Add keep-contig-names parameter

[gokalpcelik]

A forum topic asked whether we can have a behavior to keep original contig names in FastaAlternateReferenceMaker tool.

A new parameter --keep-contig-names is added.

New optional behavior is to set contig names as >originalcontigname description

Here is my small local test and its result

VCF

##fileformat=VCFv4.2
##FILTER=<ID=PASS,Description="All filters passed">
##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="GT">
##contig=<ID=chr17,length=83257441>
#CHROM	POS	ID	REF	ALT	QUAL	FILTER	INFO	FORMAT	Sample
chr17	1	.	N	A	100	PASS	.	GT	1/1

Original Fasta

>chr17
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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New Fasta with new optional behavior

>chr17 chr17:1-83257441
ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN

Sequence dictionary created for the new Fasta.

@HD	VN:1.0	SO:unsorted
@SQ	SN:chr17	LN:83257441	M5:8127f7ddcacb7afb1a6277cdd629fdcd	UR:file:///path/to/chr17_mod2.fasta

Default value is false therefore original behavior is kept. Should not hurt any current tests.