEAF=0.75;MQ=21.93;QD=30.02;SOR=0.693	GT:AD:DP:GQ:PL	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	0:1,0:1:42:0,42	.:0,0:0:.:0,0	0:2,0:2:74:0,74	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	0:1,0:1:45:0,45	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	1:0,25:25:99:1125,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:2,0:2:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:1,0:1:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:2,0:2:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	0:1,0:1:19:0,19	.:0,0:0:.:0,0	0:1,0:1:32:0,32	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	0:1,0:1:43:0,43	0:1,0:1:21:0,21	.:1,0:1:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	0:2,0:2:45:0,45	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:1,0:1:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	0:1,0:1:22:0,22	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	1:0,1:1:45:45,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0
1	321	.	C	T	1134.69	PASS	AC=2;AF=0.154;AN=11;DP=47;FS=0;MLEAC=9;MLEAF=0.692;MQ=22.1;MQRankSum=-1.939;QD=31.98;SOR=0.223	GT:AD:DP:GQ:PL	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	0:1,0:1:16:0,16	.:0,0:0:.:0,0	0:2,0:2:62:0,62	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:1,0:1:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	1:1,25:26:99:1080,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	0:2,0:2:79:0,79	.:0,0:0:.:0,0	.:1,0:1:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	0:2,0:2:2:0,2	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	0:1,0:1:39:0,39	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	0:1,0:1:43:0,43	0:1,0:1:21:0,21	.:1,0:1:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	0:1,0:1:43:0,43	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:1,0:1:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	0:1,0:1:35:0,35	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	1:0,1:1:45:45,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0	.:0,0:0:.:0,0

Jul 31 '24 13:07 M-Asim-Javed

is this haploid data?

Jul 31 '24 18:07 grenaud

Yes, the above dataset is haploid, and my data is also haploid.

Jul 31 '24 18:07 M-Asim-Javed

I see! Normally I would modify the code to handle this but can you either code it yourself or ask chatgpt/claude to transform the GT from 0 = 0/0 1 = 1/1

Now the tricky part is getting the PL fields, I would transform PL1,PL2 to PL1,0,PL2 this should make the program unable to distinguish between homo/hetero and keep a single dominant allele, can you test it on a few lines and check if the output is satisfactory?

Aug 01 '24 10:08 grenaud

Thank you for getting back to me.

I transformed the VCF file with both GT and PL fields. Now, the VCF file looks like this below. I am not sure if I transformed it correctly, but it worked with Glactools using the vcfm2acf and then acf2betascan. However, the values I received seem odd, especially the haploid genome count, which should be 18 in total, but Glactools gave me 36, double of each.

I ran a Python script to count the allele frequency at each SNP site as generated by Glactools to run betascan, and it gave me 18 haploid counts for each SNP site and also generated half of each allele count. I don't know which one is correct; it seems like Glactools is giving me double of each.

I would appreciate your help and assistance.

#CHROM	POS	ID	REF	ALT	QUAL	FILTER	INFO	FORMAT	ab_01	ab_11	ab_15	ab_21	ab_5	qc_01	qc_40	qc_6	qc_7	sa_2	sa_21	sa_9	th20_10	th20_5	th76_14	th76_2	th76_6	th76_8
chromosome1	181	.	A	C	33.12	PASS	AC=1;AF=0.083;AN=12;DP=178;FS=0;MLEAC=1;MLEAF=0.083;MQ=38.24;QD=33.12;SOR=1.609	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:8,0:8:99:0,0,121	0/0:2,0:2:45:0,45,.	0/0:11,0:11:45:0,45,.	0/0:6,0:6:90:0,90,.	0/0:4,0:4:99:0,133,.	./.:32,0:32:.:0,0,.	./.:22,0:22:.:0,0,.	./.:50,0:50:.:0,0,.	1/1:0,1:1:45:45,0,.	0/0:5,0:5:42:0,42,.	./.:0,0:0:.:0,0,.	./.:4,0:4:.:0,0,.	0/0:10,0:10:99:0,296,.	0/0:3,0:3:99:0,125,.	0/0:5,0:5:90:0,90,.	0/0:3,0:3:99:0,99,.	./.:0,0:0:.:0,0,.	0/0:10,0:10:45:0,45,.
chromosome1	890	.	C	A	82.38	PASS	AC=3;AF=0.273;AN=11;DP=187;FS=0;MLEAC=4;MLEAF=0.364;MQ=35.41;QD=27.46;SOR=2.833	GT:AD:DP:GQ:PL	./.:20,0:20:.:0,0,0	1/1:0,1:1:38:38,0,.	./.:27,0:27:.:0,0,.	1/1:0,1:1:32:32,0,.	0/0:4,0:4:99:0,135,.	0/0:50,0:50:99:0,350,.	0/0:3,0:3:99:0,134,.	0/0:4,0:4:99:0,135,.	0/0:3,0:3:99:0,118,.	./.:6,0:6:.:0,0,.	./.:12,0:12:.:0,0,.	./.:12,0:12:.:0,0,.	0/0:3,0:3:99:0,125,.	0/0:3,0:3:99:0,125,.	1/1:0,1:1:31:31,0,.	0/0:3,0:3:99:0,99,.	./.:15,0:15:.:0,0,.	./.:19,0:19:.:0,0,.
chromosome1	9838	.	C	A	25606.5	PASS	AC=10;AF=0.556;AN=18;BaseQRankSum=-0.807;DP=982;FS=0;MLEAC=10;MLEAF=0.556;MQ=31.05;MQRankSum=1.51;QD=28.23;ReadPosRankSum=0.523;SOR=0.67	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:4,89:93:99:2480,0,0	1/1:3,64:67:99:1825,0,.	1/1:5,151:156:99:4239,0,.	1/1:0,107:107:99:3209,0,.	0/0:3,0:3:99:0,113,.	0/0:7,0:7:99:0,270,.	0/0:8,0:8:99:0,358,.	0/0:35,0:35:99:0,1478,.	0/0:12,0:12:99:0,509,.	1/1:0,36:36:99:1087,0,.	1/1:1,59:60:99:1651,0,.	1/1:0,45:45:99:1285,0,.	0/0:3,0:3:99:0,113,.	0/0:4,0:4:99:0,135,.	1/1:0,124:124:99:3670,0,.	0/0:3,0:3:99:0,125,.	1/1:1,81:82:99:2302,0,.	1/1:1,136:137:99:3884,0,.
chromosome1	9943	.	G	T	3748.88	PASS	AC=4;AF=0.222;AN=18;BaseQRankSum=0;DP=280;FS=44.722;MLEAC=4;MLEAF=0.222;MQ=31.37;MQRankSum=-0.942;QD=26.97;ReadPosRankSum=-0.796;SOR=3.445	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:99:0,0,135	0/0:3,0:3:99:0,110,.	0/0:6,0:6:99:0,135,.	0/0:4,0:4:99:0,135,.	0/0:3,0:3:99:0,113,.	1/1:19,27:46:99:540,0,.	1/1:10,15:25:99:225,0,.	1/1:1,15:16:99:630,0,.	1/1:0,52:52:99:2385,0,.	0/0:10,0:10:99:0,101,.	0/0:3,0:3:99:0,125,.	0/0:8,0:8:99:0,239,.	0/0:3,0:3:99:0,113,.	0/0:4,0:4:99:0,135,.	0/0:5,0:5:99:0,125,.	0/0:3,0:3:99:0,125,.	0/0:5,0:5:99:0,135,.	0/0:3,0:3:99:0,99,.
chromosome1	9968	.	G	A	3729.88	PASS	AC=4;AF=0.222;AN=18;BaseQRankSum=-0.251;DP=318;FS=15.179;MLEAC=4;MLEAF=0.222;MQ=31.1;MQRankSum=0.202;QD=21.07;ReadPosRankSum=0.773;SOR=1.877	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:99:0,0,135	0/0:3,0:3:99:0,110,.	0/0:6,0:6:99:0,135,.	0/0:4,0:4:99:0,135,.	0/0:3,0:3:99:0,113,.	1/1:28,35:63:99:360,0,.	1/1:15,21:36:99:270,0,.	1/1:2,16:18:99:630,0,.	1/1:2,58:60:99:2501,0,.	0/0:10,0:10:99:0,101,.	0/0:3,0:3:99:0,125,.	0/0:8,0:8:99:0,239,.	0/0:3,0:3:99:0,113,.	0/0:4,0:4:99:0,135,.	0/0:5,0:5:99:0,125,.	0/0:3,0:3:99:0,125,.	0/0:5,0:5:99:0,135,.	0/0:3,0:3:99:0,99,.
chromosome1	9970	.	C	T	3819.88	PASS	AC=4;AF=0.222;AN=18;BaseQRankSum=0.306;DP=318;FS=15.179;MLEAC=4;MLEAF=0.222;MQ=31.1;MQRankSum=0.205;QD=21.58;ReadPosRankSum=0.773;SOR=1.877	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:99:0,0,135	0/0:3,0:3:99:0,110,.	0/0:6,0:6:99:0,135,.	0/0:4,0:4:99:0,135,.	0/0:3,0:3:99:0,113,.	1/1:28,36:64:99:405,0,.	1/1:15,21:36:99:315,0,.	1/1:2,16:18:99:630,0,.	1/1:2,57:59:99:2501,0,.	0/0:10,0:10:99:0,101,.	0/0:3,0:3:99:0,125,.	0/0:8,0:8:99:0,239,.	0/0:3,0:3:99:0,113,.	0/0:4,0:4:99:0,135,.	0/0:5,0:5:99:0,125,.	0/0:3,0:3:99:0,125,.	0/0:5,0:5:99:0,135,.	0/0:3,0:3:99:0,99,.
chromosome1	9979	.	A	C	7708.88	PASS	AC=4;AF=0.222;AN=18;BaseQRankSum=1.33;DP=324;FS=1.678;MLEAC=4;MLEAF=0.222;MQ=31.12;MQRankSum=0.677;QD=29.56;ReadPosRankSum=1.31;SOR=0.491	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:99:0,0,135	0/0:3,0:3:99:0,110,.	0/0:6,0:6:99:0,135,.	0/0:4,0:4:99:0,135,.	0/0:3,0:3:99:0,113,.	1/1:1,67:68:99:3060,0,.	1/1:1,38:39:99:1620,0,.	1/1:3,16:19:99:585,0,.	1/1:2,55:57:99:2475,0,.	0/0:10,0:10:99:0,101,.	0/0:3,0:3:99:0,125,.	0/0:8,0:8:99:0,239,.	0/0:3,0:3:99:0,113,.	0/0:4,0:4:99:0,135,.	0/0:5,0:5:99:0,125,.	0/0:3,0:3:99:0,125,.	0/0:5,0:5:99:0,135,.	0/0:3,0:3:99:0,99,.
chromosome1	9980	.	C	G	7708.88	PASS	AC=4;AF=0.222;AN=18;BaseQRankSum=-0.289;DP=326;FS=1.653;MLEAC=4;MLEAF=0.222;MQ=31.06;MQRankSum=0.668;QD=30.62;ReadPosRankSum=1.3;SOR=0.365	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:99:0,0,135	0/0:3,0:3:99:0,110,.	0/0:6,0:6:99:0,135,.	0/0:4,0:4:99:0,135,.	0/0:3,0:3:99:0,113,.	1/1:1,68:69:99:3060,0,.	1/1:2,38:40:99:1620,0,.	1/1:3,16:19:99:585,0,.	1/1:2,55:57:99:2475,0,.	0/0:10,0:10:99:0,101,.	0/0:3,0:3:99:0,125,.	0/0:8,0:8:99:0,239,.	0/0:3,0:3:99:0,113,.	0/0:4,0:4:99:0,135,.	0/0:5,0:5:99:0,125,.	0/0:3,0:3:99:0,125,.	0/0:5,0:5:99:0,135,.	0/0:3,0:3:99:0,99,.
chromosome1	9983	.	G	C	4063.88	PASS	AC=4;AF=0.222;AN=18;BaseQRankSum=1.79;DP=325;FS=8.518;MLEAC=4;MLEAF=0.222;MQ=31.09;MQRankSum=0.165;QD=22.09;ReadPosRankSum=0.951;SOR=1.382	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:99:0,0,135	0/0:3,0:3:99:0,110,.	0/0:6,0:6:99:0,135,.	0/0:4,0:4:99:0,135,.	0/0:3,0:3:99:0,113,.	1/1:28,40:68:99:675,0,.	1/1:17,23:40:99:360,0,.	1/1:3,16:19:99:585,0,.	1/1:2,55:57:99:2475,0,.	0/0:10,0:10:99:0,101,.	0/0:3,0:3:99:0,125,.	0/0:8,0:8:99:0,239,.	0/0:3,0:3:99:0,113,.	0/0:4,0:4:99:0,135,.	0/0:5,0:5:99:0,125,.	0/0:3,0:3:99:0,125,.	0/0:5,0:5:99:0,135,.	0/0:3,0:3:99:0,99,.
