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Missing coverage information after merge_linear_paths()
Is it possible to keep coverage/count information when using merge_linear_paths?
E.g., this is snippet of my starting graph which has FC tags:
S 35 TATTTTTATTAGAGACCTTGATTCCGATAATATTCATGTTGTATTAGCCGATTTTGGTCTAGCCAAAGCAAGTATGGGTTCAGTTGACAGATCCTATGCTGGCACTCCTTTATACATGTCTTTAGAACTCGCAACCGGAGGAAAGTACAGTTTCAATACCGATATCTATTCATTGGGAGTGGCTATCTATCAAATCATGACCAAAGACACAACCACAGCTGTCAGTCACATGTTTATTTCGAATAGAGAGGAAGAAGCAATTGATAAATTAACAAAGGAAATGGAAAAATCAGGAAATTATTCAACAACATTGATTAATATTTGTTTATCTATGCTGGAGAAGGATGCCAGTAAGAGACCAAGTGCCAAGCAAATCCTTTCCAATACTTTCTTGGAAGATATTCTCATCACACCAACAGAATAAACAATTTCTTGTGTTTTACCGCTGAAGTTAACCGTTAGAATTATAATAATTTTATTTTTCACAACAAAAAAAACAAGCCAACAACAATAGAGCGGGTGCAAACTCGGGTGTATCTACCGTTTTTCGTTTCTGAAAACGACTTTCGTTTTTGTTCGTGTTTGAATGAAGATTTTTGGTGTTTCTTTCAAATTCATACAAGATCGTTTTTCGTTTTTGTAAAAAGTTAGAAAAATACGAAAACGTGGCAAGTTGCACCTGCTCTAATGTGGGCAACAAACTTGAGGTTACCATTACCTTCTTGAATGATCATCAGAAGATTATTCATCTTCGCTTACCATCAGAGATCTGATTATTAACCGCTCTTGACTGTCAACTGAGATTTGGCAGGTGAAATTCAGTTTTCACATTCGCCAAAAGAAAATGAAGATAAATGATGATGAATTGAATAATTCTTGAATTTCTTCCTACGGATAGCTATGCATCATTCTCACATATCAATAGGCAGTGTCAATCTATTCTTGTTTCGGAAAAACCAAACTTTTGGAAACAGAAAAAGAGTGAATATGATAGAACTATTGCCAACCAAGAACGATACCTCGACCATGTTATTGATACAATGACAAGAAATGCTTCTAAGAACAATTATTGTTTATTTGCTTGTTTTGTCGGGATGTTGTTTTCGTTTCTTGTGTTTTTACCAGCATTTATGATCATGGTGATTATGGCATCTAGTTCCCTTTCAGGAAATATATTGAATTGTGAGAGGAATGTTTCTTCTATTCAAGTTTTGAATAGAACTATTGAAAGGGTTTCTTATCCAGGATGTGTAGAATGTAACACAATTTGGAATACTAGTTGCAATAATTTCAATGTTATGCCATGTTGTCAACCAAATAATAGTTATTCTTCAATTTTCTCATATGAATGCAATGTAACTGAATGCATTAAGGAAAATTATCAAGATGGACCTCTCAGATGTCGAGTAATTAGTTACAACAACAAAAAAGGGCCATCCACATATTCACTAGTCATTTACAAACCAGAAAGCAATTATTCAGGGTCTATAGGACTATTATCTGGTTAGCTACCAATACTTATGATTTGAAAGTTTAGTCAGATTACTGAAATACTGACTTTATTTCACTAACAACACGTAGGTCGGCAATGTGATTCCTTCTTCATAATTGAGTATTAATCGTACGGTATTTGCAAGTAAATAATAACTAATAATGGTCAATTAACAAAATATTAAATAAATTATTTAAAAAAAATGAAAAGAAGCAGAGAGGAGGAACCTGCTGTTACCAATACATCATGTACTGATCAAAGTAATACAAGTTCCGATCCTCTCTTGGAAACGAATCTAAAAAAACAAGTGACTGGCAATATTT ll:f:44.5 FC:i:80768 kl:f:44.5
