zhang dong

Can you send your files to my email [email protected] to debug.

仔细看我们近期发表的protocol Chenxiaona ***@***.***> 于2023年5月13日周六 19:10写道： > 老师，就是如果我跑ML树的话，就是在ModelFinder中建模型的时候，model for 那里我要选择PhyML对吧？ > 然后再把ModelFinder_results导入import to IQ-TREE,最后跑出来的树就是ML树对吧？ > > — > Reply to this email directly, view it on GitHub > , or unsubscribe...

Please use the latest version of PhyloSsuite https://dongzhang0725.github.io/installation/ wwwwwcb ***@***.***> 于2023年3月23日周四 19:06写道： > an error window after installation > [image: 捕获] > > > — > Reply to this email...

试试用modelfinder选分区模型把 wangyan48691412 ***@***.***> 于2023年5月22日周一 20:46写道： > 尊敬的张老师： > 在运行Partitionfinder2时，第52循环提示存在以下错误： > ERROR | 2023-05-22 19:56:21,154 | main | A program that Partitionfinder > uses failed. Output follows, in case it's helpful...

提取的时候可以设置用什么作为序列名，比如说ID或者拉丁名 CXna1108 ***@***.***> 于2023年5月7日周日 10:22写道： > 老师，又来打扰您啦。就是我在跑树的时候出现了以下报错： > *Taxon name* > AB614504_1_Phyllocnistis_gracilistylella_mitochondrial_COI_gene_for_cytochrome_oxidase_subunit_I__partial_cds__country__Japan_Nagano__Nagano__Sai_gawa > is too long. Maximun 99 characters is allowed. > 由于我的序列较多，许多Taxon name的字符也很长，因此，我想问问老师有没有什么办法可以批量的将‘Taxon > name'批量更改为只保留序列的序列号/登录号，而序列号/登录号后面的描述删除呢？ > > 也给出了相对应的解决方案： >...

前阵子发表的那个protocol里面有介绍这个技巧 Chenxiaona ***@***.***> 于2023年5月7日周日 16:58写道： > 好的，那我提取序列的时候怎么知道自己的序列属于那一套密码表呢？ > 我的序列是昆虫的COI序列。 > > — > Reply to this email directly, view it on GitHub > , > or unsubscribe > > ....

检查一下你的序列是不是注释有问题。或者用例子文件跑一下看看能不能正常提取 rshh98 ***@***.***> 于2023年3月24日周五 10:41写道： > Traceback (most recent call last): > File "src\handleGB.py", line 2748, in _exec > File "src\handleGB.py", line 4043, in saveGeneralFile > File "src\handleGB.py", line 1034,...

估计你的NEX格式有问题 Lin Lin ***@***.***> 于2023年5月18日周四 17:13写道： > 张老师： > 您好！ > 我在使用ModelFinder时出现报错如下，请问是什么原因？ > > `=============================================Commands============================================= > cd > /Users/linlin/Downloads/PhyloSuite_v1.2.3_Mac/PhyloSuite/myWorkPlace/GenBank_File/files/ModelFinder_results/2023_05_18-17_11_59 > "/Users/linlin/Downloads/PhyloSuite_v1.2.3_Mac/PhyloSuite/plugins/iqtree-2.2.0-MacOSX/bin/iqtree2" > -s "ilex.2023-05-18.r0.nex" -mset > JC69,TrN,TrNef,K80,K2P,F81,HKY,SYM,TIM,TVM,TVMef,GTR -mrate E,G -nt...

检查路径中是否有中文，还有可以试试以管理员权限运行。

Hi, I suggest you try the PhyloSuite virtual environment: https://dongzhang0725.github.io/installation/#4-Install-all-in-one-PhyloSuite-virtual-environment , I have installed all neccessary plugins in this environment, including Hmmcleaner. Theo Allnutt Bioinformatics ***@***.***> 于2023年4月24日周一 09:13写道： > It...