chromosome1	9989	.	T	C	7978.88	PASS	AC=4;AF=0.222;AN=18;BaseQRankSum=-0.48;DP=333;FS=3.579;MLEAC=4;MLEAF=0.222;MQ=30.9;MQRankSum=0.659;QD=28.17;ReadPosRankSum=0.99;SOR=0.254	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:99:0,0,135	0/0:3,0:3:99:0,110,.	0/0:6,0:6:99:0,135,.	0/0:4,0:4:99:0,135,.	0/0:3,0:3:99:0,113,.	1/1:1,69:70:99:3105,0,.	1/1:2,40:42:99:1755,0,.	1/1:3,17:20:99:630,0,.	1/1:2,58:60:99:2520,0,.	0/0:10,0:10:99:0,101,.	0/0:3,0:3:99:0,125,.	0/0:8,0:8:99:0,239,.	0/0:3,0:3:99:0,113,.	0/0:4,0:4:99:0,135,.	0/0:5,0:5:99:0,125,.	0/0:3,0:3:99:0,125,.	0/0:5,0:5:99:0,135,.	0/0:3,0:3:99:0,99,.
chromosome1	9993	.	G	C	8293.88	PASS	AC=4;AF=0.222;AN=18;BaseQRankSum=-0.555;DP=331;FS=7.64;MLEAC=4;MLEAF=0.222;MQ=30.96;MQRankSum=0.896;QD=26.8;ReadPosRankSum=1.88;SOR=0.146	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:99:0,0,135	0/0:3,0:3:99:0,110,.	0/0:6,0:6:99:0,135,.	0/0:4,0:4:99:0,135,.	0/0:3,0:3:99:0,113,.	1/1:2,67:69:99:3195,0,.	1/1:2,41:43:99:1890,0,.	1/1:3,17:20:99:630,0,.	1/1:3,55:58:99:2610,0,.	0/0:10,0:10:99:0,101,.	0/0:3,0:3:99:0,125,.	0/0:8,0:8:99:0,239,.	0/0:3,0:3:99:0,113,.	0/0:4,0:4:99:0,135,.	0/0:5,0:5:99:0,125,.	0/0:3,0:3:99:0,125,.	0/0:5,0:5:99:0,135,.	0/0:3,0:3:99:0,99,.
chromosome1	9995	.	C	G	8158.88	PASS	AC=4;AF=0.222;AN=18;BaseQRankSum=-0.542;DP=340;FS=7.72;MLEAC=4;MLEAF=0.222;MQ=30.89;MQRankSum=0.861;QD=26;ReadPosRankSum=1.57;SOR=0.128	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:99:0,0,135	0/0:3,0:3:99:0,110,.	0/0:6,0:6:99:0,135,.	0/0:4,0:4:99:0,135,.	0/0:3,0:3:99:0,113,.	1/1:2,70:72:99:3105,0,.	1/1:2,43:45:99:1890,0,.	1/1:3,17:20:99:630,0,.	1/1:3,59:62:99:2565,0,.	0/0:10,0:10:99:0,101,.	0/0:3,0:3:99:0,125,.	0/0:8,0:8:99:0,239,.	0/0:3,0:3:99:0,113,.	0/0:4,0:4:99:0,135,.	0/0:5,0:5:99:0,125,.	0/0:3,0:3:99:0,125,.	0/0:5,0:5:99:0,135,.	0/0:3,0:3:99:0,99,.
chromosome1	9999	.	A	T	5688.88	PASS	AC=4;AF=0.222;AN=18;BaseQRankSum=1.42;DP=348;FS=0;MLEAC=4;MLEAF=0.222;MQ=30.86;MQRankSum=0.164;QD=27.48;ReadPosRankSum=-0.108;SOR=0.672	GT:AD:DP:GQ:PL	0/0:6,0:6:99:0,0,135	0/0:3,0:3:99:0,110,.	0/0:6,0:6:99:0,135,.	0/0:4,0:4:99:0,135,.	0/0:3,0:3:99:0,113,.	1/1:29,46:75:99:1154,0,.	1/1:17,29:46:99:900,0,.	1/1:3,17:20:99:630,0,.	1/1:3,63:66:99:3036,0,.	0/0:10,0:10:99:0,101,.	0/0:3,0:3:99:0,125,.	0/0:8,0:8:99:0,239,.	0/0:3,0:3:99:0,113,.	0/0:4,0:4:99:0,135,.	0/0:5,0:5:99:0,125,.	0/0:3,0:3:99:0,125,.	0/0:5,0:5:99:0,135,.	0/0:3,0:3:99:0,99,.

Here's python script i used to calculate allele frquency on chromosome20:

import pysam
import numpy as np

def parse_vcf(vcf_file, output_file, contig, start_pos, end_pos, haploid_genomes):
    # Open the VCF file
    vcf_in = pysam.VariantFile(vcf_file)
    
    # Open the output file
    with open(output_file, 'w') as out_f:
        for record in vcf_in.fetch(contig, start_pos, end_pos + 1):
            pos = record.pos
            allele_counts = np.zeros(2)
            
            for sample in record.samples:
                genotype = record.samples[sample]['GT']
                if genotype is not None:
                    allele_counts[0] += genotype.count(0)
                    allele_counts[1] += genotype.count(1)
            
            # Calculate minor allele frequency (MAF)
            minor_allele_count = min(allele_counts)
            minor_allele_freq = minor_allele_count / haploid_genomes
            
            # Write the data to the output file
            out_f.write(f"{pos}\t{int(minor_allele_count)}\t{haploid_genomes}\n")

if __name__ == "__main__":
    vcf_file = "pb_snps_for_genotype.vcf.gz"  # Replace with your compressed VCF file path
    output_file = "output_chr20.txt"  # Replace with your desired output file path
    contig = "chromosome20"  # Use the correct contig name
    start_pos = 311
    end_pos = 625161
    haploid_genomes = 18
    
    # Run the function to parse the VCF file
    parse_vcf(vcf_file, output_file, contig, start_pos, end_pos, haploid_genomes)

Aug 01 '24 18:08 M-Asim-Javed

Dear Mohammed, a quick question before, isn't BetaScan configured for balancing selection and considers heterozygous advantage?

Aug 02 '24 08:08 grenaud

Hello grenaud,

Yes, you are right about balancing selection. I mixed the Python script with the Glactools output. I ran Betascan with the Glactools output, and it worked fine. I was only concerned about the third column with the double individual count. Thank you for your help and patience.

Aug 03 '24 14:08 M-Asim-Javed

sure but I would question what do the results even mean for haploid data. I would suggest asking Katie Siewert-Rocks directly.

Aug 03 '24 17:08 grenaud