S 11508 ACTGTCAACTGAGATTTGGCAGGTGAAATTCAGTTTTCACATTCGCCAAAAGAAAATGAAGATAAATGATGATGAATTGAATAATTCTTGAATTTCTTCCTACGGATAGCTATGCATCATTCTCACATATCAATAGGCAGTGTCAATCTATTCTTGTTTCGGAAAAACCAAACTTTTGGAAACAGAAAAAGAGTGAATATGATAGAACTATTGCCAACCAAGAACGATACCTCGACCATGTTATTGATACAATGACAAGAAATGCTTCTAAGAACAATTATTGTTTATTTGCTTGTTTTGTCGGGATGTTGTTTTCGTTTCTTGTGTTTTTACCAGCATTTATGATCATGGTGATTATGGCATCTAGTTCCCTTTCAGGAAATATATTGAATTGTGAGAGGAATGTTTCTTCTATTCAAGTTTTGAATAGAACTATTGAAAGGGTTTCTTATCCAGGATGTGTAGAATGTAACACAATTTGGAATACTAGTTGCAATAATTTCAATGTTATGCCATGTTGTCAACCAAATAATAGTTATTCTTCAATTTTCTCATATGAATGCAATGTAACTGAATGCATTAAGGAAAATTATCAAGATGGACCTCTCAGATGTCGAGTAATTAGTTACAACAACAAAAAAGGGCCATCCACATATTCACTAGTCATTTACAAACCAGAAAGCAATTATTCAGGGTCTATAGGACTATTATCTGGTTAGCTACCAATACTTATGATTTGAAAGTTTAGTCAGATTACTGAAATACTGACTTTATTTCACTAACAACACGTAGGTCGGCAATGTGATTCCTTCTTCATAATTGAGTATTAATCGTACGGTATTTGCAAGTAAATAATAACTAATAATGGTCAATTAACAAAATATTAAATAAATTATTTAAAAAAAATGAAAAGAAGCAGAGAGGAGGAACCTGCTGTTACCAATACATCATGTACTGATCAAAGTAATACAAGTTCCGATCCTCTCTTGGAAACGAATCTAAAAAAACAAGTGACTGGCAATATTTCTAGTGAATCATCGTATTTTAGTCTTGGTTGTAATTATATGGATGGTGTTAATGGTGTTGAAAAAGATTATTTAAAAGCATTTGAATTATTTTCTAAAGGTGTTGAGGAGGGATGCTTGCGATCAATACATAAAATTGGTTACTTTTATAGCAAAGGATTGGGAGTTGAACAAGATTATGATAAAGCAGTCCAGTTCTATATGAAATCTGCTGAAGGGGGTTTTGTGGCCTCATATGCTAAGGGAAAGGCGTTCAACAGGACCATGTTAAAGCATTTGAATGGACTTTAAAAGCTGCTGAAAATGATAATACTGATGCACAATTTAACATTGGAAGATGCTATAGTAAAGGGACAGGAGTTGAGCAAGACCATGTTAAAGCATTTGAATGGTATTTAAAAGCTGCTGAAAAGGGTGATACAGATGCACAGTTTGTGATTGGA ll:f:43 FC:i:63124 kl:f:43
But when I run graph.merge_linear_paths() the FC tag is lost:
S 35_11508 TATTTTTATTAGAGACCTTGATTCCGATAATATTCATGTTGTATTAGCCGATTTTGGTCTAGCCAAAGCAAGTATGGGTTCAGTTGACAGATCCTATGCTGGCACTCCTTTATACATGTCTTTAGAACTCGCAACCGGAGGAAAGTACAGTTTCAATACCGATATCTATTCATTGGGAGTGGCTATCTATCAAATCATGACCAAAGACACAACCACAGCTGTCAGTCACATGTTTATTTCGAATAGAGAGGAAGAAGCAATTGATAAATTAACAAAGGAAATGGAAAAATCAGGAAATTATTCAACAACATTGATTAATATTTGTTTATCTATGCTGGAGAAGGATGCCAGTAAGAGACCAAGTGCCAAGCAAATCCTTTCCAATACTTTCTTGGAAGATATTCTCATCACACCAACAGAATAAACAATTTCTTGTGTTTTACCGCTGAAGTTAACCGTTAGAATTATAATAATTTTATTTTTCACAACAAAAAAAACAAGCCAACAACAATAGAGCGGGTGCAAACTCGGGTGTATCTACCGTTTTTCGTTTCTGAAAACGACTTTCGTTTTTGTTCGTGTTTGAATGAAGATTTTTGGTGTTTCTTTCAAATTCATACAAGATCGTTTTTCGTTTTTGTAAAAAGTTAGAAAAATACGAAAACGTGGCAAGTTGCACCTGCTCTAATGTGGGCAACAAACTTGAGGTTACCATTACCTTCTTGAATGATCATCAGAAGATTATTCATCTTCGCTTACCATCAGAGATCTGATTATTAACCGCTCTTGACTGTCAACTGAGATTTGGCAGGTGAAATTCAGTTTTCACATTCGCCAAAAGAAAATGAAGATAAATGATGATGAATTGAATAATTCTTGAATTTCTTCCTACGGATAGCTATGCATCATTCTCACATATCAATAGGCAGTGTCAATCTATTCTTGTTTCGGAAAAACCAAACTTTTGGAAACAGAAAAAGAGTGAATATGATAGAACTATTGCCAACCAAGAACGATACCTCGACCATGTTATTGATACAATGACAAGAAATGCTTCTAAGAACAATTATTGTTTATTTGCTTGTTTTGTCGGGATGTTGTTTTCGTTTCTTGTGTTTTTACCAGCATTTATGATCATGGTGATTATGGCATCTAGTTCCCTTTCAGGAAATATATTGAATTGTGAGAGGAATGTTTCTTCTATTCAAGTTTTGAATAGAACTATTGAAAGGGTTTCTTATCCAGGATGTGTAGAATGTAACACAATTTGGAATACTAGTTGCAATAATTTCAATGTTATGCCATGTTGTCAACCAAATAATAGTTATTCTTCAATTTTCTCATATGAATGCAATGTAACTGAATGCATTAAGGAAAATTATCAAGATGGACCTCTCAGATGTCGAGTAATTAGTTACAACAACAAAAAAGGGCCATCCACATATTCACTAGTCATTTACAAACCAGAAAGCAATTATTCAGGGTCTATAGGACTATTATCTGGTTAGCTACCAATACTTATGATTTGAAAGTTTAGTCAGATTACTGAAATACTGACTTTATTTCACTAACAACACGTAGGTCGGCAATGTGATTCCTTCTTCATAATTGAGTATTAATCGTACGGTATTTGCAAGTAAATAATAACTAATAATGGTCAATTAACAAAATATTAAATAAATTATTTAAAAAAAATGAAAAGAAGCAGAGAGGAGGAACCTGCTGTTACCAATACATCATGTACTGATCAAAGTAATACAAGTTCCGATCCTCTCTTGGAAACGAATCTAAAAAAACAAGTGACTGGCAATATTTCTAGTGAATCATCGTATTTTAGTCTTGGTTGTAATTATATGGATGGTGTTAATGGTGTTGAAAAAGATTATTTAAAAGCATTTGAATTATTTTCTAAAGGTGTTGAGGAGGGATGCTTGCGATCAATACATAAAATTGGTTACTTTTATAGCAAAGGATTGGGAGTTGAACAAGATTATGATAAAGCAGTCCAGTTCTATATGAAATCTGCTGAAGGGGGTTTTGTGGCCTCATATGCTAAGGGAAAGGCGTTCAACAGGACCATGTTAAAGCATTTGAATGGACTTTAAAAGCTGCTGAAAATGATAATACTGATGCACAATTTAACATTGGAAGATGCTATAGTAAAGGGACAGGAGTTGAGCAAGACCATGTTAAAGCATTTGAATGGTATTTAAAAGCTGCTGAAAAGGGTGATACAGATGCACAGTTTGTGATTGGA ll:f:44.5 kl:f:44.5 LN:i:2257