FMtree

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FMTree,search报错

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 程博，按照您的论文，我将dna200MB经过preprocess处理，然后建了index，采样距离D=2。patterns也是从中随机抽取10个lengh=5的短字串。进行比对时候，就出现了如图所示的错误，这是怎么回事？

Pennyroyal-Tea

人基因组中，长模式 (len=30，Occ为1时，FMtree是否还有效？

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程博士好，读了您的文章FMtree，很有收获. 我理解，当一个pattern有多个Occ时，FMtree将排位邻近的Occ一起做LF跳步，可以提高访问bwt串的数据局部性，即cache更有效，减少访存时间. 当人基因组中，取长30的模式时，绝大多数模式都只有1处Occ，这样的长模式，FMtree应该就起不到加速作用了. 看到文章中结果部分，FMtree仍比未优化的FM-index快了8倍，不太理解是什么原因？或者是我理解错了，FMtree是对多个（上千）模式的Occ一起处理？这样可以避免单个长模式Occ为1的情况.

Lilu-guo