zhang dong

旧版本的bug，下载最新版的phylosuite即可 SICHUANDengYu ***@***.***> 于2023年6月19日周一 21:35写道： > 下载后出现下列这个问题： > Traceback (most recent call last): > File "codes\src\factory.py", line 2089, in slot > AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'group' > 该怎么解决...

这是因为IQTREE新加了模型，老版本phylosuite没有，有2种方案解决： 1. 加群 793392807，里面有新版phylosuite，可以支持这些模板； 2. 可以用IQTREE的自定义模型解决 lijie9654 ***@***.***> 于2024年4月6日周六 21:38写道： > ModelFinder v2.2.0 (Kalyaanamoorthy et al., 2017) was used to select the > best-fit model using BIC criterion. Best-fit model...

准确来说应该是以自定义命令形式运行，就是在自动生成的命令基础上，换成你的最佳模型去跑 lijie9654 ***@***.***> 于2024年4月7日周日 09:30写道： > 好的，谢谢老师。这个自定义模型和ModelFinder最佳模型最后建树结果差异大吗？ > > — > Reply to this email directly, view it on GitHub > , > or unsubscribe > > . > You...

Please check detailed document in http://phylosuite.jushengwu.com/.

重新安装mafft，然后在phylosuite里面指定 CC3729 ***@***.***> 于2023年10月13日周五 14:29写道： > > 软件作者，你好。使用Phylosuite提取序列后进行maffle比对遇到了严重的报错（如图），以管理员身份运行Phylosuite问题也没有解决。Phylosuite版本V1.2.2，电脑的系统是Win11家庭中文版。请帮忙看下是什么情况。 > [image: image] > > > — > Reply to this email directly, view it on GitHub > , or unsubscribe >...

问题描述太简单了，不过你只要能制作genbank格式的文件，就可以纳入一起进行分析。很多程序都可以制作genbank格式的文件 0749yoyo ***@***.***> 于2023年8月17日周四 15:30写道： > 没有序列号的核苷酸序列，怎么和有序列号的核苷酸序列一起进行分区模型的构建 > > — > Reply to this email directly, view it on GitHub > , or unsubscribe > > . > You are...

邮件里面没看到图片或者报错内容 0749yoyo ***@***.***> 于2023年8月17日周四 16:47写道： > 我的问题主要是：目前我有几十条自己提取的序列并未上传GenBank，并未获得序列号，如果我把我的数据和外群数据同时放到Phylosuite上进行基因提取步骤，提取步骤会显示如下错误。遇到这种情况，请问我该如何处理呢？ > > > > > > > > > > > > ------------------ 原始邮件 ------------------ > 发件人: "dongzhang0725/PhyloSuite" ***@***.***>; > 发送时间: 2023年8月17日(星期四) 下午3:47 > ***@***.***>; >...

The listed IDs don't have gene annotations.

Hi @Gwendoline998 , It is caused by your network problem. You can try to download sequences from NCBI webpage, then import the downloaded files into PhyloSuite. Check http://phylosuite.jushengwu.com/dongzhang0725.github.io/PhyloSuite-demo/five_ways_to_import/ for details....

Also, check if this method help: