PhyloSuite

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提取问题

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我是自己导入的序列的fasta文件，在提取的这一步出现了这样的问题，提取不了各个基因，并且获取分类群也未成功 ![Uploading 屏幕截图 2024-05-24 102716.png…]()

liushuang0104

MACSE优化比对结果时进度条卡在23%

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张老师您好，我在PhyloSuite中使用以下的accession number收集了这12种企鹅线粒体上的13个cds，并且使用MAFFT进行了多序列比对。但是似乎每一个基因的mafft比对文件在进行MACSE比对优化时进度条都会卡在23% 这是运行时生成的日志文件[log.txt](https://github.com/dongzhang0725/PhyloSuite/files/15419850/log.txt) NC_036297.1 NC_037702.1 NC_021137.1 NC_036337.1 NC_045377.1 NC_021474.1 NC_054275.1 NC_027938.1 NC_036264.1 NC_022817.1 NC_008138.1 NC_004538.1

tubarl


zqcyx

Partition editor中点击Code Mode (3 sites)没有任何反应

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张老师！您好，我在Windows 11中安装了Phylosuite V1.2.3。将phylip格式的同源基因编码区比对的DNA序列导入PartitionFinder2，Data Blocks窗口没有任何内容，打开Partition editor，点击Code Mode (3 sites)也没有任何反应，请问怎么解决？谢谢！此外，比对的34个同源基因编码区中有6个的3'末端多了一段15bp的短序列，在分区和建树时是否需要去除？谢谢！

Tangbbmc

我在提取CDS时，勾选了Analyze concatenated protein-coding sequences下所有内容，但是结果中CAI CBI Fop ENC L_sym L_aa Gravy Aromo 输出为NA。这应该是使用codonw插件计算的结果，但是我用本地codonw计算不存在这个问题。只是在GC比例方面存在差异。

hjz18

在比对RNA序列时报错,请问是什么原因？

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=============================================Commands============================================= "C:\phy\PhyloSuite_v1.2.3_Win64_with_plugins\PhyloSuite\plugins\mafft-win\mafft.bat" --auto --inputorder "C:\phy\PhyloSuite_v1.2.3_Win64_with_plugins\PhyloSuite\GenBank_File\multiple-gene\extract_results\extraction\rRNA\rrnL.fas" > "C:/phy/PhyloSuite_v1.2.3_Win64_with_plugins/PhyloSuite/GenBank_File/multiple-gene\mafft_results\2024_07_28-22_19_39\rrnL_mafft.fas" ================================================================================================== Active code page: 65001 Preparing environment to run MAFFT on Windows. This may take a while, if real-time scanning by anti-virus software...

wangwen6165

串联问题

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张老师好，请教一个问题。我刚使用phylosuite，不知道是否有实现，我还未找到。就是比如我有两百个样品，我打算串联三个基因片段建树。但每个基因总会有数个样品是没有的，而且我的样品里面有多个样品是同一个种。而phylosuite串联需要相同的名称，在phylosuite里我很难对一个基因的所有样品很好的编号以及改名字，而且我必须准确改好每个样品的三个基因的名字。我想请教phylosuite是否能很方便地解决这种问题。可能我放一个包含序号，物种信息（有时需要加入地点等信息）、序列号的excel表，就能给我得到一份改好名字的序列。 比如得出类似：>1_M__Subspeluncae_ZXL7016_Yunnan_China 感谢！

Indusia-sori

I am Dr. Nehaz Muhammad from Hebei Normal University Shijiazhuang China. Currently I am doing research work on taxonomy and systematic of zooparasitic nematodes of Pakistan and China. Is there...

Nehaz-Muhammad

 The errors message Traceback (most recent call last): File "Bio\SeqIO\InsdcIO.py", line 283, in _insdc_location_string AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'parts' During handling of the above exception,...

samyiu0109